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- PDB-6yi4: Structure of IMP-13 metallo-beta-lactamase complexed with citrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi4
タイトルStructure of IMP-13 metallo-beta-lactamase complexed with citrate anion
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / CITRATE ANION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zak, K.M. / Zhou, R.X. / Softley, C.A. / Bostock, M.J. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)675555 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchGFPARV38 ドイツ
引用ジャーナル: Not published
タイトル: Structure of IMP-13 metallo-beta-lactamase complexed with citrate anion
著者: Zak, K.M. / Zhou, R.X. / Softley, C.A. / Bostock, M.J. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-lactamase
BBB: Beta-lactamase
CCC: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,60919
ポリマ－75,3323
非ポリマー1,27716
水7,332407
1
AAA: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7419
ポリマ－25,1111
非ポリマー6308
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3595
ポリマ－25,1111
非ポリマー2494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5095
ポリマ－25,1111
非ポリマー3984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.675, 90.467, 88.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.853, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 25110.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla-imp13, bla-IMP13, blaIMP-13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WYA8, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 423分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, Na citrate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.866 Å / Num. obs: 80810 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 8035 / CC1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R78

6r78


解像度: 1.7→46.866 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 3820 4.727 %
Rwork0.18 --
all0.182 --
obs-80810 99.719 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.139 Å2-0 Å2-0.443 Å2
2--1.654 Å20 Å2
3----1.253 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 64 407 5610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135360
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0174983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.6317254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3421.57811628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8185658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90124.775222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74415938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.311156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2220.24459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22577
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.4770.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2690.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1950.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3570.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8332.8982619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8262.8972618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8394.3453268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8414.3473269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.673.3392741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.673.3392740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4644.7983982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4644.7983983
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.04534.6426152
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.99534.3636071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7440.2982790.2865662X-RAY DIFFRACTION99.8655
1.744-1.7920.2952580.2625533X-RAY DIFFRACTION100
1.792-1.8440.2692330.2455442X-RAY DIFFRACTION99.9648
1.844-1.9010.2682680.2385242X-RAY DIFFRACTION99.9819
1.901-1.9630.2532300.2175088X-RAY DIFFRACTION99.8685
1.963-2.0320.2372380.2024855X-RAY DIFFRACTION99.9019
2.032-2.1080.2262300.24793X-RAY DIFFRACTION99.7815
2.108-2.1940.2412240.2014543X-RAY DIFFRACTION99.7698
2.194-2.2920.2212450.1844332X-RAY DIFFRACTION99.5
2.292-2.4040.2282310.194155X-RAY DIFFRACTION99.4783
2.404-2.5340.2152280.1853972X-RAY DIFFRACTION99.7151
2.534-2.6870.1982120.1743718X-RAY DIFFRACTION99.645
2.687-2.8730.2281600.1873540X-RAY DIFFRACTION99.5962
2.873-3.1020.2261670.193291X-RAY DIFFRACTION99.5968
3.102-3.3980.2011390.1813063X-RAY DIFFRACTION99.4719
3.398-3.7990.21250.1662744X-RAY DIFFRACTION99.4799
3.799-4.3850.171010.1432457X-RAY DIFFRACTION99.5331
4.385-5.3670.1551160.1332050X-RAY DIFFRACTION99.5862
5.367-7.5770.2061060.1521580X-RAY DIFFRACTION99.9407
7.577-46.8660.196300.142930X-RAY DIFFRACTION99.6885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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