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- PDB-6ylv: Translation initiation factor 4E in complex with 4-Cl-Bn7GpppG mR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ylv
タイトルTranslation initiation factor 4E in complex with 4-Cl-Bn7GpppG mRNA 5' cap analog
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードTRANSLATION / cap analog / translation initiation factor / 4-Cl-Bn7GpppG / protein-ligand complex / eIF4E / RNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / mTORC1-mediated signalling / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / cellular response to dexamethasone stimulus / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-Cl-Bn7GpppG mRNA 5' cap analog / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66005667871 Å
データ登録者Kubacka, D. / Wojcik, R. / Baranowski, M.R. / Kowalska, J. / Jemielity, J.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceTEAM/2016_2/13 ポーランド
Polish National Science CentreUMO- 2017/24/C/NZ1/00169 ポーランド
引用
ジャーナル: Pharmaceutics / 年: 2021
タイトル: Novel N7-Arylmethyl Substituted Dinucleotide mRNA 5' cap Analogs: Synthesis and Evaluation as Modulators of Translation.
著者: Wojcik, R. / Baranowski, M.R. / Markiewicz, L. / Kubacka, D. / Bednarczyk, M. / Baran, N. / Wojtczak, A. / Sikorski, P.J. / Zuberek, J. / Kowalska, J. / Jemielity, J.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,94510
ポリマ－89,1054
非ポリマー3,8406
水4,288238
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2823
ポリマ－22,2761
非ポリマー1,0062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2823
ポリマ－22,2761
非ポリマー1,0062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1902
ポリマ－22,2761
非ポリマー9141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1902
ポリマ－22,2761
非ポリマー9141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.350, 38.390, 148.080
Angle α, β, γ (deg.)85.276, 88.416, 77.234
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 32 through 36 or resid 38...AA32 - 366 - 10
12PROPROMETMET(chain 'A' and (resid 32 through 36 or resid 38...AA38 - 10112 - 75
13GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 32 through 36 or resid 38...AA103 - 11977 - 93
14GLNGLNALAALA(chain 'A' and (resid 32 through 36 or resid 38...AA121 - 20195 - 175
15LYSLYSVALVAL(chain 'A' and (resid 32 through 36 or resid 38...AA212 - 217186 - 191
26GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 32 through 36 or resid 38...BB32 - 366 - 10
27PROPROMETMET(chain 'B' and (resid 32 through 36 or resid 38...BB38 - 10112 - 75
28GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 32 through 36 or resid 38...BB103 - 11977 - 93
29GLNGLNALAALA(chain 'B' and (resid 32 through 36 or resid 38...BB121 - 20195 - 175
210LYSLYSVALVAL(chain 'B' and (resid 32 through 36 or resid 38...BB212 - 217186 - 191
311GLUGLULYSLYS(chain 'C' and (resid 32 through 36 or resid 38...CC32 - 366 - 10
312PROPROMETMET(chain 'C' and (resid 32 through 36 or resid 38...CC38 - 10112 - 75
313GLUGLULYSLYS(chain 'C' and (resid 32 through 36 or resid 38...CC103 - 11977 - 93
314GLNGLNALAALA(chain 'C' and (resid 32 through 36 or resid 38...CC121 - 20195 - 175
315LYSLYSVALVAL(chain 'C' and (resid 32 through 36 or resid 38...CC212 - 217186 - 191
416GLUGLULYSLYS(chain 'D' and ((resid 32 and (name N or name...DD32 - 366 - 10
417PROPROMETMET(chain 'D' and ((resid 32 and (name N or name...DD38 - 10112 - 75
418GLUGLULYSLYS(chain 'D' and ((resid 32 and (name N or name...DD103 - 11977 - 93
419GLNGLNALAALA(chain 'D' and ((resid 32 and (name N or name...DD121 - 20195 - 175
420LYSLYSVALVAL(chain 'D' and ((resid 32 and (name N or name...DD212 - 217186 - 191

