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- PDB-6ymi: Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with AMP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ymi
タイトルCrystal structure of the SAM-SAH riboswitch with AMP.
要素
  • Chains: A,C,F,I,M,O
  • Chains: B,D,G,J,N,P
キーワードRNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch
機能・相同性ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 5-BROMOCYTIDINE 5'-(DIHYDROGEN PHOSPHATE) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Roseobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKA18604 英国
Ministry of Education (MoE, China) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch.
著者: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12023年3月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chains: A,C,F,I,M,O
B: Chains: B,D,G,J,N,P
C: Chains: A,C,F,I,M,O
D: Chains: B,D,G,J,N,P
F: Chains: A,C,F,I,M,O
G: Chains: B,D,G,J,N,P
I: Chains: A,C,F,I,M,O
J: Chains: B,D,G,J,N,P
M: Chains: A,C,F,I,M,O
N: Chains: B,D,G,J,N,P
O: Chains: A,C,F,I,M,O
P: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,84926
ポリマ－67,71412
非ポリマー5,13514
水36020
1
A: Chains: A,C,F,I,M,O
B: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3825
ポリマ－11,2862
非ポリマー1,0973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Chains: A,C,F,I,M,O
D: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0354
ポリマ－11,2862
非ポリマー7492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Chains: A,C,F,I,M,O
G: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3825
ポリマ－11,2862
非ポリマー1,0973
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Chains: A,C,F,I,M,O
J: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0354
ポリマ－11,2862
非ポリマー7492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Chains: A,C,F,I,M,O
N: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3825
ポリマ－11,2862
非ポリマー1,0973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
O: Chains: A,C,F,I,M,O
P: Chains: B,D,G,J,N,P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6333
ポリマ－11,2862
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.506, 147.359, 74.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.364, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GGCCchain 'A'AA7 - 321 - 26
211GGCCchain 'C'CC7 - 321 - 26
311GGCCchain 'F'FE7 - 321 - 26
411GGCCchain 'I'IG7 - 321 - 26
511GGCCchain 'M'MI7 - 321 - 26
611GGCCchain 'O'OK7 - 321 - 26
122AAAAchain 'B'BB43 - 511 - 9
222AAAAchain 'D'DD43 - 511 - 9
322AAAAchain 'G'GF43 - 511 - 9
422AAAAchain 'J'JH43 - 511 - 9
522AAAAchain 'N'NJ43 - 511 - 9
622AAAAchain 'P'PL43 - 511 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: RNA鎖
Chains: A,C,F,I,M,O


分子量: 8389.874 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Roseobacter sp. (バクテリア)
#2: RNA鎖
Chains: B,D,G,J,N,P


分子量: 2895.791 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Roseobacter sp. (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-CBV / 5-BROMOCYTIDINE 5'-(DIHYDROGEN PHOSPHATE)


タイプ: RNA linking / 分子量: 402.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13BrN3O8P
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→74.82 Å / Num. obs: 57583 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 1582 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YL5

