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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yj2
タイトルStructural and DNA binding studies of the transcriptional repressor Rv2506 (BkaR) from Mycobacterium tuberculosis supports a role in L-Leucine catabolism
要素Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Tuberculosis / Branch-chain amino acid catabolism / TetR Family
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion of host immune response / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Keep, N.H. / Pritchard, J.E. / Sula, A. / Cole, A.R. / Kendall, S.L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and DNA binding studies of the transcriptional repressor Rv2506 (BkaR) from Mycobacterium tuberculosis supports a role in L-Leucine catabolism
著者: Pritchard, J.E. / Sula, A. / Cole, A.R. / Kendall, S.L. / Keep, N.H.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
D: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
A: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
C: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,75212
ポリマ－93,0154
非ポリマー7378
水4,396244
1
B: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
A: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8766
ポリマ－46,5072
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
2
D: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
C: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8766
ポリマ－46,5072
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.764, 52.874, 91.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12B
22A
13B
23C
14D
24A
15D
25C
16A
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEUBA24 - 21524 - 215
21SERSERLEULEUDB24 - 21524 - 215
12ASPASPCYSCYSBA25 - 21425 - 214
22ASPASPCYSCYSAC25 - 21425 - 214
13PHEPHECYSCYSBA28 - 21428 - 214
23PHEPHECYSCYSCD28 - 21428 - 214
14ASPASPCYSCYSDB25 - 21425 - 214
24ASPASPCYSCYSAC25 - 21425 - 214
15PHEPHECYSCYSDB28 - 21428 - 214
25PHEPHECYSCYSCD28 - 21428 - 214
16PHEPHEARGARGAC28 - 21328 - 213
26PHEPHEARGARGCD28 - 21328 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)


分子量: 23253.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06169
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.22 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 26.4 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 59229 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4355 / CC1/2: 0.808 / Rpim(I) all: 0.351 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G12

4g12


解像度: 2→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.343 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.15
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 2946 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1936 56283 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 189.62 Å2 / Biso mean: 51.997 Å2 / Biso min: 21.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å2-0 Å2-0.14 Å2
2---2.19 Å20 Å2
3---1.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5752 0 48 244 6044
Biso mean--61.09 49 -
残基数----755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135874
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6317936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3391.57513295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5155749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.86418.805343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48815970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1811581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B58070.09
12D58070.09
21B56690.09
22A56690.09
31B54590.1
32C54590.1
41D56060.1
42A56060.1
51D55210.09
52C55210.09
61A54590.09
62C54590.09
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 221 -
Rwork0.277 4123 -
all-4344 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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