PDB-6yig: Crystal structure of the N-terminal EF-hand domain of Arabidopsis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yig

タイトル

Crystal structure of the N-terminal EF-hand domain of Arabidopsis thaliana AtEH1/Pan1

要素

Calcium-binding EF hand family protein

キーワード

ENDOCYTOSIS / calcium-binding / clathrin / TPLATE / lipid-binding.

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Yperman, K. / Merceron, R. / De Munck, S. / Bloch, Y. / Savvides, S.N. / Pleskot, R. / Van Damme, D.

資金援助

European Union,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct EH domains of the endocytic TPLATE complex confer lipid and protein binding.
著者: Yperman, K. / Papageorgiou, A.C. / Merceron, R. / De Munck, S. / Bloch, Y. / Eeckhout, D. / Jiang, Q. / Tack, P. / Grigoryan, R. / Evangelidis, T. / Van Leene, J. / Vincze, L. / Vandenabeele, ...

履歴

登録	2020年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_refine_tls_group Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yig.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yig.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yig	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yetC 6yeuC 2qptS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1i70-1 1sar-1 1uci-1 1rsn-1 1t2i-d 1sar-2 2sar-1 2sar-2 1ucl-2 6esx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcium-binding EF hand family protein

ヘテロ分子

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, domain is a monomer in SEC-MALLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.510, 38.620, 63.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Calcium-binding EF hand family protein / F2D10.25 分子量: 11736.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first 21 amino acids encode for an N-terminal 6xHis tag and a TEV cleavage site. The protein was subjected to a TEV digest hence the first 15 amino acids should no longer be present. 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g20760, F2D10.25, F2D10_25 / プラスミド: pEt22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): NEB C2527 / 参照: UniProt: Q9LM78
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.44 % / 解説: plate like
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 100mM HEPES pH 7.6, 0.8M SodiumMalonate, 0.5% Jeffamine Temp details: temperature controlled incubator

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→33 Å / Num. obs: 23759 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.47 % / B_iso Wilson estimate: 15.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.88

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	3.64	3.4	1451	0.919	0.387	81.4
1.59-1.63	4.24	4.68	1548	0.948	0.303	88
1.63-1.68	4.89	5.66	1614	0.96	0.266	93.4
1.68-1.73	5.73	7.03	1615	0.98	0.239	98.5
1.73-1.79	7.09	9.13	1613	0.989	0.214	99.8
1.79-1.85	8.54	11.64	1574	0.992	0.186	100
1.85-1.92	8.53	13.32	1521	0.995	0.154	99.9
1.92-2	8.45	16.61	1439	0.996	0.122	100
2-2.09	8.49	20.8	1409	0.998	0.091	99.9
2.09-2.19	8.62	25.83	1318	0.998	0.073	100
2.19-2.31	8.71	28.35	1264	0.998	0.065	99.9
2.31-2.45	8.71	33.51	1199	0.998	0.057	100
2.45-2.62	8.67	35.83	1112	0.999	0.053	99.9
2.62-2.83		39.5	1053	0.999	0.046	99.9
2.83-3.1	8.5	43.65	968	0.999	0.041	100
3.1-3.47	8.71	49.6	867	0.999	0.037	100
3.47-4	8.8	55.36	767	0.999	0.034	100
4-4.9	8.78	60.27	654	1	0.03	100
4.9-6.93	8.78	56.87	500	0.999	0.033	100
6.93-33	8.74	63.43	273	0.999	0.029	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ARP/wARP		モデル構築
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS	20180409	データ削減
XSCALE	20180409	データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2qpt

2qpt

解像度: 1.55→33 Å / SU ML: 0.1056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.4594