6yl5


解像度: 2.5→74.59 Å / SU ML: 0.5026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0383
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 2895 5.03 %
Rwork0.2138 --
obs0.2151 57583 90.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→74.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4326 333 20 4679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00255181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79738022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03621068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.26292517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.45811160.3911982X-RAY DIFFRACTION69.42
2.54-2.580.39491510.37672507X-RAY DIFFRACTION86.27
2.58-2.630.4341480.36442477X-RAY DIFFRACTION87.06
2.63-2.680.37271550.33912619X-RAY DIFFRACTION90.06
2.68-2.740.31981900.32442491X-RAY DIFFRACTION90.42
2.74-2.80.34251560.3272618X-RAY DIFFRACTION90.51
2.8-2.860.33781360.31982605X-RAY DIFFRACTION89.46
2.86-2.930.35541340.31382610X-RAY DIFFRACTION90.2
2.93-3.010.31421620.28472548X-RAY DIFFRACTION88.36
3.01-3.10.27061240.26942538X-RAY DIFFRACTION88.12
3.1-3.20.31961670.23772575X-RAY DIFFRACTION90.79
3.2-3.320.26791590.22982724X-RAY DIFFRACTION93.39
3.32-3.450.24451000.21262730X-RAY DIFFRACTION93.09
3.45-3.610.24491420.2172693X-RAY DIFFRACTION93.16
3.61-3.80.21841360.18542654X-RAY DIFFRACTION92.14
3.8-4.030.2027910.18432750X-RAY DIFFRACTION92.24
4.03-4.340.20571490.17292584X-RAY DIFFRACTION90.29
4.35-4.780.2177850.18082708X-RAY DIFFRACTION91.88
4.78-5.470.21561600.17712722X-RAY DIFFRACTION94.77
5.48-6.90.1852990.17182772X-RAY DIFFRACTION93.88
6.9-74.590.13861350.17292781X-RAY DIFFRACTION95.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5669758993350.587881085306-0.1693021658381.770248019470.6406322400320.240574242444-0.08976683702580.05480338420330.540560277538-0.6180386141440.0006609727117520.637357904907-0.22252228355-0.2010743332-0.0003793382977210.6197422198890.0614036410971-0.08227112530470.6328522186430.05828613129030.59514070903730.741844365413.160779982922.5402790214
20.5409288422580.1387288050990.1431674524220.1681164163680.2181702909310.204724171434-0.00986980964455-0.22143776255-0.748463889044-0.114484123898-0.266002968277-0.303219478241-0.113188021991-0.1514996774715.53802965394E-50.539792126466-0.05090598061470.1177352065190.641868796491-0.01050478869680.61721999598944.431610507112.043961354430.2730535148
30.3959996880480.06132231011080.01381225655442.0399583948-0.8218061453970.303872389101-0.178461752023-0.09094656398920.108299541627-0.6218237819450.1424964515780.702994446487-0.216429032641-0.157243710823-0.00134599732530.493416688524-0.00276875282823-0.04465676036010.6804687385980.0732544265690.55174906134825.478239845511.927122054121.1116395324
40.0648407970398-0.181412784428-0.004780324182290.7647041039090.4463211684840.1782577090250.2173838304380.4161286645170.3708699709320.107302897078-0.0003259104048870.116697706424-0.7396295692350.5389703183660.001165023605210.599580162343-0.01797292704090.0380320857320.6422659239720.01392937786640.65126331318845.393004883823.026383083327.5751160942
5-0.01083726536990.304999594823-0.1145127729041.03677236793-1.183961567061.17262659227-1.097628121860.469180028141.27043772693-0.942803550738-0.520656192870.0813521113362-0.09301075885440.281379773679-0.311823719480.374855155814-0.121303534854-0.2311465736670.94557620409-0.04543968580591.341868016-4.45461963732.9619072429810.6291339442
60.8910824611310.944906294540.8702412620792.20980909175-0.1918346071120.492809492173-0.9429044099730.2691082092940.276212085334-0.5646422459180.252378444722-0.658422600176-0.5319709504460.194356293185-0.009059443675680.742043134463-0.176656942734-0.1001748948730.889861403918-0.07879760520940.872616314806-5.290321807753.9771491945410.8402897164
70.5520396479020.0762046947222-1.119710806162.43626448241-1.137265963122.6334351477-0.4036786897490.3365953797570.330348483151-0.549565278490.159751682565-0.9916967844490.5684283810830.576183093174-0.0009547140740180.742808951337-0.08239009983090.02747901576930.862906840791-0.05890306557880.672808937121-14.0777288545-10.646880268910.9020776158
82.136681046370.8604845436730.204207338180.508780608152-0.3399843172340.281552560143-0.2382191908360.214587261875-0.390663071425-0.2325209307840.222994350163-0.1585979716770.264747090112-0.07668756875561.99794890952E-50.6249028246170.02606133815690.01682114855870.578879296586-0.09809980155670.449097962705-5.5539480863457.391402804722.5401787257
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 22 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 43 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 7 through 17 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 18 through 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 43 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 7 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 18 through 27 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 28 through 32 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 43 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 7 through 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 13 through 22 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 23 through 32 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and (resid 43 through 51 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resid 7 through 17 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'M' and (resid 18 through 22 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 23 through 32 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'N' and (resid 43 through 51 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'O' and (resid 7 through 12 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'O' and (resid 13 through 22 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'O' and (resid 23 through 32 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'P' and (resid 43 through 51 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る