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- PDB-6yuf: Cohesin complex with loader gripping DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yuf
タイトルCohesin complex with loader gripping DNA
要素
  • (DNA (32-MER)) x 2
  • (Structural maintenance of chromosomes protein ...) x 2
  • Cohesin subunit rad21
  • Sister chromatid cohesion protein mis4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromosome segregation Sister chromatid cohesion SMC complexes Cohesin ABC-ATPase Mis4-Scc2-NIPBL
機能・相同性
機能・相同性情報


Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / heterochromatin island / cohesin loader activity / meiotic cohesin complex ...Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / heterochromatin island / cohesin loader activity / meiotic cohesin complex / cohesin complex / chromosome, subtelomeric region / mitotic cohesin complex / establishment of protein localization to chromatin / homologous chromosome segregation / rDNA heterochromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / ATPase activator activity / mitotic sister chromatid segregation / pericentric heterochromatin / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / chromosome / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein ...HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Cohesin subunit rad21 / Sister chromatid cohesion protein mis4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Higashi, T.L. / Eickhoff, P. / Sousa, J.S. / Costa, A. / Uhlmann, F.
資金援助2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)
The Francis Crick Institute
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: A Structure-Based Mechanism for DNA Entry into the Cohesin Ring.
著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J ...著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Frank Uhlmann /
要旨: Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and ...Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize a cohesin loading intermediate in which DNA is locked between two gates that lead into the cohesin ring. Building on this structural framework, we design experiments to establish the order of events during cohesin loading. In an initial step, DNA traverses an N-terminal kleisin gate that is first opened upon ATP binding and then closed as the cohesin loader locks the DNA against the ATPase gate. ATP hydrolysis will lead to ATPase gate opening to complete DNA entry. Whether DNA loading is successful or results in loop extrusion might be dictated by a conserved kleisin N-terminal tail that guides the DNA through the kleisin gate. Our results establish the molecular basis for cohesin loading onto DNA.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月19日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年8月19日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年8月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10930
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cohesin subunit rad21
D: Sister chromatid cohesion protein mis4
A: Structural maintenance of chromosomes protein 1
C: Structural maintenance of chromosomes protein 3
X: DNA (32-MER)
Y: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,28410
ポリマ－546,2976
非ポリマー9864
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, prot-prot and DNA-prot XL-MS, cross-linking, fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20800 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area122870 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BD

#1: タンパク質 Cohesin subunit rad21 / Double-strand-break repair protein rad21 / SCC1 homolog


分子量: 67913.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: rad21, SPCC338.17c / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30776
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein mis4 / SCC2 homolog


分子量: 180924.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: mis4, SPAC31A2.05c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09725

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Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AC

#3: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Chromosome segregation protein smc1 / Cohesin complex subunit psm1


分子量: 140728.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: psm1, smc1, SPBC29A10.04 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O94383
#4: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Cohesin complex Psm3 subunit


分子量: 137048.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: psm3, smc3, SPAC10F6.09c / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O42649

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#5: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9852.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9829.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cohesin complex with loader gripping DNACOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes protein 1 and 3COMPLEX#1, #3-#41RECOMBINANT
3DNA (32-MER)COMPLEX#5-#61RECOMBINANT
4Sister chromatid cohesion protein mis4COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)284812
24Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)284812
33Synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
24Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)4896
33Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 33.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
8PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 883184
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255148 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01819994
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.70427260
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d32.5893079
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0843159
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0113221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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