[日本語] English
万見
- PDB-6yi1: Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi1
タイトルCrystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
要素
  • Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
  • Glutaminyl-peptide cyclotransferase
キーワードTRANSFERASE / Alpha-Beta Protein / Metalloprotein / Intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
M28 Zn-Peptidase Glutaminyl Cyclase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glutaminyl-peptide cyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kupski, O. / Sautner, V. / Tittmann, K.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)IRTG 1422 ドイツ
German Federal Ministry for Economic Affairs and EnergyAiF KF2327701SB9 ドイツ
Alzheimer Forschung Initiative e.V. ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Hydrazides Are Potent Transition-State Analogues for Glutaminyl Cyclase Implicated in the Pathogenesis of Alzheimer's Disease.
著者: Kupski, O. / Funk, L.M. / Sautner, V. / Seifert, F. / Worbs, B. / Ramsbeck, D. / Meyer, F. / Diederichsen, U. / Buchholz, M. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Tittmann, K.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年3月15日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
C: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
D: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
E: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,30344
ポリマ－76,2395
非ポリマー4,06339
水7,620423
1
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
C: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
D: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,19321
ポリマ－38,3083
非ポリマー1,88518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
E: Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,11023
ポリマ－37,9312
非ポリマー2,17921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.380, 120.380, 331.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

SO4

21B-401-

SO4

31A-723-

HOH

41A-731-

HOH

51B-643-

HOH

61B-664-

HOH

71B-673-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Glutaminyl-peptide cyclotransferase / Glutaminyl cyclase / sQC / Glutaminyl-tRNA cyclotransferase / Glutamyl cyclase / EC


分子量: 37553.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QPCT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase
#2: タンパク質・ペプチド Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala


分子量: 377.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 9種, 462分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 4% (v/v) 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→88.279 Å / Num. obs: 70565 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.933 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 9.89 / Num. measured all: 418679
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.92-2.025.860.7231.7998570.6820.7999.6
2.02-2.126.1030.552.681480.8210.59899.9
2.12-2.225.9030.4243.3967340.8990.46399.8
2.22-2.325.7210.3264.3556100.9310.35699.7
2.32-2.56.1560.2695.5880350.9550.293100
2.5-2.755.8350.2017.3779380.9740.2299.7
2.75-35.9680.14610.3455290.9840.1699.5
3-3.56.0250.09116.0468710.9950.199.4
3.5-45.8310.0623.9638850.9970.06599.3
4-105.8970.04630.4574220.9980.0598
10-205.4380.02941.794610.9990.03293.3
20-503.2460.02432.946910.02989.6
50-1001.8330.04626.59610.0675

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2940精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AFM

