+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yfu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Virus-like particle of Wenzhou levi-like virus 4 | ||||||
要素 | coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / virus / virus-like particle / structural protein | ||||||
生物種 | Wenzhou levi-like virus 4 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.018 Å | ||||||
データ登録者 | Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | Latvia, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. 著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yfu.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6yfu.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yfu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yfu_validation.pdf.gz | 753.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6yfu_full_validation.pdf.gz | 901.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yfu_validation.xml.gz | 291.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yfu_validation.cif.gz | 381.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6yf7C 6yf9C 6yfaC 6yfbC 6yfcC 6yfdC 6yfeC 6yffC 6yfgC 6yfhC 6yfiC 6yfjC 6yfkC 6yflC 6yfmC 6yfnC 6yfoC 6yfpC 6yfqC 6yfrC 6yfsC 6yftC 2ms2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15788.220 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wenzhou levi-like virus 4 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30 % MPD, 0.1 M MES pH 6.5 |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97776 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4→49.958 Å / Num. obs: 229056 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 42.132 % / Biso Wilson estimate: 127.586 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.882 / Rrim(I) all: 0.893 / Χ2: 0.659 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 9650681 / Scaling rejects: 15517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ms2 解像度: 4.018→49.958 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.84
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 304.24 Å2 / Biso mean: 161.3954 Å2 / Biso min: 115.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.018→49.958 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|