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- PDB-6yjb: VcaM4I restriction endonuclease 5hmC-ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjb
タイトルVcaM4I restriction endonuclease 5hmC-ssDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*(5HC)P*AP*G)-3')
  • HNH endonuclease
キーワードHYDROLASE / PUA superfamily / EVE domain / DNA endonuclease / modification-dependent restriction endonuclease / MDRE / 5-methylcytosineE / 5-hydroxymethylcytosine / single stranded DNA
機能・相同性HNH endonuclease / HNH nuclease / endonuclease activity / DNA / HNH endonuclease
機能・相同性情報
生物種Vibrio campbellii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pastor, M. / Czapinska, H. / Lutz, T. / Helbrecht, I. / Xu, S. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the EVE-HNH endonuclease VcaM4I in the presence and absence of DNA.
著者: Pastor, M. / Czapinska, H. / Helbrecht, I. / Krakowska, K. / Lutz, T. / Xu, S.Y. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: A protein architecture guided screen for modification dependent restriction endonucleases.
著者: Lutz, T. / Flodman, K. / Copelas, A. / Czapinska, H. / Mabuchi, M. / Fomenkov, A. / He, X. / Bochtler, M. / Xu, S.Y.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNH endonuclease
B: DNA (5'-D(*CP*AP*(5HC)P*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,86624
ポリマ－36,9102
非ポリマー1,95622
水10,503583
1
A: HNH endonuclease
B: DNA (5'-D(*CP*AP*(5HC)P*AP*G)-3')
ヘテロ分子

A: HNH endonuclease
B: DNA (5'-D(*CP*AP*(5HC)P*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,73248
ポリマ－73,8194
非ポリマー3,91344
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/31
Buried area11870 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.685, 128.685, 110.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

GOL

21A-656-

HOH

31A-701-

HOH

41A-930-

HOH

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HNH endonuclease


分子量: 35390.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio campbellii (バクテリア) / 遺伝子: DSB67_20905 / プラスミド: pTXB1 (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A344KQF3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*(5HC)P*AP*G)-3')


分子量: 1519.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 605分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Reservoir solution: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 5.25; protein:DNA solution: 300 mM NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 8.5 and 1mM TCEP. For cryo-protection the reservoir solution was diluted with ...詳細: Reservoir solution: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 5.25; protein:DNA solution: 300 mM NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 8.5 and 1mM TCEP. For cryo-protection the reservoir solution was diluted with glycerol to achieve 30% concentration. 0.1 M spermine tetrahydrochloride was used as an additive.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1.0064 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→29.77 Å / Num. obs: 78576 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.2 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 26.96
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 39.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 12449 / CC1/2: 0.752 / Rrim(I) all: 2.364 / Rsym value: 2.334 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YEX

6yex


解像度: 1.55→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.724 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED THE CONFORMATION OF TWO RESIDUES AT THE 5' END OF THE OLIGONUCLEOTIDE IS UNCERTAIN THE IDENTITY OF THE SOLVENT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED THE CONFORMATION OF TWO RESIDUES AT THE 5' END OF THE OLIGONUCLEOTIDE IS UNCERTAIN THE IDENTITY OF THE SOLVENT MOLECULES HAS BEEN ASSIGNED TENTATIVELY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1636 3912 5 %RANDOM
Rwork0.1425 ---
obs0.1436 74619 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.49 Å2 / Biso mean: 28.835 Å2 / Biso min: 16.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 101 121 585 3306
Biso mean--49.43 51.74 -
残基数----314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.6264257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451.6146306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5345376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5123.659164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66415519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4571514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02658
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 294 -
Rwork0.258 5386 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73560.1132-0.02680.0325-0.04680.420.00770.01490.07270.0008-0.00520.036-0.01980.0235-0.00250.0287-0.00730.00370.0473-0.00290.06935.6304-56.5878-19.4686
21.54150.1689-0.36160.2603-0.08540.53040.1291-0.10730.26390.0335-0.13230.0185-0.0109-0.0030.00310.0145-0.01890.01950.0806-0.03830.093734.1806-43.0633-6.1848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 5
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 2000
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 2000
5X-RAY DIFFRACTION2A182 - 310
6X-RAY DIFFRACTION2E1 - 2000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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