PDB-6ymk: Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ymk

タイトル

Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with AMP

要素

Chains: A,C,F,I,M,O
Chains: B,D,G,J,N,P

キーワード

RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch

機能・相同性

5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Roseobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch.
著者: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ymk.cif.gz	365.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ymk.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ymk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ymk_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ymk_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6ymk_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	6ymk_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yl5SC 6ylbC 6ymiC 6ymjC 6ymlC 6ymmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ymi-1 6ymm-1 6ymj-3 6ymj-1 6ymj-5 2lch-d 6ymi-3 6yml-1 6ymi-5 1f1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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リシン (Ricin)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chains: A,C,F,I,M,O

B: Chains: B,D,G,J,N,P

C: Chains: A,C,F,I,M,O

D: Chains: B,D,G,J,N,P

F: Chains: A,C,F,I,M,O

G: Chains: B,D,G,J,N,P

I: Chains: A,C,F,I,M,O

J: Chains: B,D,G,J,N,P

M: Chains: A,C,F,I,M,O

N: Chains: B,D,G,J,N,P

O: Chains: A,C,F,I,M,O

P: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

70.6 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chains: A,C,F,I,M,O

B: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Chains: A,C,F,I,M,O

D: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Chains: A,C,F,I,M,O

G: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.9 kDa, 2 ポリマー
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4

I: Chains: A,C,F,I,M,O

J: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 2 ポリマー
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5

M: Chains: A,C,F,I,M,O

N: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.9 kDa, 2 ポリマー
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6

O: Chains: A,C,F,I,M,O

P: Chains: B,D,G,J,N,P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.100, 147.847, 75.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.842, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
RNA鎖 , 2種, 12分子 ACFIMOBDGJNP

#1: RNA鎖	Chains: A,C,F,I,M,O 分子量: 8389.874 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Roseobacter sp. (バクテリア)
#2: RNA鎖	Chains: B,D,G,J,N,P 分子量: 2895.791 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Roseobacter sp. (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 109分子

#3: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→75.02 Å / Num. obs: 113025 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.56 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3030 / CC_1/2: 0.39 / R_pim(I) all: 0.713 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YL5

6yl5

解像度: 2.03→37.48 Å / SU ML: 0.3577 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.4411

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	5574	4.93 %
R_work	0.2254	-	-
obs	0.2273	113025	93.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→37.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4452	192	96	4740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8607	8028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0343	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4699	2481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.05	0.3768	126	0.3666	2679	X-RAY DIFFRACTION	69.29
2.05-2.08	0.4288	118	0.3791	2750	X-RAY DIFFRACTION	71.25
2.08-2.1	0.3945	137	0.3639	3220	X-RAY DIFFRACTION	84.56
2.1-2.13	0.3936	144	0.3425	3629	X-RAY DIFFRACTION	92.05
2.13-2.16	0.3209	182	0.3456	3577	X-RAY DIFFRACTION	94.49
2.16-2.19	0.345	198	0.3358	3630	X-RAY DIFFRACTION	95.49
2.19-2.22	0.3539	210	0.3408	3721	X-RAY DIFFRACTION	95.71
2.22-2.25	0.3569	179	0.3326	3667	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.25-2.29	0.3351	212	0.3214	3640	X-RAY DIFFRACTION	95.96
2.29-2.32	0.3545	203	0.3332	3684	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.32-2.36	0.3665	219	0.3282	3579	X-RAY DIFFRACTION	94.71
2.36-2.41	0.3638	189	0.3225	3598	X-RAY DIFFRACTION	93.71
2.41-2.45	0.3861	214	0.3241	3658	X-RAY DIFFRACTION	95.77
2.45-2.5	0.3424	144	0.3121	3681	X-RAY DIFFRACTION	95.15
2.5-2.56	0.3308	160	0.3132	3477	X-RAY DIFFRACTION	90.99
2.56-2.62	0.3723	173	0.3118	3645	X-RAY DIFFRACTION	94.32
2.62-2.68	0.3595	236	0.319	3677	X-RAY DIFFRACTION	95.95
2.68-2.75	0.394	217	0.3213	3653	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.75-2.84	0.3552	192	0.3359	3691	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.84-2.93	0.3603	216	0.3005	3682	X-RAY DIFFRACTION	97.45
2.93-3.03	0.3394	196	0.2714	3696	X-RAY DIFFRACTION	95.67
3.03-3.15	0.2638	147	0.2525	3675	X-RAY DIFFRACTION	95.81
3.15-3.3	0.3185	167	0.2258	3774	X-RAY DIFFRACTION	96.93
3.3-3.47	0.2469	247	0.216	3498	X-RAY DIFFRACTION	93.3
3.47-3.69	0.2295	228	0.1955	3744	X-RAY DIFFRACTION	98.37
3.69-3.97	0.2116	220	0.1777	3731	X-RAY DIFFRACTION	97.97
3.97-4.37	0.2061	141	0.1758	3749	X-RAY DIFFRACTION	96.5
4.37-5	0.2717	158	0.1777	3713	X-RAY DIFFRACTION	95.82
5-6.3	0.1924	196	0.1753	3687	X-RAY DIFFRACTION	96.54
6.3-37.48	0.1794	205	0.1579	3646	X-RAY DIFFRACTION	95.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.55308321783	1.84629452905	0.0577201108993	2.10160787561	-0.191935529253	1.22845336767	0.255398991204	-0.277916162746	0.587895840294	-0.275332456784	-0.184838263609	0.257724431789	0.100439313308	-0.129251288127	-0.00948588210125	0.495103548053	-0.0190624321396	0.023343169976	0.465138681967	0.0388855617089	0.368016773232	34.1939276483	12.610315818	25.2294160056
2	3.41435436896	3.41902018523	0.249670297915	4.71275154456	0.0998433535925	1.96509162655	0.0505998652994	-0.157421288516	0.310206965318	-0.446399457836	-0.135488469956	0.56944948484	0.0284848591389	-0.169139484903	0.0426871891153	0.511542729743	0.0277754942956	-0.0233274329311	0.58988693879	0.0399020627938	0.529710357605	25.6423273491	11.8259209809	21.0803233109
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20	2.71022821464	-1.84766690323	-1.08495924733	2.29006828545	-1.33383351277	7.87122916	0.401860506487	0.227387535956	-0.757956927427	-0.0552809295476	-0.607388535674	0.527032706975	-0.441728893742	-0.588334733689	0.192380973025	0.459570483706	0.0103649942971	-0.19438135527	0.492015427973	-0.0938566336898	0.558365735096	-25.0180431729	54.5552882893	9.21945067273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 32 )
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 7 through 17 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 18 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 43 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 7 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 18 through 22 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 23 through 32 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 43 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 7 through 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'I' and (resid 18 through 22 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 23 through 32 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'J' and (resid 43 through 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 7 through 22 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 23 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'N' and (resid 43 through 51 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'O' and (resid 7 through 17 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'O' and (resid 18 through 32 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'P' and (resid 43 through 51 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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