PDB-4kyx: Crystal structure of ADP-ribose pyrophosphatase MutT from Rickett...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kyx

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose pyrophosphatase MutT from Rickettsia felis

要素

ADP-ribose pyrophosphatase MutT

キーワード

HYDROLASE / ADP-ribose pyrophosphatase MutT / MutT / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia felis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose pyrophosphatase MutT from Rickettsia felis
著者: Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2013年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kyx.cif.gz	124.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kyx.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nfw-16 4nfx-12 4nfw-15 3shd-16 4nfw-18 1mbu-1 2ay0-d 6jf7-d 6jf4-d 3shd-13 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: RifeA.17522.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase MutT

B: ADP-ribose pyrophosphatase MutT

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.980, 63.780, 71.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase MutT 分子量: 17524.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rickettsia felis (バクテリア) / 株: ATCC VR-1525 / URRWXCal2 / 遺伝子: mutT, RF_0595 / プラスミド: RifeA.17522.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q4ULX7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ADP-ribose pyrophosphatase MutT

分子量: 17524.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rickettsia felis (バクテリア) / 株: ATCC VR-1525 / URRWXCal2 / 遺伝子: mutT, RF_0595 / プラスミド: RifeA.17522.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4ULX7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	1.97	37.7
2	2	38.4

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
290	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	5.5	JCSG screen, condition H10: 25% PEG 3350, 200mM ammonium acetate, 100mM BisTris pH 5.5; RifeA.17522.a.B1.PW36475 at 28.18 mg/ml, tray 241401h10; crystal incubated in 375mM NaI / 7.5% EG, and 750mM NaI / 15% EG; this crystal was used for phasing, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
290	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.5	JCSG screen, condition A5: 20% PEG 3350, 200mM magnesium formate; RifeA.17522.a.B1.PW36475 at 28.18 mg/ml, tray 241401a5; cryo: 10/20% EG; this crystal was used for refinement, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX1		2	0.9537

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU SATURN 944+	1	CCD	2013年4月9日
ADSC QUANTUM 210r	2	CCD	2013年5月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	RIGAKU VARIMAX	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double Si with sagittaly bent second crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.9537	1

Reflection

数: 233954 / R_merge(I) obs: 0.073 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 23577 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.3	2.36	1640	91.2	1	0.457
2.36	2.42	1703	99.9	1	0.278
2.42	2.49	1623	100	1	0.242
2.49	2.57	1649	100	1	0.211
2.57	2.66	1582	100	1	0.187
2.66	2.75	1522	100	1	0.153
2.75	2.85	1442	100	1	0.129
2.85	2.97	1402	100	1	0.104
2.97	3.1	1354	100	1	0.085
3.1	3.25	1280	100	1	0.07
3.25	3.43	1253	99.8	1	0.057
3.43	3.64	1144	99.8	1	0.064
3.64	3.89	1092	99.6	1	0.058
3.89	4.2	1000	98.2	1	0.041
4.2	4.6	923	100	1	0.033
4.6	5.14	857	100	1	0.036
5.14	5.94	745	99.7	1	0.04
5.94	7.27	626	99.5	1	0.039
7.27	10.29	483	98.4	1	0.032

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 26627 / Num. obs: 26202 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 26.836 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 30.74

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.85	0.261	6.97	11390	1870	1,2	96
1.85-1.9	0.3	7.03	13154	1801	1,2	97.1
1.9-1.95	0.131	17.98	12343	1758	1,2	95.3
1.95-2.01	0.144	13.37	12439	1701	1,2	95.6
2.01-2.08	0.102	18.2	12810	1739	1,2	99.9
2.08-2.15	0.089	20.23	12380	1686	1,2	99.9
2.15-2.23	0.084	21.53	11770	1606	1,2	99.3
2.23-2.32	0.069	30.49	10185	1538	1,2	98
2.32-2.43	0.06	28.62	10902	1491	1,2	99.8
2.43-2.55	0.051	31.91	10582	1450	1,2	100
2.55-2.68	0.044	36.09	9992	1374	1,2	100
2.68-2.85	0.038	40.37	9379	1296	1,2	99.9
2.85-3.04	0.033	46.55	8796	1233	1,2	100
3.04-3.29	0.029	52.57	8105	1142	1,2	99.8
3.29-3.6	0.027	56.79	7510	1068	1,2	100
3.6-4.02	0.028	60.15	6501	969	1,2	99.6
4.02-4.65	0.024	63.43	5592	847	1,2	98.9
4.65-5.69	0.023	62.31	4797	736	1,2	99.2
5.69-8.05	0.024	59.53	3722	593	1,2	99.2
8.05-50	0.024	53.04	1488	304	1,2	84.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散
Phasing MAD	D res high: 2.3 Å / D res low: 35.53 Å / FOM : 0.452 / FOM acentric: 0.502 / FOM centric: 0.169 / 反射: 12741 / Reflection acentric: 10832 / Reflection centric: 1831

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.2436 / WR_factor R_work: 0.2028 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.802 / SU B: 6.316 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1562 / SU R_free: 0.1467 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2556	1291	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2128	-	-	-
obs	0.2149	24862	98.42 %	-
all	-	26627	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.36 Å² / B_iso mean: 25.2832 Å² / B_iso min: 13.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	0	227	2407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.95	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.145	25.259	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.348	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.677	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.008	0.895	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.001	0.893	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.761	1.331	1362

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	92	-
R_work	0.244	1775	-
all	-	1867	-
obs	-	1870	95.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5581	0.2088	-0.0195	1.059	-0.0371	0.6547	0.0916	-0.0859	-0.0863	0.0364	-0.0626	-0.0578	-0.0822	0.0257	-0.0291	0.0162	-0.0021	-0.0028	0.0736	0.0145	0.3151	40.209	31.717	-0.286
2	2.4777	-0.3236	-0.0076	0.8628	-0.0281	0.4635	0.024	-0.0037	-0.0526	0.0044	-0.0133	-0.011	-0.0146	-0.0548	-0.0107	0.0155	0.0038	-0.0086	0.0843	0.0062	0.2806	11.271	32.064	-2.14

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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