PDB-6yo5: Crystal structure of the M295F variant of Ssl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yo5

タイトル

Crystal structure of the M295F variant of Ssl1

要素

ALA-HIS-ALA
Copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Laccase / Ssl1 / Cu-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / oxidoreductase activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sviceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mielenbrink, S. / Olbrich, A. / Urlacher, V. / Span, I.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2024
タイトル: Substitution of the axial Type 1 Cu Ligand Afford Binding of a Water Molecule in Axial Position Affecting Kinetics, Spectral, and Structural Properties of the Small Laccase Ssl1.
著者: Olbrich, A.C. / Mielenbrink, S. / Willers, V.P. / Koschorreck, K. / Birrell, J.A. / Span, I. / Urlacher, V.B.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yo5.cif.gz	321.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yo5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/6yo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/6yo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4aC 6yzdC 6yzfC 6yzyC 4m3hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m3h-d 4n8u-d 4wtq-d 5o4i-4 3cg8-d 5o3k-2 6zip-2 5o4i-2 6zij-1 6zip-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Copper oxidase

BBB: Copper oxidase

CCC: Copper oxidase

GGG: ALA-HIS-ALA

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.405, 104.446, 162.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Copper oxidase 分子量: 35634.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sviceus (バクテリア) 遺伝子: SSEG_02446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HSR1
#2: タンパク質・ペプチド	ALA-HIS-ALA 分子量: 298.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Part of the protein chain, but position is unknown 由来: (組換発現) Streptomyces sviceus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM HEPES, pH 7.0, 1.4 M ammonium sulfate, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 268845 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.05
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 42873 / CC_1/2: 0.704

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M3H

4m3h

解像度: 1.5→48.056 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.478 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	1457	1.05 %
R_work	0.176	-	-
all	0.176	-	-
obs	-	138706	98.715 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.314 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.762 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.076 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6303	0	34	516	6853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	6496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.75	1.644	8816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.581	13158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.447	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.702	21.024	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.999	15	973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.93	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	5521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.127	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.231	2.257	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.223	2.256	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.183	3.379	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.183	3.379	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.762	2.465	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.762	2.466	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.921	3.601	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.921	3.601	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.631	26.519	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.633	26.524	7151

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.271	104	0.273	9836	X-RAY DIFFRACTION	96.6268
1.539-1.581	0.229	103	0.245	9651	X-RAY DIFFRACTION	97.6181
1.581-1.627	0.242	100	0.225	9437	X-RAY DIFFRACTION	97.7753
1.627-1.677	0.217	98	0.206	9197	X-RAY DIFFRACTION	98.121
1.677-1.732	0.254	95	0.205	8951	X-RAY DIFFRACTION	98.3047
1.732-1.793	0.267	92	0.189	8677	X-RAY DIFFRACTION	98.4286
1.793-1.86	0.206	88	0.177	8357	X-RAY DIFFRACTION	98.599
1.86-1.936	0.23	87	0.167	8124	X-RAY DIFFRACTION	98.8325
1.936-2.022	0.196	82	0.168	7771	X-RAY DIFFRACTION	99.0165
2.022-2.121	0.209	79	0.164	7470	X-RAY DIFFRACTION	99.1463
2.121-2.236	0.166	76	0.161	7162	X-RAY DIFFRACTION	99.3276
2.236-2.371	0.172	72	0.157	6741	X-RAY DIFFRACTION	99.5034
2.371-2.535	0.159	68	0.165	6382	X-RAY DIFFRACTION	99.6447
2.535-2.738	0.198	63	0.169	5976	X-RAY DIFFRACTION	99.8347
2.738-2.999	0.201	58	0.181	5511	X-RAY DIFFRACTION	99.8924
2.999-3.353	0.206	53	0.184	4998	X-RAY DIFFRACTION	99.9604
3.353-3.871	0.193	48	0.166	4478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.871-4.741	0.145	40	0.14	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.741-6.702	0.246	32	0.171	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.9338
6.702-48.056	0.195	19	0.23	1745	X-RAY DIFFRACTION	99.661

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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