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万見
- PDB-6yet: Second EH domain of AtEH1/Pan1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yet
タイトルSecond EH domain of AtEH1/Pan1
要素Calcium-binding EF hand family protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / EF-hand / EH domain / lipid binding / Adaptor protein / Calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-binding EF hand family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yperman, K. / Papageorgiou, A. / Evangelidis, T. / Van Damme, D. / Tripsianes, K.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)682436
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct EH domains of the endocytic TPLATE complex confer lipid and protein binding.
著者: Yperman, K. / Papageorgiou, A.C. / Merceron, R. / De Munck, S. / Bloch, Y. / Eeckhout, D. / Jiang, Q. / Tack, P. / Grigoryan, R. / Evangelidis, T. / Van Leene, J. / Vincze, L. / Vandenabeele, ...著者: Yperman, K. / Papageorgiou, A.C. / Merceron, R. / De Munck, S. / Bloch, Y. / Eeckhout, D. / Jiang, Q. / Tack, P. / Grigoryan, R. / Evangelidis, T. / Van Leene, J. / Vincze, L. / Vandenabeele, P. / Vanhaecke, F. / Potocky, M. / De Jaeger, G. / Savvides, S.N. / Tripsianes, K. / Pleskot, R. / Van Damme, D.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding EF hand family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3762
ポリマ－12,3361
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding EF hand family protein / F2D10.25


分子量: 12336.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g20760, F2D10.25, F2D10_25 / プラスミド: pET22b_EH12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LM78
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic14D HC(CC TOCSY(CO))NH
121isotropic14D 13C,15N edited HMQC-NOESY-HSQC
131isotropic14D 13C,13C edited HMQC-NOESY-HSQC
141isotropic13D 13C edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] EH12, 90% H2O/10% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: EH12 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: sample_conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
4D-CHAINSEvangelidis and Tripsianeschemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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