PDB-6yvb: Arabidopsis aspartate transcarbamoylase complex with carbamoyl ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yvb

タイトル

Arabidopsis aspartate transcarbamoylase complex with carbamoyl phosphate

要素

PYRB

キーワード

PLANT PROTEIN / Transferase / chloroplast / pyrimidine de novo biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / cellular response to phosphate starvation / amino acid metabolic process / chloroplast stroma / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.826 Å

データ登録者

Ramon Maiques, S. / Del Cano Ochoa, F. / Bellin, L. / Mohlmann, T.

資金援助

スペイン,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2016-80570-R	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RTI2018-098084-B-100	スペイン
German Research Foundation (DFG)	Mo 1032/4-1)	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	IRTG 1830	ドイツ

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of feedback inhibition and sequential firing of active sites in plant aspartate transcarbamoylase.
著者: Bellin, L. / Del Cano-Ochoa, F. / Velazquez-Campoy, A. / Mohlmann, T. / Ramon-Maiques, S.

履歴

登録	2020年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yvb.cif.gz	430.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yvb.ent.gz	337.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yvb_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yvb_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6yvb_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	6yvb_validation.cif.gz	116.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypoC 6ys6SC 6yspC 6yw9C 6ywjC 6yy1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ywj-1 6yy1-1 6yy1-2 1ort-5 1ort-4 1ort-3 1ort-2 1oth-1 4kwt-d 1fvo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: PYRB

B: PYRB

C: PYRB

D: PYRB

E: PYRB

F: PYRB

ヘテロ分子

226 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PYRB

B: PYRB

C: PYRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PYRB

E: PYRB

F: PYRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.268, 109.481, 212.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PYRB 分子量: 37188.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AXX17_At3g21670 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178VJE3, UniProt: P49077*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸分子量: 141.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₄NO₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP), with 10 mM carbamoyl phosphate. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0. ...詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP), with 10 mM carbamoyl phosphate. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4 and 0.1 M bis-tris pH 5.5. Cryo-conditions achieved by increasing glycerol concentration up to 20% in presence of carbamoyl phosphate.

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP), with 10 mM carbamoyl phosphate. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.826→76.278 Å / Num. obs: 212623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.826→1.93 Å / R_merge(I) obs: 1.058 / Num. unique obs: 30789 / CC_1/2: 0.704

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YS6

6ys6

解像度: 1.826→76.278 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.192 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	10800	5.082 %
R_work	0.172	-	-
all	0.174	-	-
obs	-	212513	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.068 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.039 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.826→76.278 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14733	0	196	1334	16263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	15633
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.645	21109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.407	1.581	34518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.896	5	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.031	21.683	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.809	15	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.377	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	17680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	14261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	7477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	7254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.303	3.773	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.303	3.773	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.212	5.635	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.212	5.635	9838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.253	4.173	7813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.253	4.174	7814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.105	6.083	11263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.105	6.083	11264
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.509	45.009	17585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.482	44.634	17321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.826-1.874	0.297	779	0.297	14777	X-RAY DIFFRACTION	99.8652
1.874-1.925	0.307	755	0.27	14447	X-RAY DIFFRACTION	99.9868
1.925-1.981	0.293	747	0.251	14055	X-RAY DIFFRACTION	99.973
1.981-2.042	0.283	653	0.23	13653	X-RAY DIFFRACTION	99.986
2.042-2.109	0.262	735	0.21	13213	X-RAY DIFFRACTION	99.9857
2.109-2.183	0.236	681	0.195	12832	X-RAY DIFFRACTION	99.9926
2.183-2.265	0.239	684	0.182	12314	X-RAY DIFFRACTION	99.9769
2.265-2.358	0.23	682	0.179	11864	X-RAY DIFFRACTION	99.9681
2.358-2.462	0.227	634	0.173	11399	X-RAY DIFFRACTION	99.9751
2.462-2.582	0.229	615	0.173	10899	X-RAY DIFFRACTION	99.9826
2.582-2.722	0.215	563	0.166	10447	X-RAY DIFFRACTION	99.9728
2.722-2.887	0.224	541	0.165	9861	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
2.887-3.086	0.211	503	0.17	9245	X-RAY DIFFRACTION	99.9487
3.086-3.333	0.201	476	0.17	8682	X-RAY DIFFRACTION	99.9018
3.333-3.651	0.21	407	0.172	8014	X-RAY DIFFRACTION	99.9644
3.651-4.081	0.18	364	0.148	7282	X-RAY DIFFRACTION	99.9477
4.081-4.712	0.164	397	0.13	6403	X-RAY DIFFRACTION	99.7945
4.712-5.768	0.182	280	0.15	5497	X-RAY DIFFRACTION	99.7238
5.768-8.145	0.228	217	0.182	4292	X-RAY DIFFRACTION	99.6684
8.145-76.278	0.217	87	0.166	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.2814

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関連情報:EMDBヘッダ

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