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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yk9 | ||||||||||||
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タイトル | [Fe]-hydrogenase from Methanolacinia paynteri with bound guanylylpyridinol at 1.7-A resolution | ||||||||||||
![]() | 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / [Fe]-hydrogenase / FeGP cofactor / guanylylpyridinol / conformational changes / GMP | ||||||||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-FEG / GLYCINE / GUANOSINE![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wagner, T. / Huang, G. / Arriaza-Gallardo, F.J. / Shima, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Hydride Transfer Process in NADP-dependent Methylene-tetrahydromethanopterin Dehydrogenase. 著者: Huang, G. / Wagner, T. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 543.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCE
#1: タンパク質 | 分子量: 37223.199 Da / 分子数: 4 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: / 由来: (組換発現) ![]() 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: hmd / 器官: / / Variant: DSM 2545 詳細 (発現宿主): The DNA synthesized was inserted into the expression vector pET-24b (+) at the NdeI and SalI restriction-enzyme digestion-sites Cell (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1075分子 ![](data/chem/img/FEG.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/5GP.gif)
![](data/chem/img/GMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FEG / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GMP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 % / 解説: Transparent long orthorhombic rod |
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結晶化 | 温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: [Fe]-hydrogenase holoenzyme from M. paynteri was crystallized under 95%N2/5%H2 at 283.15 K using 96-well two-drop MRC crystallization plates (sitting drop vapor diffusion method). 0.7 ul of ...詳細: [Fe]-hydrogenase holoenzyme from M. paynteri was crystallized under 95%N2/5%H2 at 283.15 K using 96-well two-drop MRC crystallization plates (sitting drop vapor diffusion method). 0.7 ul of 25-mg/ml reconstituted holoenzyme was mixed with 0.7-ul reservoir solution (from crystallization kits) under yellow light and incubated under dark conditions. The best diffracting crystal came out within two weeks in 25% w/v polyethylene glycol 1500 and 100 mM SPG buffer pH 8.5 (JBScreen Wizard 3&4 HTS, Jena Bioscience). For cryo protection, the crystal was soaked in the crystallization solution supplemented with 10% v/v glycerol. PH範囲: 8.5 / Temp details: / |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→82.92 Å / Num. obs: 133035 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.107 / Net I/av σ(I): 5.4 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4JJF 解像度: 1.7→24.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.109
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原子変位パラメータ | Biso max: 115.74 Å2 / Biso mean: 23.15 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→24.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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