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- PDB-6yp4: Putative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveals a domina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yp4
タイトルPutative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveals a dominant triphophatase activity
要素Adenylate cyclase
キーワードHYDROLASE / Triphosphatase / plant / PPPase / GTP analog / substrate complex / substrate specificity
機能・相同性CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / pyrophosphatase activity / metal ion binding / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Adenylate cyclase
機能・相同性情報
生物種Hippeastrum hybrid cultivar (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94541097376 Å
データ登録者Kleinboelting, S. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)236401975 ドイツ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and enzymatic characterization of the putative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveal dominant triphosphatase activity.
著者: Kleinboelting, S. / Miehling, J. / Steegborn, C.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9699
ポリマ－24,1681
非ポリマー8008
水3,387188
1
A: Adenylate cyclase
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,93718
ポリマ－48,3372
非ポリマー1,60116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.808, 59.808, 146.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylate cyclase


分子量: 24168.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hippeastrum hybrid cultivar (植物) / 遺伝子: AC1 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1AQY1

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非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium thiocyanate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9117 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.945→46.39 Å / Num. obs: 20207 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.0463927181 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.945→1.955 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 3116 / CC1/2: 0.766 / Rrim(I) all: 0.696 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V85

3v85


解像度: 1.94541097376→46.3879815329 Å / SU ML: 0.268747387773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32551139312 / 位相誤差: 27.3703181465
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252284005977 1009 5.00943302552 %
Rwork0.1954571396 --
obs0.198401496391 20142 98.7014259813 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.5068368143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94541097376→46.3879815329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1653 0 45 188 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007168824869291782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8690498539932420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563344251314259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00654706298373313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.90236041311069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94541097376-2.0480.3939957208921340.3263960497442532X-RAY DIFFRACTION94.2382467303
2.048-2.17630.314775489381420.2597957333292684X-RAY DIFFRACTION98.9149457473
2.1763-2.34430.2960547085641410.2521468918182678X-RAY DIFFRACTION98.5319818245
2.3443-2.58020.2764765027571440.2159089958412731X-RAY DIFFRACTION99.9652294854
2.5802-2.95350.2665869789891440.2241861975422743X-RAY DIFFRACTION99.6548153262
2.9535-3.72090.2553014969811470.1784562750462797X-RAY DIFFRACTION99.5940460081
3.7209-46.38798153290.2041220096341570.1538281152472968X-RAY DIFFRACTION99.8721636306
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.218856987560.6908082036480.509143631371.054862737120.05702629426481.842312813360.116216948417-0.100541362337-0.3126885575470.09795366689710.052145908369-0.06424508735340.504263085010.14195694196-0.1232763063340.2785165360650.0385534167187-0.03360539265120.216003635819-0.00563257528190.235257443048-8.32881591543.11486413719-24.7231747596
21.662260253350.0190710188309-1.417064415642.533430560930.1203385323721.51901058161-0.046866602946-0.125425567569-0.0779935099552-0.254334189028-0.1431064970220.5981132475240.360974353159-0.6028297476160.1383977926390.252743779246-0.113883329742-0.02662942073320.475269006502-0.02158443608690.324159101382-28.6078416044.12481585105-28.5601399559
30.17260590843-0.0123160865369-0.4360286148511.48827828161.490314790293.720540208970.128177742582-0.0491948356381-0.4889383581930.348420405751-0.2460077925450.32256158841.60726900835-1.049382896290.1330323456350.758180346398-0.208071827792-0.005516784534430.4984141539060.0159379272260.517935178489-25.7353428678-6.68250614633-25.2693611158
42.261560021070.361913074383-1.096567772560.55803079276-0.4763113476961.941207275980.0538968529325-0.0916230603465-0.128907995306-0.009608579410160.0332211434999-0.03266830911430.2960624694910.437931780479-0.1711626019120.2040487691520.0447673747378-0.03971660178440.338143470516-0.04503038196460.236114298686-2.56740676419.41206235272-26.0898957093
51.730085668780.0272119872451-0.634913762471.081589798440.4847700574640.6505714395970.118642408411-0.434099572177-0.3343829860730.2512248766260.112324244476-0.09009833520860.5501429534280.713252944907-0.1337480002510.3853680632950.218995160499-0.07655798944730.592057052669-0.06717990955830.340288981345.825820987923.12290413047-22.5069294938
60.832384360392-1.45430665301-0.4272339525242.91973715472-0.3961756896393.61484604831-0.0978513148148-1.21910233122-0.4112194483480.8467345262120.286910978445-0.7226485702250.1171976650810.315831930514-0.3281889473630.4853019744360.0145312052595-0.1530603750550.6009293961520.0582811430020.42931016891-5.070299504862.75859167442-10.5776447438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 130 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 131 through 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 194 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 195 through 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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