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- PDB-6ype: Crystal structure of the human neuronal pentraxin 1 (NP1) pentrax... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ype
タイトルCrystal structure of the human neuronal pentraxin 1 (NP1) pentraxin (PTX) domain.
要素Neuronal pentraxin-1
キーワードCELL ADHESION / synapse formation / AMPA receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic density assembly / axonogenesis involved in innervation / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / cellular response to potassium ion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitochondrial transport / synaptic cleft / transport vesicle / central nervous system development / cellular response to glucose stimulus ...postsynaptic density assembly / axonogenesis involved in innervation / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / cellular response to potassium ion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitochondrial transport / synaptic cleft / transport vesicle / central nervous system development / cellular response to glucose stimulus / chemical synaptic transmission / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Neuronal pentraxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Elegheert, J. / Clayton, A.J. / Aricescu, A.R.
資金援助3件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0065/2014
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)L009609
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A synthetic synaptic organizer protein restores glutamatergic neuronal circuits.
著者: Suzuki, K. / Elegheert, J. / Song, I. / Sasakura, H. / Senkov, O. / Matsuda, K. / Kakegawa, W. / Clayton, A.J. / Chang, V.T. / Ferrer-Ferrer, M. / Miura, E. / Kaushik, R. / Ikeno, M. / ...著者: Suzuki, K. / Elegheert, J. / Song, I. / Sasakura, H. / Senkov, O. / Matsuda, K. / Kakegawa, W. / Clayton, A.J. / Chang, V.T. / Ferrer-Ferrer, M. / Miura, E. / Kaushik, R. / Ikeno, M. / Morioka, Y. / Takeuchi, Y. / Shimada, T. / Otsuka, S. / Stoyanov, S. / Watanabe, M. / Takeuchi, K. / Dityatev, A. / Aricescu, A.R. / Yuzaki, M.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal pentraxin-1
B: Neuronal pentraxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8348
ポリマ－45,3992
非ポリマー4346
水8,575476
1
A: Neuronal pentraxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9174
ポリマ－22,7001
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuronal pentraxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9174
ポリマ－22,7001
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.220, 36.060, 92.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Neuronal pentraxin-1 / NP1 / Neuronal pentraxin I / NP-I


分子量: 22699.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPTX1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15818
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% (v/v) glycerol, 25.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.17M ammonium sulphate, 0.085 M sodium cacodylate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→45.694 Å / Num. obs: 69831 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4824 / CC1/2: 0.495 / Rpim(I) all: 0.599 / Rrim(I) all: 1.021 / % possible all: 94.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-2645精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SAC

1sac


解像度: 1.45→45.694 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 3556 5.09 %
Rwork0.1531 --
obs0.1544 69824 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 15.0658 Å2 / Biso min: 4.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→45.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 14 476 3673
Biso mean--15.85 28.85 -
残基数----410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8814631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.651197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.45-1.46990.31711440.2964241692
1.4699-1.49090.24011460.2768255496
1.4909-1.51310.26671600.2469263099
1.5131-1.53680.26931550.2313261599
1.5368-1.5620.24551230.22132685100
1.562-1.58890.2391430.2109261799
1.5889-1.61780.2221390.2008267799
1.6178-1.64890.21421420.19442657100
1.6489-1.68260.20081560.18392612100
1.6826-1.71920.20161530.1704268799
1.7192-1.75920.1921360.1618259499
1.7592-1.80320.19421200.1534273599
1.8032-1.85190.18571510.1442257999
1.8519-1.90640.1381350.14252716100
1.9064-1.96790.15381450.1344263999
1.9679-2.03830.16241450.12552658100
2.0383-2.11990.14151410.1221266099
2.1199-2.21640.13421350.12392665100
2.2164-2.33320.1451360.1251269999
2.3332-2.47940.16841480.1268262999
2.4794-2.67080.16191480.1329268199
2.6708-2.93950.17981250.1351268999
2.9395-3.36480.1591390.144269699
3.3648-4.23880.16991450.1305265797
4.2388-45.6940.17161460.1667282199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0563-0.0897-0.04350.17750.04640.05190.0634-0.04830.0123-0.0329-0.0296-0.14180.03090.09560.02970.0823-0.0206-0.01660.1320.02530.1049-2.72320.2907-28.413
20.12740.06490.01510.0626-0.0220.16390.0372-0.0089-0.02530.0132-0.0288-0.00530.0133-0.00100.0748-0.0081-0.01160.05790.00080.0611-15.976121.7917-30.2873
30.0227-0.00410.00970.02630.00430.0244-0.0104-0.0799-0.07480.1815-0.01080.14730.0411-0.07130.00380.0968-0.01220.00160.09570.01660.0788-24.190116.402-28.6663
40.34670.07490.10670.3658-0.02170.30750.0282-0.0302-0.03150.0305-0.0037-0.02390.0007-0.00400.0623-0.0077-0.00020.05140.00270.0589-17.758920.4387-36.4054
50.04470.00520.02090.0507-0.11030.31430.02520.09390.0424-0.0031-0.0473-0.0874-0.09490.28360.01840.0858-0.0172-0.00470.12630.00680.1095-3.277524.7249-37.622
60.0039-0.00240.03980.1643-0.14460.59720.0191-0.01640.0546-0.01280.06690.1520.1557-0.13440.05520.0658-0.0045-0.01420.1135-0.00110.1064-53.59137.0815-15.5381
70.2179-0.0130.06770.20590.01330.13780.02460.0928-0.0117-0.01240.0221-0.00730.0090.012900.0585-0.0021-0.00150.0678-0.00170.0614-38.48168.6088-15.0376
80.2171-0.00390.25950.0325-0.03280.3350.06110.0748-0.10930.01210.02290.03830.14360.01990.07330.1213-0.0106-0.0240.0496-0.02150.1184-39.718-4.2929-9.0965
90.44370.15820.01840.4001-0.14690.1795-0.00360.0553-0.02930.00840.0124-0.00430.0095-0.008200.05080.00090.0070.0483-0.00270.0488-37.39178.9867-8.7661
100.49340.27650.45260.3785-0.01040.7250.0282-0.11240.08470.0439-0.02350.0946-0.0552-0.27610.03210.04280.02290.02110.10360.01090.1007-52.205811.8668-6.0066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 225:242)A225 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 243:289)A243 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 290:303)A290 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 304:399)A304 - 399
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 400:429)A400 - 429
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 225:242)B225 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 243:301)B243 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 302:311)B302 - 311
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 312:399)B312 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 400:429)B400 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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