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	1197	5.04 %
R_work	0.1449	-	-
obs	0.1459	23738	97.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	754	0	2	95	851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9308	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3351	295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.61	0.2437	115	0.1921	2154	X-RAY DIFFRACTION	83.91
1.61-1.69	0.2027	125	0.1682	2375	X-RAY DIFFRACTION	91.44
1.69-1.77	0.1853	133	0.1561	2519	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.77-1.89	0.1861	132	0.139	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.89-2.03	0.1666	136	0.1408	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.03-2.24	0.1609	143	0.1251	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.56	0.1604	135	0.1298	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.56-3.22	0.1762	136	0.1439	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.22-33	0.1376	142	0.1523	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.972996223051	0.389407674105	0.18484049917	0.637101388914	-0.796447219647	1.60929966615	-0.0408327107303	0.70014941082	-0.223649146902	-1.49868682523	0.266590579046	-0.826513208274	-0.222897556928	0.477402768321	-0.08983312397	0.588254907365	0.0733062591449	0.25599451397	0.611267159317	-0.056154350718	0.440678523382	22.576772361	16.6037240554	0.0982331231889
2	4.88796161709	0.340058017901	-1.03264897265	3.10789450393	4.97992072182	8.52793787205	0.082230471075	0.0915350282325	0.231323641436	-0.551032550641	0.163639577562	-0.479293910196	-0.342670330248	0.392940096614	-0.223349897301	0.178960507638	-0.0212250303715	0.0335969424086	0.156914112152	0.00235521742877	0.131740880212	16.3415511937	19.7636369257	8.75590245446
3	5.93699841187	2.27745866215	-1.34198145688	3.73761644641	1.33808699119	1.67245765564	0.0710052159858	-0.312870287505	0.335691852396	0.235287177062	-0.101564018073	0.162367783193	-0.148204039787	-0.0586896121489	0.0281709833205	0.153703574603	-0.0105019111467	-0.00489165138901	0.151148709274	-0.0287862115788	0.160382531954	15.2123508003	23.9071079135	19.5296834104
4	2.54090351937	1.96578739208	2.21846251587	1.66724111347	1.90644665444	2.84277861053	-0.0275886448596	-0.0802255586135	0.199948184674	-0.0738045479159	-0.0618560769754	0.16472657841	-0.207437844243	-0.177154090649	0.0741283848677	0.143583199517	0.0312355112577	-0.0222460549927	0.137007593616	0.000459362706868	0.170969938993	4.12883504053	22.2613981517	11.4943111647
5	5.02845507987	-0.480931212698	1.1447087101	3.02454352001	-0.0622579009165	4.07072155352	0.0702885459657	-0.10077478158	0.0199743675777	0.104185012184	-0.0614925069756	0.104356973238	-0.0207689456752	-0.296581195734	-0.00263756890764	0.140328941048	-0.00335434849466	0.00224408817006	0.146210484903	-0.023890803692	0.144616086831	-0.0201560191038	14.4019144247	15.6469277743
6	3.05726630018	1.14154672341	0.331192956198	2.76697492017	1.29101196997	4.01686263388	0.0802041016979	-0.264562103097	-0.15647191715	0.253844119955	-0.0151555631615	-0.0972294004641	0.176058190379	0.0464743169876	-0.0649253508248	0.140345794824	0.0114627993674	-0.0131686172293	0.127599148349	0.013683738058	0.113739147055	9.85824666976	12.9405163596	15.0187702775
7	0.193811207945	1.27363466169	-0.819349928085	9.86445694098	-7.47077322639	6.37184248791	-0.333811009389	0.41558107555	0.205553549323	-1.01828115484	0.821054661349	0.949587540047	0.202612032966	-0.336273887015	-0.296326472484	0.237043331519	-0.0712430514392	-0.0704566602147	0.278547777742	0.0119026999342	0.245002908429	-1.21339475917	6.31200415945	5.50878460721
8	7.46962604084	-0.229856881405	-3.07535757494	2.13337330927	-1.32151016957	4.56541551516	0.0908036237936	0.254953875341	-0.0568082388266	-0.115813382138	-0.085350261381	0.179926417956	0.142556983078	-0.231304975341	-0.015561427939	0.126032982308	0.00803125280146	-0.014307509341	0.121771376637	-0.0241094434546	0.165329335923	7.67337758873	1.40195256375	10.5690882441
9	7.23322237278	-5.12126517725	0.849227089259	4.47803705346	-2.79979821686	5.77001964702	0.297407013972	0.275530240923	0.513854174584	-0.637059307742	-0.307736577969	-0.395601007279	-0.237377364911	0.196857245075	-0.0565411431468	0.150515123805	-0.0110994359689	0.00503630185508	0.171987583283	0.00652733560315	0.124319242632	9.53742261179	16.9338939292	3.06109501008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 9 )	A	5 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 18 )	A	10 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 19 through 27 )	A	19 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 28 through 41 )	A	28 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 42 through 52 )	A	42 - 52
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 53 through 76 )	A	53 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 77 through 82 )	A	77 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 83 through 97 )	A	83 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 98 through 105 )	A	98 - 105

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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