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要素

#1: タンパク質
Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 22276.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物
ChemComp-OYW / 4-Cl-Bn7GpppG mRNA 5' cap analog / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-7-[(4-chlorophenyl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


タイプ: RNA linking / 分子量: 913.981 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33ClN10O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine pH 8.5, 0.2 M sodium formate, 19 % w/v PEGMME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 22090 / % possible obs: 93.59 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 37.7561760788 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1122 / Rpim(I) all: 0.0555 / Rrim(I) all: 0.1258 / Net I/σ(I): 10.32
反射 シェル解像度: 2.66→2.755 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1453 / CC1/2: 0.764 / CC star: 0.931 / Rpim(I) all: 0.3611 / Rrim(I) all: 0.6803 / % possible all: 60.42

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b


解像度: 2.66005667871→49.1900006675 Å / SU ML: 0.343454744046 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.9795919456 / 位相誤差: 27.0057895497
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255269123128 814 3.68642724514 %
Rwork0.201483739807 --
obs0.203474516796 22081 93.6032217041 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.7187982624 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66005667871→49.1900006675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5750 0 172 242 6164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006181322382736233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7466520855938545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.360645201754907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003371226675911056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.86294564574494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6601-2.82670.3098650882541050.2377499792542738X-RAY DIFFRACTION72.4515800204
2.8267-3.04490.3289007435041400.2434324634493647X-RAY DIFFRACTION97.0030737705
3.0449-3.35130.2823116601961410.2201676735093683X-RAY DIFFRACTION96.9574036511
3.3513-3.83610.2709521567041430.1963627450223739X-RAY DIFFRACTION97.2932330827
3.8361-4.83240.2233082317781440.1708552012583759X-RAY DIFFRACTION99.617151608
4.8324-49.190.2197753979341410.2016123138093701X-RAY DIFFRACTION98.2860066513
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25536361395-0.6070713515910.1424051777911.01282487348-1.091586931432.234574680050.192050071310.343317009755-0.546715410996-0.2944202066790.1336190266270.3647928655390.393689530832-0.247093776645-0.2163989044770.163194261158-0.208722209139-0.04954865717180.3574711462450.1396058318230.483151232893-69.463377241659.81653667861.16480038177
21.09224766831-0.448374063636-0.2013359858970.189340332870.04386391984530.3856143691680.1636972960190.1369417545030.470618927666-0.07052951274990.102298986141-0.0902130616907-0.1769930586270.1507706159390.623667667078-0.009231118931970.0630830296518-0.144195985060.1683407466140.1733229867290.519444124651-56.25505140584.42389074617.57486945293
32.47769568370.145020257862-0.5541888407761.367447029030.2195745683423.085076476350.02340717852380.2626293734290.202798208806-0.2948546012280.0282627328697-0.15066471195-0.04661738237550.249564204224-0.2903728013530.125641753261-0.00406249125402-0.08899793013140.213362466670.03688125812070.44430872214-53.762138786972.95903041643.90768863141
44.693205660131.765145195783.459018402916.373896184252.745258452193.70549752560.000125602677245-0.483949583320.206323474859-0.2423767023010.0290214728712-0.283564523753-0.484771413841-0.164890365028-0.07656979462860.237990324726-0.0419387586362-0.05103097914280.281840414209-0.05534799648240.403233579585-63.125022553481.624203120819.9213490179
50.7880381344540.482257487532-0.0642649838080.31360347463-0.1253756960750.38058701693-0.0336091662186-0.194711384043-0.0962552854487-0.00444123724548-0.169938117622-0.07613062357770.2407750819450.0638261307878-0.3057818475850.134680506957-0.100585564098-0.01895084521430.2265227936120.1750065301770.513550914013-47.565963032468.903585831114.3934216514
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 142 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 217 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 43 through 56 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 57 through 66 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 67 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 125 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 126 through 187 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 188 through 217 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 32 through 42 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 43 through 95 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 96 through 110 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 111 through 172 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 173 through 199 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 200 through 217 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 31 through 42 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 43 through 66 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 67 through 142 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 143 through 187 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 188 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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