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- PDB-6yk1: Crystal structure of mouse pyridoxal kinase in complex with ATP-g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yk1
タイトルCrystal structure of mouse pyridoxal kinase in complex with ATP-gamma-S and artesunate
要素Pyridoxal kinase
キーワードTRANSFERASE / PDXK / PLP / PL / Vitamin B6 / Enzyme / artemisinin / artesunate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphate metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / pyridoxine metabolic process / pyridoxal binding / pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase ...pyridoxal phosphate metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / pyridoxine metabolic process / pyridoxal binding / pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / pyridoxal phosphate biosynthetic process / organic cyclic compound binding / sodium ion binding / small molecule binding / potassium ion binding / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / negative regulation of apoptotic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Artesunate / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kasaragod, V.B. / Schindelin, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHI425/8-2 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Pyridoxal kinase inhibition by artemisinins down-regulates inhibitory neurotransmission.
著者: Kasaragod, V.B. / Pacios-Michelena, A. / Schaefer, N. / Zheng, F. / Bader, N. / Alzheimer, C. / Villmann, C. / Schindelin, H.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal kinase
B: Pyridoxal kinase
C: Pyridoxal kinase
D: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,68742
ポリマ－140,8494
非ポリマー4,83838
水2,504139
1
A: Pyridoxal kinase
B: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,31925
ポリマ－70,4252
非ポリマー2,89523
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pyridoxal kinase
D: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,36817
ポリマ－70,4252
非ポリマー1,94315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)279.380, 53.037, 110.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyridoxal kinase / Pyridoxine kinase


分子量: 35212.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdxk, Pkh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K183, pyridoxal kinase

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非ポリマー , 6種, 177分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-D95 / Artesunate / アルテスナ-ト


分子量: 384.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.18-0.24 M sodium thiocyanate and 18-26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.2 Å / Num. obs: 63594 / % possible obs: 0.996 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.04648 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.069 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6235 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.704 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXT

2yxt


解像度: 2.4→47.2 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 3233 5.09 %
Rwork0.2089 --
obs0.2113 63558 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9439 0 304 139 9882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5513384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4663682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.4161220.34062594X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.470.34671610.31942544X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.510.34681380.30482633X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.560.33311300.27532595X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.60.28721310.2672629X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.32711350.2832617X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.34851300.29482572X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.31431330.28762657X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.830.35541310.28082604X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.90.32271510.25292616X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.980.31051640.24922586X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.070.28821250.252597X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.170.31161230.24522642X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.280.27651590.24172623X-RAY DIFFRACTION99
3.28-3.410.27071360.22562593X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.570.27011380.21692647X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.760.23821370.19362613X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.990.21761490.18732634X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.30.21711550.17452605X-RAY DIFFRACTION99
4.3-4.730.19881360.15032639X-RAY DIFFRACTION99
4.73-5.410.23391460.17362651X-RAY DIFFRACTION99
5.41-6.820.23181470.20772684X-RAY DIFFRACTION99
6.82-47.20.22631560.18252750X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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