PDB-6z08: Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z08

タイトル

Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-Nitrophenol

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z08.cif.gz	257.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z08.ent.gz	171.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z08_validation.pdf.gz	663.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z08_full_validation.pdf.gz	663.5 KB	表示
XML形式データ	6z08_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	6z08_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n33C 5n3cC 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spsC 6spuC 6spyC 6ypsC 6z44C 6zn0C 6f14S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sps-d 5n3s-d 5n3p-d 3l9m-2 4ib0-d 2uw3-d 6y8c-d 4wb5-d 2uzw-d 3dne-d 5n3k-d 5n1o-d 1jlu-d 2gu8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.650, 71.256, 97.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega 8 and 23 % methanol (v/v) 0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume Soaking of 4-Nitrophenol ...詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega 8 and 23 % methanol (v/v) 0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume Soaking of 4-Nitrophenol (10% (v/v) in DMSO) in buffer (60% (v/v)) and MPD (30% (v/v)).

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega 8 and 23 % methanol (v/v) 0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume Soaking of 4-Nitrophenol ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.489→45.614 Å / Num. obs: 58203 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.92 Å² / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 22.96
反射シェル	解像度: 1.49→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 9369 / R_sym value: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.49→45.61 Å / SU ML: 0.1421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.2707

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	2909	5 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1626	58191	97.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→45.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2715	0	10	276	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	2874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9636	3914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0781	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2177	1051

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.2578	138	0.2214	2611	X-RAY DIFFRACTION	98.46
1.51-1.54	0.2424	137	0.203	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.54-1.57	0.2139	139	0.1972	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.11
1.57-1.6	0.1968	138	0.1916	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.6-1.63	0.1979	138	0.1793	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.29
1.63-1.67	0.2349	137	0.1789	2606	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.67-1.71	0.211	134	0.1819	2547	X-RAY DIFFRACTION	96.06
1.71-1.75	0.177	140	0.1655	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.75-1.79	0.1956	141	0.1667	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.79-1.85	0.2065	139	0.1607	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.85-1.91	0.1734	139	0.1592	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.91-1.98	0.177	139	0.1549	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.98-2.05	0.1556	140	0.1563	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.05-2.15	0.1853	138	0.151	2627	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.15-2.26	0.181	137	0.1464	2612	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.26-2.4	0.167	132	0.1521	2504	X-RAY DIFFRACTION	93.57
2.4-2.59	0.1695	141	0.1563	2669	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.59-2.85	0.1928	140	0.1577	2676	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.85-3.26	0.1826	141	0.1612	2674	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.26-4.11	0.2015	140	0.1495	2661	X-RAY DIFFRACTION	96.85
4.11-45.6	0.1671	141	0.1677	2685	X-RAY DIFFRACTION	92.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.323150481199	-0.0237066931174	-0.0317458659824	0.785557705842	0.279015124751	0.207375333113	0.0574549401659	0.037079260897	-0.000980956831001	-0.122032597487	-0.070964015931	0.0104076906284	-0.110035198861	0.0427593279087	-0.00455796608154	0.174901377289	-0.0108743386844	0.00813847973324	0.143389376977	0.00206639613428	0.144016359215	17.7649896609	12.3289281981	15.6634170287
2	0.204353868556	-0.154313994933	-0.358400520696	0.492918067987	0.265863970204	0.520619302295	0.0269885966161	-0.00365699701428	-0.0190277038687	-0.059585897207	-0.038064314583	-0.0352897277161	-0.0241983693188	0.0225767558196	-0.000586708089954	0.116927796672	0.00576382865909	0.00102726202082	0.122767120156	-0.00569226766053	0.124274331853	12.2602961947	9.21217001105	24.7668428506
3	0.670532294262	-0.237157036449	-0.0497549025483	0.716500187374	-0.160265439382	0.776343667565	0.0241603012662	-0.0076159861592	0.00279566942907	-0.0275396428617	0.00329847577246	0.0479505210068	-0.0602752779063	-0.0785485382916	0.000280166830075	0.0935285515016	0.0197170968403	-0.00250267559503	0.105599897062	-0.00590207907793	0.111009222562	0.130488253465	11.492210149	33.5389844648
4	0.242673924425	-0.193882931438	-0.465017148287	0.715665978873	0.511664794874	0.4781495709	0.0081228128636	-0.00689540781282	-0.00449957481915	-0.115913293651	-0.0156744895039	-0.0254446345627	-0.0603069335464	0.0288524953992	0.0107005518325	0.122571611348	-0.00619871862589	-0.00144558318158	0.151892893623	0.0131349298065	0.155740322121	15.0664681067	4.654406393	20.0227392869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 297 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)