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Yorodumi- PDB-5cj1: Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 157... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cj1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 1571 fused to Gp7 | ||||||
Components | Gp7-MYH7-(1526-1571) chimera protein | ||||||
Keywords | MOTOR PROTEIN / myosin / coiled coil / fusion | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral scaffold / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / myosin II complex / adult heart development ...viral scaffold / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / myosin II complex / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / myosin complex / sarcomere organization / virion assembly / microfilament motor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myofibril / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / stress fiber / ATP metabolic process / cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / muscle contraction / Z disc / actin filament binding / calmodulin binding / DNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus phage phi29 (virus) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Taylor, K.C. / Korkmaz, E.N. / Andreas, M.P. / Ajay, G. / Heinz, N.T. / Cui, Q. / Rayment, I. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2016 Title: A composite approach towards a complete model of the myosin rod. Authors: Korkmaz, E.N. / Taylor, K.C. / Andreas, M.P. / Ajay, G. / Heinze, N.T. / Cui, Q. / Rayment, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cj1.cif.gz | 327.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cj1.ent.gz | 269.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cj1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5chxC 5cj0C 5cj4C 1no4S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11547.798 Da / Num. of mol.: 8 Fragment: UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus phage phi29 (virus), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Plasmid: pET31b / Gene: MYH7, MYHCB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P13848, UniProt: P12883 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 16% (w/v) PEG 8000, 400 mM malonate pH 7.2, and 100 mM triethanolamine pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2014 Details: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 67161 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 23.15 / Net I/σ(I): 15.57 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1NO4 Resolution: 2.1→48.679 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.679 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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