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- PDB-6ydw: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtEFG1 and two tRNAMet ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydw
タイトル55S mammalian mitochondrial ribosome with mtEFG1 and two tRNAMet (TI-POST)
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 2
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 39
  • (Uncharacterized ...) x 22
  • 12S rRNA
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • CP tRNA-Phe
  • Death associated protein 3
  • Elongation factor G, mitochondrial
  • ICT1
  • Mitoribosomal protein ms28, mrps28
  • Mrpl34
  • Ribosomal protein
  • bS21m
  • mL53
  • mRNA
  • mS23
  • mS33
  • mS34
  • mS37
  • mS39
  • tRNAMet
  • uS11m
  • uS15m
  • uS17m
  • unknown peptide
キーワードTRANSLATION / Mitochondria / 55S ribosome / mtEFG1 / Elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation ...Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / translation elongation factor activity / RNA processing / rescue of stalled ribosome / cell junction / regulation of translation / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / apoptotic process / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / : ...Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / : / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / : / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Pentatricopeptide repeat domain / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Mitoribosomal protein mL52 / : / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Pentatricopeptide repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S11 / Large ribosomal subunit protein mL62 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL34m / Ribosomal protein / Mitochondrial ribosomal protein S23 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Mitochondrial ribosomal protein S34 / Mitochondrial ribosomal protein L41 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / Large ribosomal subunit protein mL53 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein bS16m / 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL32m / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40 / Elongation factor G, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kummer, E. / Ban, N.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)1196-2014 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Structural insights into mammalian mitochondrial translation elongation catalyzed by mtEFG1.
著者: Eva Kummer / Nenad Ban /
要旨: Mitochondria are eukaryotic organelles of bacterial origin where respiration takes place to produce cellular chemical energy. These reactions are catalyzed by the respiratory chain complexes located ...Mitochondria are eukaryotic organelles of bacterial origin where respiration takes place to produce cellular chemical energy. These reactions are catalyzed by the respiratory chain complexes located in the inner mitochondrial membrane. Notably, key components of the respiratory chain complexes are encoded on the mitochondrial chromosome and their expression relies on a dedicated mitochondrial translation machinery. Defects in the mitochondrial gene expression machinery lead to a variety of diseases in humans mostly affecting tissues with high energy demand such as the nervous system, the heart, or the muscles. The mitochondrial translation system has substantially diverged from its bacterial ancestor, including alterations in the mitoribosomal architecture, multiple changes to the set of translation factors and striking reductions in otherwise conserved tRNA elements. Although a number of structures of mitochondrial ribosomes from different species have been determined, our mechanistic understanding of the mitochondrial translation cycle remains largely unexplored. Here, we present two cryo-EM reconstructions of human mitochondrial elongation factor G1 bound to the mammalian mitochondrial ribosome at two different steps of the tRNA translocation reaction during translation elongation. Our structures explain the mechanism of tRNA and mRNA translocation on the mitoribosome, the regulation of mtEFG1 activity by the ribosomal GTPase-associated center, and the basis of decreased susceptibility of mtEFG1 to the commonly used antibiotic fusidic acid.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._citation.journal_volume / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10779
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AI: Uncharacterized protein
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
BU: Mitochondrial ribosomal protein L20
BV: Mitochondrial ribosomal protein L21
BW: Uncharacterized protein
BX: Uncharacterized protein
BY: Uncharacterized protein
Ba: Mitochondrial ribosomal protein L37
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L38
Bc: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bd: Uncharacterized protein
Be: Mitochondrial ribosomal protein L41
Bf: Uncharacterized protein
Bg: Mitochondrial ribosomal protein L43
Bh: Uncharacterized protein
Bi: Mitochondrial ribosomal protein L45
Bj: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bk: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
Bl: Mrpl34
Bm: Mitochondrial ribosomal protein L50
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L51
Bo: Uncharacterized protein
Bp: mL53
Bq: Uncharacterized protein
Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bu: Uncharacterized protein
Bv: Uncharacterized protein
B0: Mitochondrial ribosomal protein L27
Bw: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A
AA: 12S rRNA
AB: Mitochondrial ribosomal protein S2
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AE: Mitochondrial ribosomal protein S5
AF: Uncharacterized protein
AG: Mitochondrial ribosomal protein S7
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S10
AK: uS11m
AL: Mitochondrial ribosomal protein S12
AN: Mitochondrial ribosomal protein S14
AO: uS15m
AP: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AQ: uS17m
AR: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AU: bS21m
AV: tRNAMet
AX: mRNA
AY: tRNAMet
AZ: unknown peptide
Aa: Mitochondrial ribosomal protein S22
Ab: mS23
Ac: Mitochondrial ribosomal protein S25
Ad: Mitochondrial ribosomal protein S26
Ae: Mitochondrial ribosomal protein S27
B1: Mitochondrial ribosomal protein L28
Af: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
Ag: Death associated protein 3
Ah: Mitochondrial ribosomal protein S31
Ai: mS33
Aj: mS34
Ak: Mitochondrial ribosomal protein S35
Am: mS37
An: Aurora kinase A interacting protein 1
Ao: mS39
Ap: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
CL: Mitochondrial ribosomal protein L12
DL: Mitochondrial ribosomal protein L12
EL: Mitochondrial ribosomal protein L12
FL: Mitochondrial ribosomal protein L12
GL: Mitochondrial ribosomal protein L12
HL: Mitochondrial ribosomal protein L12
LL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B2: Mitochondrial ribosomal protein L47
B3: Uncharacterized protein
B4: Uncharacterized protein
B5: Uncharacterized protein
B6: Uncharacterized protein
B7: Mitochondrial ribosomal protein L34
B8: Mitochondrial ribosomal protein L35
B9: Ribosomal protein
BA: 12S rRNA
BB: CP tRNA-Phe
BC: Elongation factor G, mitochondrial
BD: Uncharacterized protein
BE: ICT1
BF: Mitochondrial ribosomal protein L4
BI: Mitochondrial ribosomal protein L9
BJ: Mitochondrial ribosomal protein L10
BK: Mitochondrial ribosomal protein L11
BN: Uncharacterized protein
BO: Uncharacterized protein
BP: Uncharacterized protein
BQ: Uncharacterized protein
BR: Uncharacterized protein
BS: Mitochondrial ribosomal protein L18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,085,424433
ポリマ－13,074,94095
非ポリマー10,484338
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Uncharacterized ... , 22種, 22分子 AIBWBXBYBdBfBhBoBqBuBvAFB3B4B5B6BDBNBOBPBQBR

