PDB-6ye3: IL-2 in complex with a Fab fragment from UFKA-20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ye3

タイトル

IL-2 in complex with a Fab fragment from UFKA-20

要素

Chains: A,D,G
Chains: B,E,H
Interleukin-2

キーワード

PROTEIN BINDING / IL-2 / Fab / Treg

機能・相同性

機能・相同性情報

kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / kinase activator activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Karakus, U. / Mittl, P. / Boyman, O.

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2020
タイトル: Receptor-gated IL-2 delivery by an anti-human IL-2 antibody activates regulatory T cells in three different species.
著者: Karakus, U. / Sahin, D. / Mittl, P.R.E. / Mooij, P. / Koopman, G. / Boyman, O.

履歴

登録	2020年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ye3.cif.gz	833.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ye3.ent.gz	584.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ye3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ye3_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ye3_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6ye3_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	6ye3_validation.cif.gz	86.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6ye3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6ye3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b6fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z5r-8 4z5r-3 5vjo-1 4z5r-5 4m1g-d 4z5r-1 3d9a-d 1xgu-d 5nst-1 4a2c-d 4z5r-4 1xgr-d 5kvd-d 1xgp-d 2r00-1 5ggv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (2)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chains: A,D,G

B: Chains: B,E,H

C: Interleukin-2

D: Chains: A,D,G

E: Chains: B,E,H

F: Interleukin-2

G: Chains: A,D,G

H: Chains: B,E,H

I: Interleukin-2

ヘテロ分子

269 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Chains: A,D,G

B: Chains: B,E,H

C: Interleukin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Chains: A,D,G

E: Chains: B,E,H

F: Interleukin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.6 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Chains: A,D,G

H: Chains: B,E,H

I: Interleukin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	238.384, 92.547, 121.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.112, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2
1	3
2	3
3	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	1 - 223	1 - 223
2	2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'D' and resid 1 through 223)	D	D	1 - 223	1 - 223
3	3	1	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'G' and resid 1 through 223)	G	G	1 - 223	1 - 223
1	4	2	ASP	ASP	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	1 - 219	1 - 219
2	5	2	ASP	ASP	ASN	ASN	chain 'E'	E	E	1 - 219	1 - 219
3	6	2	ASP	ASP	ASN	ASN	chain 'H'	H	H	1 - 219	1 - 219
1	7	3	SER	SER	LEU	LEU	(chain 'C' and resid -1 through 127)	C	C	-1 - 127	5 - 133
2	8	3	SER	SER	LEU	LEU	(chain 'F' and resid -1 through 127)	F	F	-1 - 127	5 - 133
3	9	3	SER	SER	LEU	LEU	(chain 'I' and resid -1 through 127)	I	I	-1 - 127	5 - 133

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体

Chains: A,D,G

分子量: 49417.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): B-cell clone / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Chains: B,E,H

分子量: 24150.686 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): B-cell clone / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF

分子量: 15567.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60568

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10.86% (v/v) PEG 8000, 5.76% (v/v) ethylene glycol, 100 mM HEPES, pH 7.48

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→49.4 Å / Num. obs: 114189 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 99.35 Å² / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 5.74
反射シェル	解像度: 2.89→2.993 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.38 / Num. unique obs: 5708 / CC_1/2: 0.186 / CC star: 0.56 / % possible all: 98.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5b6f

5b6f

解像度: 2.89→49.4 Å / SU ML: 0.7233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 37.4927

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2833	5726	5.01 %
R_work	0.2152	-	-
obs	0.2185	114189	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13384	0	84	91	13559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	13778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3172	18719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2132
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	2361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2772	5007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.92	0.4397	166	0.4231	3101	X-RAY DIFFRACTION	88.08
2.92-2.96	0.449	192	0.4269	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.96-2.99	0.4526	191	0.4213	3690	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.99-3.03	0.3865	188	0.4137	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.03-3.07	0.4231	193	0.4097	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.07-3.11	0.4464	195	0.4058	3673	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.11-3.16	0.3997	185	0.4146	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.16-3.2	0.3636	194	0.3834	3675	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.2-3.25	0.4215	192	0.3486	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.25-3.31	0.384	197	0.3616	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.31-3.36	0.3792	192	0.334	3578	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.36-3.42	0.3373	190	0.3198	3626	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.42-3.49	0.3319	190	0.3008	3571	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.49-3.56	0.3692	193	0.2828	3700	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.56-3.64	0.3514	191	0.2773	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.64-3.72	0.3369	190	0.2796	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.72-3.82	0.2754	196	0.2572	3646	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.82-3.92	0.3221	189	0.2308	3631	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.92-4.03	0.3006	191	0.2131	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.03-4.16	0.2535	191	0.197	3629	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.16-4.31	0.2804	192	0.1765	3601	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.31-4.49	0.2626	192	0.1632	3683	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.49-4.69	0.2342	195	0.1601	3607	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.69-4.94	0.2327	194	0.1528	3671	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.94-5.25	0.2219	193	0.1518	3590	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.25-5.65	0.2242	187	0.1538	3624	X-RAY DIFFRACTION	99.56
5.65-6.22	0.2425	194	0.1772	3623	X-RAY DIFFRACTION	99.5
6.22-7.11	0.3065	196	0.1867	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.87
7.12-8.96	0.2286	189	0.1555	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.92
8.96-49.4	0.2384	188	0.1693	3633	X-RAY DIFFRACTION	99.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.479569749733	0.0241554550243	-0.424077001031	0.0616261388584	-0.136128162285	0.822751376013	-0.0650807559541	0.571007266324	0.0573638867683	0.0687792743605	-0.14830037701	0.0671628300995	-0.215776695617	0.594029475508	-0.00487034192381	0.405712976659	0.0467226281583	0.00846117086666	0.745100518975	-0.15502246477	0.49417105375	-23.0880858286	-87.9584214198	60.3155621993
2	0.251952964917	0.0920826457548	0.284609089363	0.356557728342	0.652311604393	0.733127788579	-0.677141688611	0.735715530938	0.180720037665	-0.497084331271	0.702978827699	0.126287924217	-0.294821286565	0.0429897073003	0.000108184456809	0.745526443588	-0.177790793118	-0.042641276376	1.14613372396	0.0195723116496	0.87254431515	-50.5447460286	-88.8006898321	42.5531119997
3	1.08473736135	0.370707147356	-0.518900564995	0.982324980084	0.139757562237	0.740153035531	0.279689640686	-0.316100097164	-0.198526452304	0.176866185405	-0.188302596098	-0.0250087109794	0.0211531611408	0.044006352221	-3.39504673209E-5	0.623082503029	0.0283695638868	0.0399868433618	0.813085047863	-0.0808146630529	0.618497388371	-37.2674935414	-89.5866045298	76.8142251538
4	0.665080102582	0.153120903378	-0.272600685533	0.144472546634	0.888663837107	0.402075325043	0.122554960544	0.380354682762	0.0995265735972	0.0901888035911	0.23572196291	-0.124774344862	0.119227469481	-0.44724007568	-5.53017678914E-6	0.53234102595	-0.168835738948	0.011106069329	1.00418215157	-0.179777975266	0.65517430634	-59.1339656323	-100.784739857	47.4294367073
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 124 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 125 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 115 through 219 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid -2 through 128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 1 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 125 through 225 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 1 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 115 through 219 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid -1 through 128 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 1 through 124 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 125 through 225 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 1 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 115 through 219 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'I' and (resid -3 through 128 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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