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- PDB-6ysa: Crystal structure of Arabidopsis thaliana legumain isoform beta i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysa
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana legumain isoform beta in zymogen state
要素Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
キーワードHYDROLASE / protease / ligase / proenzyme / vacuolar processing enzyme / VPE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein storage vacuole / legumain / vacuolar protein processing / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Dall, E. / Zauner, F.B. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW_01213 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural and functional studies ofArabidopsis thalianalegumain beta reveal isoform specific mechanisms of activation and substrate recognition.
著者: Dall, E. / Zauner, F.B. / Soh, W.T. / Demir, F. / Dahms, S.O. / Cabrele, C. / Huesgen, P.F. / Brandstetter, H.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
B: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
C: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
D: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
E: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
F: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
G: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
H: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
I: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
J: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
K: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
L: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)618,54791
ポリマ－606,92212
非ポリマー11,62579
水40,5702252
1
A: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4827
ポリマ－50,5771
非ポリマー9056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5788
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,0017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5788
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,0017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3856
ポリマ－50,5771
非ポリマー8095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6748
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,0977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6749
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,0978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3856
ポリマ－50,5771
非ポリマー8095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6749
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,0978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,77010
ポリマ－50,5771
非ポリマー1,1939
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4827
ポリマ－50,5771
非ポリマー9056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4827
ポリマ－50,5771
非ポリマー9056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3856
ポリマ－50,5771
非ポリマー8095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.465, 170.465, 196.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme / Asparaginyl endopeptidase beta-VPE / Beta-VPE


分子量: 50576.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: bVPE, At1g62710, F23N19.7 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q39044, legumain
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate and 0.1 M trisodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.949998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.949998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→49.69 Å / Num. obs: 337197 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 31.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 15861 / CC1/2: 0.22 / Rpim(I) all: 0.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nij

5nij


解像度: 2.01→49.68 Å / SU ML: 0.2897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.5142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 17034 5.06 %
Rwork0.2086 319560 -
obs0.2091 336594 90.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39208 0 679 2254 42141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00640719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.148355226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.57416051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00417060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.513514774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.030.36855560.35679514X-RAY DIFFRACTION81.24
2.03-2.050.34715930.339910830X-RAY DIFFRACTION92.17
2.05-2.080.34746230.33610848X-RAY DIFFRACTION92.37
2.08-2.10.36856020.333910891X-RAY DIFFRACTION92.37
2.1-2.130.34745730.327810888X-RAY DIFFRACTION92.02
2.13-2.160.31916060.30910820X-RAY DIFFRACTION92.41
2.16-2.190.30715830.300210907X-RAY DIFFRACTION92.28
2.19-2.220.3156010.296810832X-RAY DIFFRACTION91.76
2.22-2.260.32595300.284110548X-RAY DIFFRACTION89.55
2.26-2.30.27585600.271610875X-RAY DIFFRACTION91.85
2.3-2.340.30425810.267211013X-RAY DIFFRACTION93.26
2.34-2.380.28145570.262711060X-RAY DIFFRACTION93.58
2.38-2.420.29196240.255210978X-RAY DIFFRACTION93.32
2.42-2.470.27235430.248711038X-RAY DIFFRACTION92.9
2.47-2.530.286340.242310838X-RAY DIFFRACTION92.43
2.53-2.590.26246550.228210700X-RAY DIFFRACTION91.04
2.59-2.650.24845210.226310725X-RAY DIFFRACTION90.66
2.65-2.720.23845620.225210667X-RAY DIFFRACTION90.19
2.72-2.80.23255650.22910479X-RAY DIFFRACTION88.51
2.8-2.890.24735600.227810890X-RAY DIFFRACTION92.03
2.89-30.22825610.224610818X-RAY DIFFRACTION91.54
3-3.120.2175230.216210776X-RAY DIFFRACTION90.73
3.12-3.260.21915240.204110694X-RAY DIFFRACTION89.88
3.26-3.430.21015260.1910425X-RAY DIFFRACTION88.03
3.43-3.640.18045120.16919968X-RAY DIFFRACTION84.01
3.64-3.920.1665560.153310616X-RAY DIFFRACTION89.65
3.92-4.320.13745490.139110577X-RAY DIFFRACTION89.07
4.32-4.940.12385930.130810197X-RAY DIFFRACTION86.28
4.94-6.230.16435100.164410107X-RAY DIFFRACTION84.72
6.23-49.680.18135510.188410041X-RAY DIFFRACTION83.7

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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