PDB-6ynt: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ynt

タイトル

Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A in complex with aminofasudil and PKI (5-24)

要素

(cAMP-dependent protein kinase ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Two Methods, One Goal: Structural Differences between Cocrystallization and Crystal Soaking to Discover Ligand Binding Poses.
著者: Wienen-Schmidt, B. / Oebbeke, M. / Ngo, K. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ynt.cif.gz	276.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ynt.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ynt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ynaC 6ynbC 6yncC 6ynrC 6yqiC 6yqjC 6yqkC 6f14S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sve-d 1fmo-d 4xw5-d 1apm-d 3e8c-1 5ol3-d 6esa-d 5n1o-d 1xh8-d 4ij9-d 4dg2-d 4o22-d 1svg-d 3zo1-d 4wb5-d 6ema-d 4xw6-d 1veb-d 3dne-d 2vo6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.524, 74.460, 80.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248

-
非ポリマー , 5種, 276分子

#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-LRT / 5-(1,4-diazepan-1-ylsulfonyl)isoquinolin-1-amine 分子量: 306.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.2 mM PKA , 100 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9), 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega8, 0.5 mM PKI, 16-23% (v/v) Methanol. Soaking in buffer with 10% (v/v) of aminofasudil ...詳細: 0.2 mM PKA , 100 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9), 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega8, 0.5 mM PKI, 16-23% (v/v) Methanol. Soaking in buffer with 10% (v/v) of aminofasudil (50mM stock) in DMSO and 30% (v/v) MPD

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2 mM PKA , 100 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9), 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 mM Mega8, 0.5 mM PKI, 16-23% (v/v) Methanol. Soaking in buffer with 10% (v/v) of aminofasudil ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→43.63 Å / Num. obs: 67316 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.29 Å² / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.08
反射シェル	解像度: 1.52→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 10749 / R_sym value: 0.44 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.52→43.63 Å / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.1436

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	3366	5 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1705	67315	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→43.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2881	0	53	270	3204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	3093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9714	4214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0555	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.7767	1118

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.2252	137	0.2078	2603	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.54-1.56	0.2789	139	0.2051	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.56-1.59	0.2	139	0.1975	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.59-1.61	0.2289	139	0.1982	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.61-1.64	0.233	139	0.1852	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.64-1.67	0.217	138	0.1868	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.67-1.7	0.2131	139	0.1868	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.7-1.74	0.2486	140	0.1755	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.74-1.78	0.2115	139	0.1717	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.78-1.82	0.1914	139	0.1613	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.82-1.86	0.2038	140	0.1603	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.86-1.91	0.1874	139	0.1504	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.91-1.97	0.186	139	0.1625	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.97-2.03	0.1782	139	0.1624	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.03-2.11	0.1652	140	0.157	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.19	0.1654	142	0.1587	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.19-2.29	0.203	139	0.1559	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.29-2.41	0.185	140	0.1547	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.41-2.56	0.1853	141	0.1608	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.56-2.76	0.2147	141	0.17	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.76-3.04	0.186	142	0.1726	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.04-3.48	0.1914	143	0.1753	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.48-4.38	0.1807	143	0.1563	2718	X-RAY DIFFRACTION	98.86
4.38-43.63	0.1852	150	0.1879	2843	X-RAY DIFFRACTION	98.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.779605761138	0.0769976731117	0.0915844034899	1.27921466276	-0.0479581091406	1.33525735266	-0.037636965083	0.0237926287088	-0.024819610928	0.0391962295185	0.0531413191288	0.0975576251767	-0.0230231520139	-0.135714929848	-0.0154600257528	0.0940781346573	-0.010462539675	0.0135060061908	0.207358976782	0.00321768114765	0.182897023737	-32.9434359548	-11.0017638387	7.3155137704
2	0.563680600096	0.248213346467	-0.108866055472	1.36088326135	-0.944428233442	1.60685015636	-0.0334609833809	0.0521873795828	0.01647489243	0.0284784975079	0.0460823469819	0.0765569601653	-0.205388935993	-0.126643575405	-0.0212570018734	0.130386730471	0.010228121151	-0.00543632644593	0.171525866524	-0.00500149541294	0.155396456347	-28.6939232794	0.238361618034	0.933448362172
3	1.20331007482	0.0706187127675	0.114213448647	1.14798901311	-0.352137392374	2.16511342099	0.0340092807893	-0.0352863696631	0.204096550405	0.169413740018	-0.0981421811676	-0.101837256116	-0.626797202323	0.243238999976	0.0391380990055	0.31731076189	-0.0721430877274	-0.0192849358435	0.162661937047	0.00896999615609	0.179969293615	-18.5104375125	11.9642173983	1.97728347015
4	0.402211202491	0.618953235256	-0.0526885397916	0.949821653779	-0.0770063001032	1.56392039929	-0.0580668511898	0.164691525582	-0.0138347652254	-0.19194295026	0.0792472964605	0.0823643542239	0.00334923356655	-0.228030193943	0.0153501269919	0.11559678977	0.0180021986319	0.00548380335121	0.240507098987	0.00970865993681	0.203078689489	-32.0801034123	-9.15675030362	-2.11908722976
5	2.99502340793	-2.92778341995	1.02821417191	7.67195312246	-2.09595842684	5.36908166577	0.00331412230162	-0.0779958563918	0.0268391201549	0.00646087177555	-0.154663960664	0.255257016665	-0.151980475847	-0.0367463463843	0.143598268043	0.170845095156	-0.0472609447085	-0.00614383468319	0.216697761404	0.00141834185712	0.157079654531	-13.2129327239	7.79386701541	-16.3059530456
6	2.62724480933	1.5863177452	-4.48938169768	6.74916178041	-3.25046239044	8.47892370289	-0.302622738486	-0.013081354526	-0.268614110225	-0.0883856265532	-0.150901213056	-0.16716410889	0.307617912377	0.325442025836	0.475353919206	0.153649489911	-0.0100458667246	0.0267407151436	0.168942841316	0.0117909736917	0.184020769325	-14.5265421072	-3.19682688074	-5.66815843233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 198 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 199 through 297 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 298 through 350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 12 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 13 through 23 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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