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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yup | |||||||||
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タイトル | Heterotetrameric structure of the rBAT-b(0,+)AT1 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter Heteromeric amino acid transporter Human transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport ...basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / vacuolar membrane / amino acid transport / brush border membrane / peptide antigen binding / gene expression / protein-containing complex assembly / carbohydrate metabolic process / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, D. / Safarian, S. / Michel, H. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Structural basis for amino acid exchange by a human heteromeric amino acid transporter. 著者: Di Wu / Tamara N Grund / Sonja Welsch / Deryck J Mills / Max Michel / Schara Safarian / Hartmut Michel / 要旨: Heteromeric amino acid transporters (HATs) comprise a group of membrane proteins that belong to the solute carrier (SLC) superfamily. They are formed by two different protein components: a light ...Heteromeric amino acid transporters (HATs) comprise a group of membrane proteins that belong to the solute carrier (SLC) superfamily. They are formed by two different protein components: a light chain subunit from an SLC7 family member and a heavy chain subunit from the SLC3 family. The light chain constitutes the transport subunit whereas the heavy chain mediates trafficking to the plasma membrane and maturation of the functional complex. Mutation, malfunction, and dysregulation of HATs are associated with a wide range of pathologies or represent the direct cause of inherited and acquired disorders. Here we report the cryogenic electron microscopy structure of the neutral and basic amino acid transport complex (bAT1-rBAT) which reveals a heterotetrameric protein assembly composed of two heavy and light chain subunits, respectively. The previously uncharacterized interaction between two HAT units is mediated via dimerization of the heavy chain subunits and does not include participation of the light chain subunits. The bAT1 transporter adopts a LeuT fold and is captured in an inward-facing conformation. We identify an amino-acid-binding pocket that is formed by transmembrane helices 1, 6, and 10 and conserved among SLC7 transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yup.cif.gz | 328.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yup.ent.gz | 274.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78937.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A1, RBAT / 細胞株 (発現宿主): FlpInTRex / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / Variant (発現宿主): FlpInTRex / 参照: UniProt: Q07837 #2: タンパク質 | 分子量: 53515.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A9, BAT1 / 細胞株 (発現宿主): FlpInTRex / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / Variant (発現宿主): FlpInTRex / 参照: UniProt: P82251 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heterotetrameric complex of rBAT and b(0,+)AT1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: 2 x rBAT 2 x b(0,+)AT1 / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 264.666 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / プラスミド: pcDNA5.1/pACMV-teto | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92789 / 対称性のタイプ: POINT |