PDB-6yzy: Crystal structure of the M295V variant of Ssl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yzy

タイトル

Crystal structure of the M295V variant of Ssl1

要素

Copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Laccase / Ssl1 / Cu-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.282 Å

データ登録者

Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effect of the axial ligand mutation on spectral and structural properties of Ssl1 laccase
著者: Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yzy.cif.gz	308.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yzy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yzy_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yzy_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	6yzy_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	6yzy_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/6yzy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4aC 6yo5C 6yzdC 6yzfC 4m3hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yo5-d 4n8u-d 4m3h-d 3cg8-d 5o4i-4 6yzd-d 4wtq-d 6zip-2 5o4q-4 6zip-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Copper oxidase

BBB: Copper oxidase

CCC: Copper oxidase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.350, 103.960, 161.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Copper oxidase 分子量: 35586.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア) 遺伝子: SSEG_02446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HSR1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM HEPES pH 7.0, 1.4 M ammonium sulfate, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.282→48.989 Å / Num. obs: 39762 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.282→2.294 Å / Num. unique obs: 11949 / CC_1/2: 0.484

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M3H

4m3h

解像度: 2.282→48.989 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / WR_factor R_free: 0.261 / WR_factor R_work: 0.205 / SU B: 13.923 / SU ML: 0.299 / Average fsc free: 0.7842 / Average fsc work: 0.803 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	1994	5.015 %
R_work	0.2273	37768	-
all	0.23	-	-
obs	-	39762	98.643 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.176 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.282→48.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6271	0	30	60	6361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.643	8771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.187	1.581	13163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.141	5	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.539	21.008	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.646	15	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	40.573	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.536	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.177	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.116	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.242	3.926	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.242	3.926	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.7	5.879	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.7	5.88	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.01	4.009	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.995	4.001	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.244	5.948	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.226	5.936	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.951	43.68	6836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.939	43.684	6833

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.282-2.341	0.342	146	0.361	2633	X-RAY DIFFRACTION	94.1077
2.341-2.406	0.377	147	0.345	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.406-2.475	0.326	122	0.345	2589	X-RAY DIFFRACTION	97.2382
2.475-2.551	0.35	128	0.334	2539	X-RAY DIFFRACTION	98.8144
2.551-2.635	0.372	131	0.311	2456	X-RAY DIFFRACTION	98.7782
2.635-2.728	0.389	120	0.305	2381	X-RAY DIFFRACTION	98.0784
2.728-2.83	0.332	113	0.273	2357	X-RAY DIFFRACTION	99.6772
2.83-2.946	0.312	119	0.245	2182	X-RAY DIFFRACTION	98.6284
2.946-3.077	0.323	110	0.241	2140	X-RAY DIFFRACTION	98.6409
3.077-3.227	0.308	127	0.219	2050	X-RAY DIFFRACTION	98.9096
3.227-3.402	0.267	103	0.204	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.402-3.608	0.269	116	0.19	1827	X-RAY DIFFRACTION	99.0316
3.608-3.857	0.262	103	0.187	1751	X-RAY DIFFRACTION	99.3037
3.857-4.166	0.246	85	0.171	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.3653
4.166-4.563	0.199	75	0.152	1525	X-RAY DIFFRACTION	99.5025
4.563-5.101	0.223	67	0.152	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.5904
5.101-5.889	0.221	68	0.168	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.387
5.889-7.21	0.232	53	0.214	1062	X-RAY DIFFRACTION	99.8209
7.21-10.187	0.293	42	0.213	850	X-RAY DIFFRACTION	99.7763
10.187-48.989	0.296	19	0.275	507	X-RAY DIFFRACTION	98.6867

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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