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Yorodumi- PDB-4kwt: Crystal structure of unliganded anabolic ornithine carbamoyltrans... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kwt | ||||||
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Title | Crystal structure of unliganded anabolic ornithine carbamoyltransferase from Vibrio vulnificus at 1.86 A resolution | ||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferaseOrnithine transcarbamylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Carbamoyl phosphate / ornithine / citrulline / phosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Bajor, J. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis Authors: Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kwt.cif.gz | 391.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kwt.ent.gz | 318.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kwt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4jfrC 4jhxC 4jqoC 4nf2C 4h31S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 39641.938 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: CMCP6 / Gene: argF, VV1_1466 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% w/v PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, ...Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% w/v PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2012 / Details: BE-LENSES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.86→50 Å / Num. all: 82600 / Num. obs: 81196 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 2.03 / Net I/σ(I): 35.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4H31 Resolution: 1.86→35.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1949 / WRfactor Rwork: 0.1578 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8569 / SU B: 6.512 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1285 / SU Rfree: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.35 Å2 / Biso mean: 39.7325 Å2 / Biso min: 19.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→35.5 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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