PDB-6yjd: Lamin A coil2 dimer stabilized by N-terminal capping

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yjd

タイトル

Lamin A coil2 dimer stabilized by N-terminal capping

要素

Capsid assembly scaffolding protein,Prelamin-A/C

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / intermediate filaments / lamin / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

viral scaffold / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / structural constituent of nuclear lamina / ventricular cardiac muscle cell development / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / nuclear pore localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus phage phi29 (ファージ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lilina, A.V. / Stalmans, G. / Strelkov, S.V.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Cells / 年: 2020
タイトル: Addressing the Molecular Mechanism of Longitudinal Lamin Assembly Using Chimeric Fusions.
著者: Stalmans, G. / Lilina, A.V. / Vermeire, P.J. / Fiala, J. / Novak, P. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2020年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yjd.cif.gz	37.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yjd.ent.gz	22.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yjd_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yjd_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	6yjd_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	6yjd_validation.cif.gz	7.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yf5C 6yshC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cj1-1 5jeq-d 5cj1-4 4jpb-2 5cj1-2 5cj1-3 3onx-d 4n3y-d 5wlq-1 3482 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid assembly scaffolding protein,Prelamin-A/C

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid assembly scaffolding protein,Prelamin-A/C

ヘテロ分子

A: Capsid assembly scaffolding protein,Prelamin-A/C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.250, 117.250, 93.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Capsid assembly scaffolding protein,Prelamin-A/C / Gene product 7 / gp7 / Head morphogenesis protein / Protein p7 / Scaffold protein 分子量: 14894.788 Da / 分子数: 1 / 変異: F40C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: LMNA, LMN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13848, UniProt: P02545
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 35% (v/v) methanol, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→44.62 Å / Num. obs: 8792 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 19.2 % / B_iso Wilson estimate: 110.62 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.27
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 847 / CC_1/2: 0.934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→44.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 14.152 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.298 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3042	841	9.567 %
R_work	0.2533	-	-
all	0.258	-	-
obs	-	8791	99.75 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.572 Å²	1.786 Å²	0 Å²
2-	-	3.572 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.586 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	823	0	19	2	844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.651	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.391	1.59	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.23	5	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.964	22.692	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.741	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.216	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.33	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.868	12.122	417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.838	12.1	414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.29	18.092	517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.279	18.104	518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.654	13.305	427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	14.64	13.306	428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.42	19.484	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	19.405	19.492	620
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.464	143.836	941
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.466	143.9	942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.975	0.376	66	0.448	550	X-RAY DIFFRACTION	99.0354
2.975-3.057	0.362	63	0.375	560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.057-3.145	0.334	54	0.326	542	X-RAY DIFFRACTION	99.8325
3.145-3.242	0.287	48	0.315	531	X-RAY DIFFRACTION	99.8276
3.242-3.348	0.223	54	0.243	518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.348-3.466	0.218	61	0.23	488	X-RAY DIFFRACTION	99.8182
3.466-3.596	0.201	62	0.238	467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.596-3.743	0.289	47	0.219	467	X-RAY DIFFRACTION	99.4197
3.743-3.909	0.259	54	0.212	445	X-RAY DIFFRACTION	99.4024
3.909-4.1	0.296	36	0.239	430	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.321	0.329	40	0.24	416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.321-4.582	0.277	41	0.227	393	X-RAY DIFFRACTION	100
4.582-4.898	0.302	33	0.228	378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.898-5.29	0.408	31	0.295	346	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-5.793	0.349	31	0.346	329	X-RAY DIFFRACTION	100
5.793-6.474	0.335	34	0.289	293	X-RAY DIFFRACTION	99.6951
6.474-7.47	0.239	31	0.237	261	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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