2afm


解像度: 1.92→88.279 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 3496 4.95 %
Rwork0.1593 --
obs0.1606 70555 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.67 Å2 / Biso mean: 30.3477 Å2 / Biso min: 5.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→88.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 306 428 6032
Biso mean--48.97 36.13 -
残基数----658
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.92-1.94630.29511350.2576263899
1.9463-1.97410.29081470.24062672100
1.9741-2.00360.27721220.22322687100
2.0036-2.03490.2571450.20772632100
2.0349-2.06830.20721250.21162675100
2.0683-2.10390.23291290.20432699100
2.1039-2.14220.2411470.18912672100
2.1422-2.18340.21931390.17912638100
2.1834-2.2280.21821410.17892682100
2.228-2.27640.21491390.16782655100
2.2764-2.32940.17831400.16282654100
2.3294-2.38770.18981420.1612687100
2.3877-2.45220.18271420.15762699100
2.4522-2.52440.22581400.162665100
2.5244-2.60590.18821420.1612694100
2.6059-2.6990.19251400.15782673100
2.699-2.80710.14431410.15452669100
2.8071-2.93480.19841430.14542713100
2.9348-3.08960.15421400.1447267099
3.0896-3.28310.16231420.1425268799
3.2831-3.53670.16551420.1391270899
3.5367-3.89260.16171420.1303268799
3.8926-4.45580.16191440.12682736100
4.4558-5.61370.1551420.1513271699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.58692.61191.93164.57664.76037.069-0.1953-0.0117-0.37750.23360.0869-0.20520.21260.7923-0.00190.17780.0210.02680.11840.01130.2155-12.1505-27.303120.1342
20.6527-0.06160.09291.01340.19870.9537-0.0128-0.0059-0.02570.0406-0.06790.23390.1115-0.23760.08740.1721-0.03130.01720.2541-0.01490.2265-29.597-8.70124.9082
36.4097-0.2850.15914.7050.45337.80620.06270.13160.936-0.1936-0.09370.4195-0.9569-0.4057-0.06270.23640.05090.00210.21880.01010.3434-27.048610.189823.1072
40.5975-0.2930.0430.68990.07121.27430.01340.0717-0.0322-0.0588-0.03670.01980.0633-0.06860.0130.1461-0.02160.00090.1756-0.00720.1737-18.6269-9.971118.4117
55.43320.8696-2.67041.6892.62397.4045-0.2176-0.09420.4030.2033-0.20920.2011-0.62640.09290.2560.30510.07350.0110.1334-0.04690.3426-27.75723.49965.9126
63.8705-2.7291-1.93382.73552.24715.0534-0.3361-0.438-0.28220.60490.26240.79920.0794-0.39650.12810.46750.01510.19410.37870.09150.3521-27.5172-20.410879.3408
71.9573-1.2788-0.21351.41340.2580.9610.00510.0308-0.14850.0341-0.00930.1610.076-0.14720.00080.1691-0.02280.01890.13510.00830.1733-19.8373-21.097456.2213
82.2325-1.2541-0.30082.86190.07021.44270.0195-0.0881-0.0780.16840.01870.2885-0.0262-0.2297-0.03990.202-0.02810.03930.16470.0180.1684-20.4864-19.104563.7714
91.7502-1.16890.71041.6691-0.1440.54830.0067-0.01480.09880.1257-0.0385-0.03-0.0643-0.06440.01320.2119-0.02470.02420.15110.01380.1981-13.0491-9.815858.1397
103.37760.3633-1.20673.6061-3.35884.44450.0348-0.42160.28280.6391-0.04460.1565-0.5904-0.0442-0.08290.47830.060.05010.2681-0.07820.2355-18.4591-3.527778.7588
112.6547-1.2179-2.63281.23231.29012.7972-0.0813-0.6480.20810.55420.1624-0.4897-0.07090.4836-0.22760.4835-0.0099-0.090.3795-0.05920.296-9.9564-8.75977.7162
122.7227-2.1511.0514.1862-1.08331.377-0.1992-0.19690.12950.41480.125-0.333-0.089-0.04940.10110.2092-0.0169-0.01490.1659-0.01330.1326-7.3591-15.57267.36
133.7373-2.47580.44923.8442-0.58453.9012-0.1916-0.3896-0.30960.71510.35220.6343-0.1971-0.3394-0.11520.3015-0.010.10330.26630.00230.2142-23.5269-12.616375.3403
146.26754.2924-3.04084.5955-2.00516.86650.12850.230.19290.1058-0.0606-0.106-0.26510.15760.00990.17730.01110.01120.1809-0.0020.2112-11.60024.725821.6919
154.1048-0.0054-2.28351.66653.22457.48720.6570.69740.5665-0.27350.17550.3503-0.6513-0.3514-0.75161.18950.0034-0.00530.46660.14350.429-25.1019-9.6239-6.7363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 49 )A33 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 140 )A50 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 160 )A141 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 361 )A161 - 361
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 49 )B33 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 50 through 68 )B50 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 140 )B69 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 141 through 198 )B141 - 198
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 199 through 261 )B199 - 261
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 262 through 280 )B262 - 280
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 281 through 307 )B281 - 307
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 308 through 340 )B308 - 340
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 341 through 361 )B341 - 361
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'J' and (resid 1 through 9 )J1 - 9
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 1 through 4 )I1 - 4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る