PDB-5ncc: Structure of Fatty acid Photodecarboxylase in complex with FAD an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ncc

タイトル

Structure of Fatty acid Photodecarboxylase in complex with FAD and palmitic acid

要素

Fatty acid Photodecarboxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.12 Å

データ登録者

Arnoux, P. / Sorigue, D. / Beisson, F. / Pignol, D.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: An algal photoenzyme converts fatty acids to hydrocarbons.
著者: Sorigue, D. / Legeret, B. / Cuine, S. / Blangy, S. / Moulin, S. / Billon, E. / Richaud, P. / Brugiere, S. / Coute, Y. / Nurizzo, D. / Muller, P. / Brettel, K. / Pignol, D. / Arnoux, P. / Li- ...

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb5ncc.ent.gz	532.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ncc_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ncc_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5ncc_validation.xml.gz	136.1 KB	表示
CIF形式データ	5ncc_validation.cif.gz	175.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5ncc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5ncc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jbvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rde-2 4flq-d 3rde-1 6xlr-d 5yb0-6 5gqc-2 6ns3-d 5v9g-d 3mof-2 5fno-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (6)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
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#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
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#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid Photodecarboxylase

B: Fatty acid Photodecarboxylase

C: Fatty acid Photodecarboxylase

D: Fatty acid Photodecarboxylase

E: Fatty acid Photodecarboxylase

F: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

382 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric
63.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Fatty acid Photodecarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.234, 192.109, 116.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	HIS	HIS	A	A	61 - 403	1 - 343
2	1	SER	SER	HIS	HIS	B	B	61 - 403	1 - 343
1	2	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	409 - 644	349 - 584
2	2	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	409 - 644	349 - 584
1	3	SER	SER	HIS	HIS	A	A	61 - 403	1 - 343
2	3	SER	SER	HIS	HIS	C	C	61 - 403	1 - 343
1	4	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	409 - 644	349 - 584
2	4	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	409 - 644	349 - 584
1	5	SER	SER	HIS	HIS	A	A	61 - 403	1 - 343
2	5	SER	SER	HIS	HIS	D	D	61 - 403	1 - 343
1	6	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	409 - 644	349 - 584
2	6	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	409 - 644	349 - 584
1	7	SER	SER	HIS	HIS	A	A	61 - 403	1 - 343
2	7	SER	SER	HIS	HIS	E	E	61 - 403	1 - 343
1	8	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	409 - 644	349 - 584
2	8	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	409 - 644	349 - 584
1	9	SER	SER	HIS	HIS	A	A	61 - 403	1 - 343
2	9	SER	SER	HIS	HIS	F	F	61 - 403	1 - 343
1	10	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	409 - 644	349 - 584
2	10	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	409 - 644	349 - 584
1	11	SER	SER	ILE	ILE	B	B	61 - 404	1 - 344
2	11	SER	SER	ILE	ILE	C	C	61 - 404	1 - 344
1	12	SER	SER	ILE	ILE	B	B	61 - 404	1 - 344
2	12	SER	SER	ILE	ILE	D	D	61 - 404	1 - 344
1	13	SER	SER	ILE	ILE	B	B	61 - 404	1 - 344
2	13	SER	SER	ILE	ILE	E	E	61 - 404	1 - 344
1	14	SER	SER	ILE	ILE	B	B	61 - 404	1 - 344
2	14	SER	SER	ILE	ILE	F	F	61 - 404	1 - 344
1	15	GLY	GLY	SER	SER	B	B	409 - 645	349 - 585
2	15	GLY	GLY	SER	SER	C	C	409 - 645	349 - 585
1	16	GLY	GLY	SER	SER	B	B	409 - 645	349 - 585
2	16	GLY	GLY	SER	SER	D	D	409 - 645	349 - 585
1	17	GLY	GLY	SER	SER	B	B	409 - 645	349 - 585
2	17	GLY	GLY	SER	SER	E	E	409 - 645	349 - 585
1	18	GLY	GLY	SER	SER	B	B	409 - 645	349 - 585
2	18	GLY	GLY	SER	SER	F	F	409 - 645	349 - 585
1	19	SER	SER	ILE	ILE	C	C	61 - 404	1 - 344
2	19	SER	SER	ILE	ILE	D	D	61 - 404	1 - 344
1	20	SER	SER	ILE	ILE	C	C	61 - 404	1 - 344
2	20	SER	SER	ILE	ILE	E	E	61 - 404	1 - 344
1	21	SER	SER	ILE	ILE	C	C	61 - 404	1 - 344
2	21	SER	SER	ILE	ILE	F	F	61 - 404	1 - 344
1	22	GLY	GLY	SER	SER	C	C	409 - 645	349 - 585
2	22	GLY	GLY	SER	SER	D	D	409 - 645	349 - 585
1	23	GLY	GLY	SER	SER	C	C	409 - 645	349 - 585
2	23	GLY	GLY	SER	SER	E	E	409 - 645	349 - 585
1	24	GLY	GLY	SER	SER	C	C	409 - 645	349 - 585
2	24	GLY	GLY	SER	SER	F	F	409 - 645	349 - 585
1	25	SER	SER	ILE	ILE	D	D	61 - 404	1 - 344
2	25	SER	SER	ILE	ILE	E	E	61 - 404	1 - 344
1	26	SER	SER	ILE	ILE	D	D	61 - 404	1 - 344
2	26	SER	SER	ILE	ILE	F	F	61 - 404	1 - 344
1	27	GLY	GLY	SER	SER	D	D	409 - 645	349 - 585
2	27	GLY	GLY	SER	SER	E	E	409 - 645	349 - 585
1	28	GLY	GLY	SER	SER	D	D	409 - 645	349 - 585
2	28	GLY	GLY	SER	SER	F	F	409 - 645	349 - 585
1	29	SER	SER	ILE	ILE	E	E	61 - 404	1 - 344
2	29	SER	SER	ILE	ILE	F	F	61 - 404	1 - 344
1	30	GLY	GLY	SER	SER	E	E	409 - 645	349 - 585
2	30	GLY	GLY	SER	SER	F	F	409 - 645	349 - 585

