[日本語] English
- PDB-6yw8: NMR solution structure of unbound recombinant human Nerve Growth ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yw8
タイトルNMR solution structure of unbound recombinant human Nerve Growth Factor (rhNGF)
要素Beta-nerve growth factor
キーワードHORMONE / human NGF / unbound structure / homodimer / cystin-knot
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / NADE modulates death signalling / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of DNA binding / Frs2-mediated activation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / neuron projection morphogenesis / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Golgi lumen / synaptic vesicle / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / axon / lipid binding / dendrite / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Golic Grdadolnik, S. / Paoletti, F.
資金援助 スロベニア, 3件
組織認可番号
Slovenian Research AgencyJ1-8145 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0010 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-1705 スロベニア
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / : 2021
タイトル: Endogenous modulators of neurotrophin signaling: Landscape of the transient ATP-NGF interactions.
著者: Paoletti, F. / Merzel, F. / Cassetta, A. / Ogris, I. / Covaceuszach, S. / Grdadolnik, J. / Lamba, D. / Golic Grdadolnik, S.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5742
ポリマ-26,5742
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area3730 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13287.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: hNGF is a homodimer. It has 3 disulfide bridges per protomer. Chain A: CYS 15 to CYS 80 CYS 58 to CYS 108 CYS 68 to CYS 110 Chain B: Chain A: CYS 15 to CYS 80 CYS 58 to CYS 108 CYS 68 to CYS 110
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
112isotropic13D HNCA
142isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
152isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.1 mM [U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O0.1 mM [U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, pH 7, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O0.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMNerve Growth Factor[U-99% 15N]1
50 mMHEPESnatural abundance1
0.1 mMNerve Growth Factor[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMHEPESnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Sample1 / pH: 7 / : 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent VNMRS / 製造業者: Agilent / モデル: VNMRS / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.2Rieping W., Habeck M., Bardiaux B., Bernard A., Malliavin T.E., Nilges M.精密化
ARIA2.3.2Rieping W., Habeck M., Bardiaux B., Bernard A., Malliavin T.E., Nilges M.structure calculation
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る