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- PDB-5n3c: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n3c | ||||||
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Title | cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule Thiophene-3-Carboximidamide | ||||||
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Function / homology | ![]() regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts. Authors: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 186.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n33C ![]() 5n3dC ![]() 5n3eC ![]() 5n3hC ![]() 5n3jC ![]() 5n3qC ![]() 5n3sC ![]() 6snnC ![]() 6snxC ![]() 6soxC ![]() 6spmC ![]() 6spsC ![]() 6spuC ![]() 6spyC ![]() 6ypsC ![]() 6z08C ![]() 6z44C ![]() 6zn0C ![]() 4wihS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 41193.746 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Phosphorylation of S11, S140, T198 and S339 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1993.318 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide / Source: (synth.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-8M2 / [ |
#4: Chemical | ChemComp-MPD / (![]() |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 / Details: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2016 / Details: Silicon |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. obs: 45623 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.58 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 13.24 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.88 Å / Redundancy: 6.41 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique obs: 7178 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 98.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4WIH Resolution: 1.772→45.59 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 19.22
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.772→45.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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