PDB-6yru: Crystal structure of FAP in the dark at 100K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yru

タイトル

Crystal structure of FAP in the dark at 100K

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / GMC fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Sorigue, D. / Gotthard, G. / Blangy, S. / Nurizzo, D. / Royant, A. / Beisson, F. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yru.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yru.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yru_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yru_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6yru_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	6yru_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yrvC 6yrxC 6yrzC 6ys1C 6ys2C 6zh7C 7av4C 5nccS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrv-d 6ys1-d 5guw-2 3t6s-d 5gux-2 4nbr-2 4o0e-d 4o5o-d 4o48-d 6y29-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.690, 103.570, 155.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase 分子量: 61086.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC92
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000 25-40%, Na citrate 100 mM, spermidine 10mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97372 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→86 Å / Num. obs: 69240 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.727 % / B_iso Wilson estimate: 34.226 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 11.02

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.78-1.9	4.838	1.132	1.03	12174	0.512	1.269	99.4
1.9-2.05	4.753	0.62	2.04	11526	0.771	0.697	99.4
2.05-2.25	4.619	0.315	4.12	10942	0.917	0.356	99
2.25-2.51	4.844	0.18	7.41	9553	0.974	0.202	99.6
2.51-2.9	4.625	0.108	12.06	8695	0.989	0.122	99.3
2.9-3.55	4.835	0.056	23.16	7350	0.997	0.063	99.6
3.55-5	4.561	0.033	36	5707	0.999	0.037	99.1
5-86	4.565	0.026	39.53	3293	0.999	0.029	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCC

5ncc

解像度: 1.78→46.503 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.45 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	3431	4.958 %
R_work	0.1721	-	-
all	0.174	-	-
obs	-	69195	99.213 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.486 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→46.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4267	0	93	525	4885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.649	6037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.602	9538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.482	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.381	21.667	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.788	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.19	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.346	3.012	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.339	3.011	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.216	4.51	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.218	4.511	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.61	3.254	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.613	3.255	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.17	4.753	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.169	4.753	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.061	37.577	5271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.773	36.764	5103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.826	0.382	245	0.352	4785	X-RAY DIFFRACTION	98.4923
1.826-1.876	0.318	233	0.312	4692	X-RAY DIFFRACTION	99.2743
1.876-1.931	0.302	252	0.285	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.6087
1.931-1.99	0.294	236	0.261	4426	X-RAY DIFFRACTION	99.4666
1.99-2.055	0.257	252	0.231	4268	X-RAY DIFFRACTION	99.4281
2.055-2.127	0.239	216	0.212	4132	X-RAY DIFFRACTION	98.3488
2.127-2.207	0.239	209	0.192	4044	X-RAY DIFFRACTION	99.4389
2.207-2.298	0.23	207	0.181	3883	X-RAY DIFFRACTION	99.5134
2.298-2.4	0.214	178	0.167	3748	X-RAY DIFFRACTION	99.4932
2.4-2.517	0.226	173	0.161	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.7081
2.517-2.653	0.211	174	0.158	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.5852
2.653-2.813	0.197	162	0.156	3203	X-RAY DIFFRACTION	98.7383
2.813-3.007	0.198	181	0.158	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.7498
3.007-3.248	0.185	133	0.171	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.6352
3.248-3.558	0.198	135	0.178	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.4215
3.558-3.977	0.174	122	0.151	2356	X-RAY DIFFRACTION	98.8432
3.977-4.59	0.118	119	0.107	2094	X-RAY DIFFRACTION	99.2377
4.59-5.618	0.158	82	0.123	1818	X-RAY DIFFRACTION	99.4764
5.618-7.928	0.207	76	0.159	1401	X-RAY DIFFRACTION	98.4667
7.928-46	0.151	46	0.164	822	X-RAY DIFFRACTION	97.4186

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関連情報:EMDBヘッダ

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