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 187-194 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LU08
#5: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RQC9
#6: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 115-133 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZZC6
#7: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#11: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZP98
#13: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 77-100 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#15: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SR64
#22: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7
#24: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 54-64 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN63
#26: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 165-173 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#27: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#35: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 30365.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LEJ9
#67: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 18921.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STE5
#68: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 83-96 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#69: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LTC4
#70: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#76: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRN2
#82: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GP19
#83: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMZ6
#84: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RSH0
#85: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI89
#86: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 39種, 45分子 BTBUBVBaBbBcBeBgBiBjBmBnBtB0BxABACAEAGAJALANARAaAcAdAeB1AhAk...

#2: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#3: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RY70
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RW03
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHP6
#12: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#14: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#16: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#17: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRT0
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L50


分子量: 22785.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9H6
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BE26
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BP93
#28: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RT79
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRH6
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S001
#33: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#34: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU66
#36: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#37: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23105.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RUU2
#39: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#40: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#44: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#49: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#51: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#52: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AY01
#53: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 51945.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 337-352 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R5D6
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#57: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S31


分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RME2
#60: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S35


分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SG95
#65: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ARV8
#66: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC7
#71: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A119
#72: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#78: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B9C4
#79: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LR45
#80: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWJ0
#81: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RU54
#87: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNK1

-
39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BkBw

#18: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480J9Z6
#29: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S30


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QIM3

-
タンパク質 , 17種, 17分子 BlBpAKAOAQAUAbAfAgAiAjAmAnAoB9BCBE

#19: タンパク質 Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#23: タンパク質 mL53


分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A341D604
#38: タンパク質 uS11m


分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#41: タンパク質 uS15m


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMP0
#43: タンパク質 uS17m


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RIU0
#45: タンパク質 bS21m


分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#50: タンパク質 mS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#55: タンパク質 Mitoribosomal protein ms28, mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#56: タンパク質 Death associated protein 3


分子量: 46966.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LS10
#58: タンパク質 mS33


分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8G3
#59: タンパク質 mS34


分子量: 25843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AVS9
#61: タンパク質 mS37


分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU49
#62: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#63: タンパク質 mS39


分子量: 78518.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 201-234 built as poly-Ala / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GKS8
#73: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A731
#75: タンパク質 Elongation factor G, mitochondrial / EF-Gmt / Elongation factor G 1 / mitochondrial / mEF-G 1 / Elongation factor G1 / hEFG1


分子量: 80054.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mtEFG1 residues 40-751 including an N-terminal SGGSGSGSSG-linker
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFM1, EFG, EFG1, GFM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RP9
#77: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 38427.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A140UHW4

-
RNA鎖 , 4種, 6分子 AABAAVAYAXBB

#31: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 5350865.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 347448639
#46: RNA鎖 tRNAMet


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970
#47: RNA鎖 mRNA


分子量: 1892.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#74: RNA鎖 CP tRNA-Phe


分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 76262549

-
28S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 APAp

#42: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JTD7
#64: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q767K8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ

#48: タンパク質・ペプチド unknown peptide


分子量: 1297.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

-
非ポリマー , 8種, 343分子

#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#90: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#91: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H11NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#92: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#93: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#94: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#95: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
155S S. scrofa mitochondrial ribosome in complex with mtEFG1, two tRNA-Met and CUGAUG mRNACOMPLEX#1-#870MULTIPLE SOURCES
255S S. scrofa mitochondrial ribosomeCOMPLEX#1-#45, #48-#871NATURAL
3tRNAMet and mRNACOMPLEX#46-#471RECOMBINANT
4Elongation factor G, mitochondrialCOMPLEX#751RECOMBINANT
分子量値: 2.8 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
14Escherichia coli (大腸菌)562
23Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.017 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / バージョン: 1.9.0.30REL / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12858 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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