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Yorodumi- PDB-4nf2: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nf2 | ||||||
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Title | Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Bacillus anthracis in complex with carbamoyl phosphate and L-norvaline | ||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferaseOrnithine transcarbamylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carbamoyl phosphate / L-ornithine | ||||||
Function / homology | Function and homology information ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Shabalin, I.G. / Handing, K. / Cymborowski, M.T. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis Authors: Shabalin, I.G. / Handing, K. / Cymborowski, M.T. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nf2.cif.gz | 391.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nf2.ent.gz | 319.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nf2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4jfrC 4jhxC 4jqoC 4kwtC 4h31S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 5 - 311 / Label seq-ID: 29 - 335
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 38191.426 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: G86X, K191R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames Ancestor / Gene: argF, BAS4036, BA_4351, GBAA_4351 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q81M99, ornithine carbamoyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 20 mM L-norvaline, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: Index #79 (0.1 M Bis-Tris pH 6.5, ...Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 20 mM L-norvaline, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: Index #79 (0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M NH4 Acetate,25% w/v PEG 3350). Mixed as 0.2 ul + 0.2 ul., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2012 / Details: Be-Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGT / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.74→50 Å / Num. all: 105890 / Num. obs: 105149 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Χ2: 1.173 / Net I/σ(I): 12.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4H31 Resolution: 1.74→29.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1727 / WRfactor Rwork: 0.1461 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9034 / SU B: 3.48 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0906 / SU Rfree: 0.0867 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.21 Å2 / Biso mean: 32.3437 Å2 / Biso min: 14.56 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→29.23 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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