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- PDB-6ypf: NUDIX1 hydrolase from Rosa x hybrida in complex with geranyl pyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypf
タイトルNUDIX1 hydrolase from Rosa x hybrida in complex with geranyl pyrophosphate
要素Geranyl diphosphate phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix hydrolase / rose scent / sesquiterpenes
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate phosphohydrolase / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / Geranyl diphosphate phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rosa hybrid cultivar (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Degut, C. / Rety, S. / Tisne, C. / Baudino, S.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2020
タイトル: Functional diversification in the Nudix hydrolase gene family drives sesquiterpene biosynthesis in Rosa × wichurana.
著者: Sun, P. / Degut, C. / Rety, S. / Caissard, J.C. / Hibrand-Saint Oyant, L. / Bony, A. / Paramita, S.N. / Conart, C. / Magnard, J.L. / Jeauffre, J. / Abd-El-Haliem, A.M. / Marie-Magdelaine, J. ...著者: Sun, P. / Degut, C. / Rety, S. / Caissard, J.C. / Hibrand-Saint Oyant, L. / Bony, A. / Paramita, S.N. / Conart, C. / Magnard, J.L. / Jeauffre, J. / Abd-El-Haliem, A.M. / Marie-Magdelaine, J. / Thouroude, T. / Baltenweck, R. / Tisne, C. / Foucher, F. / Haring, M. / Hugueney, P. / Schuurink, R.C. / Baudino, S.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1172
ポリマ－16,8031
非ポリマー3141
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.287, 49.287, 104.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Geranyl diphosphate phosphohydrolase / Nudix hydrolase 1 / RhNUDX1


分子量: 16802.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rosa hybrid cultivar (植物) / 遺伝子: NUDIX1 / 器官: petals / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: M4I1C6, geranyl diphosphate phosphohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニル二りん酸


分子量: 314.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate , 25% PEG400, 5mM GPP (soaking 1s)

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→104.29 Å / Num. obs: 26639 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05642 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 10.66
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05642 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 2589 / CC1/2: 0.512 / CC star: 0.823 / Rpim(I) all: 0.02909 / % possible all: 98.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALS1.14.12データ削減
DIALS1.14.12データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4kyx

4kyx


解像度: 1.45→42.68 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8903
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 2007 7.55 %
Rwork0.207 24587 -
obs0.208 26594 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1035 0 19 109 1163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01361501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0868158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7805157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.40031370.37561672X-RAY DIFFRACTION98.37
1.49-1.530.38391430.33691723X-RAY DIFFRACTION99.2
1.53-1.570.33391400.30411720X-RAY DIFFRACTION99.52
1.57-1.620.28791400.28871744X-RAY DIFFRACTION99.63
1.62-1.680.27631400.2611723X-RAY DIFFRACTION99.36
1.68-1.750.28441450.27021751X-RAY DIFFRACTION99.74
1.75-1.830.25331460.2491730X-RAY DIFFRACTION99.58
1.83-1.920.2591460.22881747X-RAY DIFFRACTION99.68
1.92-2.040.22061400.22221764X-RAY DIFFRACTION99.69
2.04-2.20.20121450.2011736X-RAY DIFFRACTION99.73
2.2-2.420.21721440.19421780X-RAY DIFFRACTION99.69
2.42-2.770.21171450.19471787X-RAY DIFFRACTION99.74
2.77-3.490.19141490.18351810X-RAY DIFFRACTION99.49
3.5-42.680.19331470.18271900X-RAY DIFFRACTION99.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.156733578064.41112240994.649271079974.858254660284.493780896117.283317615490.0744973910024-0.0300499857448-0.405290363162-0.2915469848320.07000001504030.06392962579990.743639289776-0.228700229688-0.1330328096730.357092610868-0.0196524583567-0.08253044156530.2052109226160.02580962902060.251852380033-34.06942504312.65981550013.8520613891
25.21336333682-0.2422109943830.389335091378.47062469995-0.2323207557214.107181446020.1571140338580.0679080316928-0.329796462055-0.975421400461-0.504213596008-0.5920181685940.5043730983790.6861288774070.2996876640390.3383275687210.135198159230.04733829151640.3738823639610.1205635779710.2267970953-20.640257370411.57695879428.48487438915
36.08169710021-1.397199190082.231717502211.82195822921-2.029975105374.39395190470.0906396979229-0.152866798647-0.08278267166670.01998588567630.04229590214270.04150394913780.30342135614-0.103964754153-0.148352158140.1844247968250.0175751534713-0.01522465319490.1200878053370.002010437881140.147262756895-34.647669771314.01554912414.1016371519
42.52410566518-0.7216696922012.343708812851.19019770526-1.346073232845.773141154620.1176363008050.0414851474039-0.0343824544809-0.0328409866214-0.07317293068660.04605749405540.2031536760810.274030706233-0.03635880674130.1729995626510.0212326417805-0.02408378839950.1416440974240.005810265941730.177303444284-29.462760110617.08144385198.10463817313
51.729425827972.97407759006-0.9098469174085.4263301637-2.111106927913.35137081158-0.002284468182560.270954069020.0887254690459-0.481529022455-0.0516892234223-0.1074323938710.6050346097020.1858770555380.08725988453860.2164007623470.1259580999360.002383283865050.2751741660610.06804158133780.281811356517-21.78903260736.3709414849813.7125113363
64.682075679541.28107126645-0.2616931332455.397090033720.3981553039543.5365671507-0.01524717677231.265297083040.637204203082-0.5829435262940.0412187612884-0.9526251068510.257037832061.59216902335-0.1018683340340.3233642882420.1696601310950.1028546913310.7625590288650.1481492401860.598867261905-15.840668686615.48525994062.9221430228
74.84623433633-0.472194548835-0.733398819646.065334803410.8340557552375.984088573340.1482284942690.112769759149-0.292189893577-0.211271456483-0.3695991472920.0362798688364-0.3429510053170.7122421945480.1949587383780.3443311205910.00913817665931-0.02692149696010.564410153090.08933446130630.331336477848-23.122692312919.1378769978-1.09583117958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 125 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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