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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yfd | ||||||
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タイトル | Virus-like particle of Beihai levi-like virus 14 | ||||||
要素 | coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / virus / virus-like particle / structural protein | ||||||
生物種 | Beihai levi-like virus 14 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | Latvia, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. 著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yfd.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yfd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yfd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yfd_validation.pdf.gz | 1002.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yfd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yfd_validation.xml.gz | 541.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yfd_validation.cif.gz | 728.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6yf7C 6yf9C 6yfaC 6yfbC 6yfcC 6yfeC 6yffC 6yfgC 6yfhC 6yfiC 6yfjC 6yfkC 6yflC 6yfmC 6yfnC 6yfoC 6yfpC 6yfqC 6yfrC 6yfsC 6yftC 6yfuC 2ms2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22075.766 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Beihai levi-like virus 14 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: Room-temperature data collection / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→49.332 Å / Num. obs: 536242 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.308 % / Biso Wilson estimate: 81.126 Å2 / CC1/2: 0.937 / Rmerge(I) obs: 0.647 / Rrim(I) all: 0.715 / Χ2: 0.823 / Net I/σ(I): 2.28 / Num. measured all: 2846288 / Scaling rejects: 376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ms2 解像度: 3.3→49.332 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.73
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 263.36 Å2 / Biso mean: 92.1527 Å2 / Biso min: 26.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→49.332 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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