PDB-6ywo: CutA in complex with A3 RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ywo

タイトル

CutA in complex with A3 RNA

要素

CutA
RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / terminal nucleotide transferase / polymerase / RNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of CutA, RNA nucleotidyl transferase with an unusual preference for cytosine.
著者: Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ywo.ent.gz	500.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ywo_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ywo_full_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示
XML形式データ	6ywo_validation.xml.gz	59.5 KB	表示
CIF形式データ	6ywo_validation.cif.gz	88.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ywnC 6ywpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n2k-d 4cia-d 4e7x-3 4djk-2 4mkx-d 6gde-d 5w0m-1 5c3r-1 4az3-d 4cib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CutA

B: CutA

C: CutA

D: CutA

E: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

I: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

F: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

K: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

174 kDa, 8 ポリマー
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1

A: CutA

F: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CutA

E: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: CutA

I: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: CutA

K: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.920, 56.950, 149.890
Angle α, β, γ (deg.)	79.859, 87.116, 75.832
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	CutA 分子量: 42521.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (菌類) 遺伝子: THITE_2112714 / プラスミド: pet28SUMO 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G2R014
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPA)-3') 分子量: 942.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate and 25% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→33.26 Å / Num. obs: 136433 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.71 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.49
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 21579 / CC_1/2: 0.59 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 1.9→33.26 Å / SU ML: 0.2405 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.8665
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	6817	5 %
R_work	0.1758	129557	-
obs	0.1777	136374	96.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11133	252	14	999	12398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	11799
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9453	16091
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	2040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.7124	4437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3929	204	0.3565	3895	X-RAY DIFFRACTION	88.53
1.92-1.94	0.3303	230	0.2974	4364	X-RAY DIFFRACTION	95.61
1.94-1.97	0.35	229	0.283	4344	X-RAY DIFFRACTION	95.43
1.97-1.99	0.2762	222	0.2546	4226	X-RAY DIFFRACTION	95.8
1.99-2.02	0.2819	226	0.2394	4288	X-RAY DIFFRACTION	95.8
2.02-2.04	0.2638	230	0.2233	4370	X-RAY DIFFRACTION	95.67
2.04-2.07	0.2654	221	0.2227	4200	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.07-2.11	0.2726	230	0.2193	4366	X-RAY DIFFRACTION	95.45
2.11-2.14	0.2718	221	0.2157	4202	X-RAY DIFFRACTION	95.04
2.14-2.17	0.2517	228	0.2081	4326	X-RAY DIFFRACTION	95.77
2.17-2.21	0.2532	228	0.2005	4340	X-RAY DIFFRACTION	96.58
2.21-2.25	0.2276	228	0.1809	4336	X-RAY DIFFRACTION	96.17
2.25-2.29	0.2404	230	0.1807	4361	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.29-2.34	0.2298	225	0.1759	4283	X-RAY DIFFRACTION	96.12
2.34-2.39	0.2298	230	0.1738	4363	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.39-2.45	0.2318	228	0.1813	4337	X-RAY DIFFRACTION	96.8
2.45-2.51	0.2626	230	0.1845	4374	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.51-2.58	0.233	231	0.1807	4384	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.58-2.65	0.2434	227	0.1784	4305	X-RAY DIFFRACTION	97
2.65-2.74	0.2301	230	0.1705	4377	X-RAY DIFFRACTION	96.68
2.74-2.84	0.2114	231	0.1678	4388	X-RAY DIFFRACTION	96.71
2.84-2.95	0.1939	227	0.1688	4312	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.95-3.08	0.2065	231	0.1693	4379	X-RAY DIFFRACTION	97.4
3.08-3.25	0.1925	230	0.1702	4381	X-RAY DIFFRACTION	97.71
3.25-3.45	0.2112	233	0.1606	4417	X-RAY DIFFRACTION	97.71
3.45-3.71	0.1802	228	0.1569	4335	X-RAY DIFFRACTION	96.57
3.71-4.09	0.1827	227	0.1464	4322	X-RAY DIFFRACTION	94.99
4.09-4.68	0.1607	230	0.1389	4369	X-RAY DIFFRACTION	98.02
4.68-5.89	0.1964	228	0.1679	4337	X-RAY DIFFRACTION	96.96
5.89-33.26	0.1983	224	0.1925	4276	X-RAY DIFFRACTION	94.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.80243656717	-0.842967047	1.37378759504	5.28131351771	-2.44234486181	7.86647931659	0.00745383187627	-0.576984302534	0.1671798766	0.841802444918	0.117595786027	3.3345983272E-5	-0.382759776019	-0.227069489474	-0.100392688161	0.339754821821	-0.0209175256044	0.0620773032505	0.315827493594	-0.151291120269	0.31554362383	-3.5900585083	12.6422556356	34.3575682052
2	3.08252828118	-2.07414797706	1.26785273216	3.30024249722	-1.68945035357	1.1052150193	0.104075822241	0.141021894617	0.0453674338208	-0.195050925579	-0.0936022387417	-0.0825313306843	0.0157062883989	0.115844674411	-0.00762756922473	0.26612929733	0.0163189267001	0.0242288609426	0.351070374165	-0.0229004731936	0.23135072396	20.0638179343	-3.31256864018	20.6672493789
3	1.46332502603	0.211533039528	0.0960154509602	1.60450306749	-0.287134722403	1.46776032314	0.0211798345437	-0.0104458063898	0.0280102021475	0.00450062549297	-0.0223083192126	-0.0325959977169	0.0690896847419	-0.000637612036565	0.00260298758466	0.195050009772	0.0220464616911	0.00409709021087	0.235442164585	-0.00818883984769	0.221288294416	-2.09266221914	1.9591802805	21.0121807419
4	3.75439513761	-0.704577397474	-2.15396575413	3.9539757377	-0.249416413161	6.85523686376	0.195006242606	0.511983447865	0.371171417037	-0.697053613415	-0.0425472718262	0.185020296577	-0.74452592633	-0.334385625464	-0.126470785005	0.345999106916	0.0495400733676	-0.129832716665	0.32171815863	0.109521267002	0.363278782721	-5.62769366775	14.6487232638	-29.8371761784
5	1.97548521264	-1.21951574587	-1.10404976116	3.7077317447	1.37275253326	1.29669115927	-0.0713642249424	-0.119756437485	-0.0855439280754	0.101408856661	0.099083988807	0.0697389533136	0.116261820375	-0.0229693512533	-0.0370787901884	0.377105983613	-0.0216292423875	-0.0121218275847	0.252326695578	0.0281806021161	0.23739960886	4.06796840019	-15.3719143948	-17.2159409105
6	1.63663221948	-0.112347625275	-0.266323889517	1.07644751023	0.132920809795	1.22218626337	0.00124098284342	0.016893875685	-0.00529322806676	-0.0312572162061	0.0210886389008	0.054096184441	0.0108871739559	0.0244655098671	-0.0267089875524	0.22162570358	0.00503355979872	-0.0146147930712	0.136344742431	0.00544873347721	0.185343057179	4.58551483155	7.29158519857	-17.5991992879
7	3.19272922002	1.06358508242	-0.982688883404	3.63197444995	-0.644372414462	3.72306364557	0.279086710023	-0.606686433055	0.413168767963	0.135652749663	-0.342923925078	-0.248862191859	-0.762041949152	0.718433503248	0.0761316889742	0.493701020998	-0.194797262978	0.0368759629212	0.506387901218	-0.0531719669202	0.301036922408	22.7684779932	-3.93134574534	60.7222471177
8	4.51637366368	-0.159973423017	5.35393851755	2.87587892409	0.452523485738	6.43282132566	-0.327060459233	-1.32601293153	-0.320894734665	0.804388494081	-0.517767528747	-0.230910581965	-0.156448066758	0.343967281171	0.58175372273	0.600446188731	-0.158169062881	0.00374062299783	1.06857882103	0.247772741539	0.414498023531	10.4004338569	-21.517188588	73.8515063247
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15	2.8914287082	0.529921508077	-0.667095313244	2.61773413583	-0.235792002014	7.14072073278	0.390807944602	-0.965828612444	0.371600682287	0.581133937449	-0.327378490959	0.167863046	-0.849426570587	-0.00610146213099	-0.0759049111965	0.494800692611	-0.132636740654	0.0492125440463	0.531992781448	-0.108564888817	0.295119698097	15.8179661185	-5.78085820659	64.3228527993
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19	3.37184236269	-1.08433486185	-2.27776796844	1.19328413065	2.31920309997	4.63145108732	0.922059039308	0.544638590434	-0.320049828321	-1.29078753797	0.00204717951259	0.303114674261	0.106747121183	0.356586180268	-0.896938608993	1.84834678008	0.512222199166	-0.0320479135467	1.30705830852	0.11169098473	0.696311318612	9.09743948414	-7.05880909616	-25.6715053802
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22	6.23540635112	0.468735299942	0.161456337839	1.35838435764	-1.14699244844	1.46275338742	0.0281034630043	0.0262518565697	0.382234002232	-0.0556256421163	-0.397318116378	0.826821582743	0.291409164916	-0.497756328169	0.341843906236	0.695144980771	-0.145682965656	0.0195928972362	1.1606789417	-0.219950472545	0.955718939655	19.9365532282	-3.33783086379	-41.2472164315