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Fatty acid Photodecarboxylase 分子量: 62734.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A248QE08*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20-25% PEG3350 17-20% 2-propanol 0.1M NaCitrate 0.1M pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.853
1	1	H, -K, -H-L	2	0.147

反射

解像度: 3.12→100 Å / Num. obs: 70398 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度: 3.12→3.26 Å / R_merge(I) obs: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JBV

2jbv

解像度: 3.12→49.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.874 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.831 / SU B: 20.007 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27827	5521	8.5 %	RANDOM
R_work	0.22463	-	-	-
obs	0.22886	59378	96.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-26.9 Å²	0 Å²	-22.22 Å²
2-	-	20.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.12→49.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25794	0	390	0	26184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	26714
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.934	1.978	36260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.106	5	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.078	23.607	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.125	15	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.844	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	20356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.704	6.144	13854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.698	9.205	17286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.299	6.091	12860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.334	95.478	46985
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19336	0.07
1	2	B	19336	0.07
2	1	A	13268	0.06
2	2	B	13268	0.06
3	1	A	19276	0.07
3	2	C	19276	0.07
4	1	A	13266	0.05
4	2	C	13266	0.05
5	1	A	19312	0.08
5	2	D	19312	0.08
6	1	A	13256	0.06
6	2	D	13256	0.06
7	1	A	19188	0.08
7	2	E	19188	0.08
8	1	A	13098	0.07
8	2	E	13098	0.07
9	1	A	19220	0.08
9	2	F	19220	0.08
10	1	A	13030	0.08
10	2	F	13030	0.08
11	1	B	19352	0.08
11	2	C	19352	0.08
12	1	B	19316	0.08
12	2	D	19316	0.08
13	1	B	19228	0.08
13	2	E	19228	0.08
14	1	B	19210	0.08
14	2	F	19210	0.08
15	1	B	13268	0.06
15	2	C	13268	0.06
16	1	B	13282	0.07
16	2	D	13282	0.07
17	1	B	13082	0.08
17	2	E	13082	0.08
18	1	B	13056	0.08
18	2	F	13056	0.08
19	1	C	19348	0.08
19	2	D	19348	0.08
20	1	C	19252	0.08
20	2	E	19252	0.08
21	1	C	19230	0.08
21	2	F	19230	0.08
22	1	C	13308	0.06
22	2	D	13308	0.06
23	1	C	13110	0.08
23	2	E	13110	0.08
24	1	C	13084	0.07
24	2	F	13084	0.07
25	1	D	19208	0.08
25	2	E	19208	0.08
26	1	D	19188	0.08
26	2	F	19188	0.08
27	1	D	13174	0.08
27	2	E	13174	0.08
28	1	D	13102	0.07
28	2	F	13102	0.07
29	1	E	19176	0.08
29	2	F	19176	0.08
30	1	E	12886	0.09
30	2	F	12886	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3.123→3.204 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	269	-
R_work	0.262	2658	-
obs	-	-	59.1 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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