[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3ok2: Crystal structure of the ANA:RNA decamer without lattice transloc... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ok2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the ANA:RNA decamer without lattice translocation defects | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA / hybrid / ANA / sugar modification / altritol sugar rings | ||||||
Function / homology | OTHER / OTHER (> 10) / RNA![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ovaere, M. / Van Meervelt, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: How does hydroxyl introduction influence the double helical structure: the stabilization of an altritol nucleic acid:ribonucleic acid duplex. Authors: Ovaere, M. / Sponer, J. / Sponer, J.E. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 52.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 40.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 471.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Other | Mass: 3354.144 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: Molecule was synthesized #2: RNA chain | Mass: 3216.973 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: Molecule was synthesized #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.54 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.01M NiCl2, 1.0M Li2SO4, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 29, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.96→39.45 Å / Num. all: 11922 / Num. obs: 11922 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.538 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.963→39.45 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.963→2.014 Å / Total num. of bins used: 20
|