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- PDB-2qpt: Crystal structure of an EHD ATPase involved in membrane remodelling -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qpt
タイトルCrystal structure of an EHD ATPase involved in membrane remodelling
要素EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-2
キーワードENDOCYTOSIS / PROTEIN-NUCLEOTIDE COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / clathrin coat of coated pit / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / endocytic recycling / cortical actin cytoskeleton organization / intercellular bridge / positive regulation of myoblast fusion / endocytic vesicle / cilium assembly ...positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / clathrin coat of coated pit / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / endocytic recycling / cortical actin cytoskeleton organization / intercellular bridge / positive regulation of myoblast fusion / endocytic vesicle / cilium assembly / caveola / protein localization to plasma membrane / endocytosis / recycling endosome membrane / microtubule cytoskeleton / early endosome / hydrolase activity / cadherin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain ...Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / EH domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Daumke, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Architectural and mechanistic insights into an EHD ATPase involved in membrane remodelling.
著者: Daumke, O. / Lundmark, R. / Vallis, Y. / Martens, S. / Butler, P.J. / McMahon, H.T.
履歴
登録2007年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3984
ポリマ－61,8271
非ポリマー5713
水1086
1
A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-2
ヘテロ分子

A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7958
ポリマ－123,6542
非ポリマー1,1416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.851, 134.653, 56.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second molecule of the EHD2 dimer is generated by the two fold crystallographic axis.

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要素

#1: タンパク質 EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-2


分子量: 61827.023 Da / 分子数: 1 / 変異: Q410A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ehd2 / プラスミド: pSKB-LNB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 Rosetta / 参照: UniProt: Q8BH64
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 3% PEG2000 MME, 50mM MES, 4mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97962
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月18日
詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR AND A TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 12251 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0708 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0022精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 50.779 / SU ML: 0.431 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC WITH TLS REFINEMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 623 4.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 12091 98.7 %-
all-12251 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.09 Å20 Å20.96 Å2
2---3.01 Å20 Å2
3----2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 33 6 3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0234065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.995280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3475472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12723.663172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.2415703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1571528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2760.31880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3390.52653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.5156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.360
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.33622575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.54633825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.25421648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.42831455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 38 -
Rwork0.306 866 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5142.5066-0.223711.25191.53791.8985-0.11260.2916-0.119-0.83330.18410.0753-0.38760.0667-0.0715-0.1177-0.1701-0.11430.1985-0.0274-0.247232.917-31.225-15.9484
26.1922.19111.67053.4553-0.23842.77960.1711-0.62280.18980.809-0.1251-0.0965-0.48610.0286-0.046-0.06440.01770.046-0.2516-0.0304-0.255917.0584-52.5227-10.5681
38.04481.56930.56949.0816-0.51298.78320.47760.2781-0.4283-0.3231-0.1686-0.35040.14930.0102-0.309-0.2528-0.03170.0013-0.2689-0.0286-0.2883-0.0377-85.0376-43.4848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 5926 - 66
2X-RAY DIFFRACTION1AA284 - 423291 - 430
3X-RAY DIFFRACTION2AA60 - 28367 - 290
4X-RAY DIFFRACTION3AA443 - 538450 - 545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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