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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yia | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma in complex with SMAD2 pS465 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / phosphorylation / SMAD / signalling / PPI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kiehstaller, S. / Graf, S. / Hennig, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Identification and characterization of 14-3-3/SMAD protein-protein-interactions 著者: Graf, S. / Kiehstaller, S. / Ottmann, C. / Hennig, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yia.cif.gz | 165.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yia.ent.gz | 108.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yia_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yia_full_validation.pdf.gz | 441 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yia_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yia_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yia | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1246.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 6種, 397分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M HEPES pH7.1 0.19 M CaCl2 5% glycerol 28% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→45.34 Å / Num. obs: 70364 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.08 % / Biso Wilson estimate: 15.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 13786 / CC1/2: 0.702 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3mhr 解像度: 1.3→45.34 Å / SU ML: 0.1975 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.7493 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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