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- PDB-6ywp: Structure of apo-CutA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ywp
タイトルStructure of apo-CutA
要素CutA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / terminal nucleotide transferase / polymerase / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
polynucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothielavioides terrestris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-20E7/16-00 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of CutA, RNA nucleotidyl transferase with an unusual preference for cytosine.
著者: Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CutA
B: CutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1293
ポリマ－84,1042
非ポリマー241
水6,269348
1
A: CutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0772
ポリマ－42,0521
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CutA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0521
ポリマ－42,0521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.960, 70.233, 145.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.182, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 CutA / CutA


分子量: 42052.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothielavioides terrestris (strain ATCC 38088 / NRRL 8126) (菌類)
遺伝子: THITE_2112714 / プラスミド: pet28SUMO
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G2R014
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-KOH pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate and 25% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 41372 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.46 % / Biso Wilson estimate: 43.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.43
反射 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 6624 / CC1/2: 0.556 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→46.66 Å / SU ML: 0.3027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.8066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1641 3.97 %
Rwork0.198 39722 -
obs0.198 41363 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5509 0 1 348 5858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47987654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.22712092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.320.33441340.31593219X-RAY DIFFRACTION97.36
2.32-2.390.32081370.27873319X-RAY DIFFRACTION98.52
2.39-2.480.31481370.2613323X-RAY DIFFRACTION99.08
2.48-2.580.28181370.24263290X-RAY DIFFRACTION98.51
2.58-2.690.28951360.23093289X-RAY DIFFRACTION98.17
2.69-2.830.2541340.21623265X-RAY DIFFRACTION97.34
2.83-3.010.26061370.21453323X-RAY DIFFRACTION98.6
3.01-3.240.24361360.19583302X-RAY DIFFRACTION99.08
3.24-3.570.23461380.17973345X-RAY DIFFRACTION98.14
3.57-4.090.22311380.16443323X-RAY DIFFRACTION98.6
4.09-5.150.18151380.15953338X-RAY DIFFRACTION98.81
5.15-46.660.24861390.19883386X-RAY DIFFRACTION97.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.903556426011.149690288320.6650452795713.806607709850.2206284350643.166681421840.1102138564080.0640124145767-0.439067142075-0.109386663266-0.0178357815441-0.4106647794240.5127696605860.0224590228057-0.1289591839990.3118494847030.08311920677240.06155601070690.264732774979-0.04880154490310.453439946613-11.3077464124-29.29098468149.937059727
23.655661508290.545137127576-0.3170717829897.23812380227-2.137802782162.29892257116-0.03317367672390.07056577780960.2053296620350.2179091008620.1137513977720.227067663607-0.0956910960813-0.0779242699895-0.1001016164750.371701457419-0.0809284362989-0.01357190054790.280409520234-0.03191315753190.330000089578-7.108850317954.6335432723850.2772484008
31.485165714650.03544007449940.3291631953851.90151899465-0.4026295734731.94001385224-0.06654732910690.04345625592590.02203780892720.04473983416850.05514325746870.0307470340066-0.00773311051022-0.076140377274-0.006652609645630.295634841517-0.04985476923430.007044061560940.2121520715050.001222415085830.327403462869-21.0479033137-18.839433848751.496453829
45.493132221360.857937588085-0.4162434929850.5568907961030.3743620130372.93514981291-0.214601553641.77874977267-0.263356500274-0.3640145462350.353977503325-0.09243795464020.1405089543210.415320673434-0.1256877651490.675315996851-0.114856137905-0.01152117011790.83581746562-0.1478413740290.531402565312-14.76078037044.553822071556.03081206894
54.756099791343.0106396552-1.827538212892.40600621341-1.317001467632.05774935233-0.0706008086510.4058079112030.264505051479-0.02263337753620.1849733310830.136907851611-0.0558828641854-0.0748527834691-0.1097959164940.292284784431-0.0263865931006-0.01463739519860.351569574918-0.01499389550910.332728182414-37.5647745460.19111123870724.1762264299
65.594179013291.187852413460.9870752101482.850549202980.3241878081043.54255878921-0.1442612413610.6847721320990.200903105068-0.2327592455420.1142005456270.141395287497-0.0888102816890.1100238204420.04361180620650.33093283317-0.09779760094660.01893320506270.3809795973780.02446527336880.311407838791-17.115937216511.083337137818.2965894083
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 248 through 294 )AB248 - 2941 - 49
22chain 'A' and (resid 295 through 397 )AB295 - 39750 - 153
33chain 'A' and (resid 398 through 598 )AB398 - 598154 - 354
44chain 'B' and (resid 248 through 294 )BC248 - 2941 - 47
55chain 'B' and (resid 295 through 430 )BC295 - 43048 - 183
66chain 'B' and (resid 431 through 596 )BC431 - 595184 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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