PDB-6y4a: Crystal structure of the M295I variant of Ssl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y4a

タイトル

Crystal structure of the M295I variant of Ssl1

要素

Copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Laccase / Ssl1 / Cu-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / oxidoreductase activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.785 Å

データ登録者

Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2024
タイトル: Substitution of the axial Type 1 Cu Ligand Afford Binding of a Water Molecule in Axial Position Affecting Kinetics, Spectral, and Structural Properties of the Small Laccase Ssl1.
著者: Olbrich, A.C. / Mielenbrink, S. / Willers, V.P. / Koschorreck, K. / Birrell, J.A. / Span, I. / Urlacher, V.B.

履歴

登録	2020年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y4a.cif.gz	322.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y4a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yo5C 6yzdC 6yzfC 6yzyC 4m3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wtq-d 4m3h-d 6yo5-d 4n8u-d 6yzf-d 6yzd-d 6yzy-d 6fdj-4 5o4i-4 5o4q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Copper oxidase

BBB: Copper oxidase

CCC: Copper oxidase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.380, 104.320, 162.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Copper oxidase 分子量: 35600.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア) 遺伝子: SSEG_02446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HSR1
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM HEPES, pH 7.0, 1.4 M ammonium sulfate, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.785→50 Å / Num. obs: 159870 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.64
反射シェル	解像度: 1.785→1.89 Å / Num. unique obs: 25652 / CC_1/2: 0.521 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M3H

4m3h

解像度: 1.785→48.079 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.65 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	4262	5.095 %
R_work	0.1856	-	-
all	0.188	-	-
obs	-	83649	99.779 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.409 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.495 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.904 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.785→48.079 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6253	0	9	641	6903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.644	8721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.58	13098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.804	5	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.928	21.014	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.934	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.487	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	5558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.191	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.051	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.125	2.808	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.123	2.807	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.093	4.199	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.093	4.2	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	2.982	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.531	2.982	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.79	4.377	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.789	4.377	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.177	32.934	7225
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.09	32.577	7085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.785-1.832	0.344	335	0.314	5672	X-RAY DIFFRACTION	97.8339
1.832-1.882	0.312	276	0.284	5653	X-RAY DIFFRACTION	99.9326
1.882-1.936	0.288	279	0.261	5543	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
1.936-1.996	0.283	308	0.228	5292	X-RAY DIFFRACTION	99.9643
1.996-2.061	0.241	242	0.211	5270	X-RAY DIFFRACTION	99.9819
2.061-2.134	0.232	265	0.195	5025	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
2.134-2.214	0.226	257	0.179	4862	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
2.214-2.305	0.235	233	0.183	4681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.305-2.407	0.224	271	0.171	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.407-2.525	0.229	224	0.172	4308	X-RAY DIFFRACTION	99.9779
2.525-2.661	0.226	228	0.169	4131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.661-2.822	0.275	224	0.19	3849	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
2.822-3.017	0.258	176	0.188	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.017-3.259	0.209	193	0.186	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.259-3.57	0.2	176	0.172	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.9699
3.57-3.991	0.19	160	0.16	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.991-4.608	0.208	144	0.145	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.9628
4.608-5.642	0.176	121	0.146	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
5.642-7.975	0.194	95	0.192	1716	X-RAY DIFFRACTION	99.9448
7.975-48.079	0.266	55	0.227	1020	X-RAY DIFFRACTION	99.445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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