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 245 through 273 )	A	A	245 - 273	1 - 31
2	2	chain 'A' and (resid 274 through 397 )	A	A	274 - 397	32 - 163
3	3	chain 'A' and (resid 398 through 598 )	A	A	398 - 598	164 - 374
4	4	chain 'B' and (resid 246 through 273 )	B	B	246 - 273	1 - 30
5	5	chain 'B' and (resid 274 through 397 )	B	B	274 - 397	31 - 156
6	6	chain 'B' and (resid 398 through 598 )	B	B	398 - 598	157 - 361
7	7	chain 'C' and (resid 247 through 273 )	C	C	247 - 273	1 - 27
8	8	chain 'C' and (resid 274 through 294 )	C	C	274 - 294	28 - 50
9	9	chain 'C' and (resid 295 through 315 )	C	C	295 - 315	51 - 71
10	10	chain 'C' and (resid 316 through 363 )	C	C	316 - 363	72 - 119
11	11	chain 'C' and (resid 364 through 397 )	C	C	364 - 397	120 - 153
12	12	chain 'C' and (resid 398 through 413 )	C	C	398 - 413	154 - 169
13	13	chain 'C' and (resid 414 through 534 )	C	C	414 - 534	170 - 288
14	14	chain 'C' and (resid 535 through 564 )	C	C	535 - 564	289 - 322
15	15	chain 'C' and (resid 565 through 597 )	C	C	565 - 597	323 - 355
16	16	chain 'D' and (resid 248 through 294 )	D	D	248 - 294	1 - 49
17	17	chain 'D' and (resid 295 through 397 )	D	D	295 - 397	50 - 154
18	18	chain 'D' and (resid 398 through 597 )	D	D	398 - 597	155 - 362
19	19	chain 'E' and (resid -2 through 0 )	E	E	-2 - 0
20	20	chain 'I' and (resid -2 through 0 )	I	F	-2 - 0
21	21	chain 'F' and (resid -2 through 0 )	F	G	-2 - 0
22	22	chain 'K' and (resid -2 through 0 )	K	H	-2 - 0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)