PDB-6ycq: Crystal structure of the DNA binding domain of Arabidopsis thalia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ycq

タイトル

Crystal structure of the DNA binding domain of Arabidopsis thaliana Auxin Response Factor 1 (AtARF1) in complex with High Affinity DNA

要素

21-7A
21-7B
Auxin response factor 1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Transcription Factor (転写因子) /

DNA binding (デオキシリボ核酸) /

Nucleus (Nucleus) / Hormone Response

機能・相同性

機能・相同性情報

leaf senescence / response to auxin /

細胞死 / auxin-activated signaling pathway / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding / identical protein binding /

細胞核 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Crespo, I. / Weijers, D. / Boer, D.R.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis .
著者: Freire-Rios, A. / Tanaka, K. / Crespo, I. / van der Wijk, E. / Sizentsova, Y. / Levitsky, V. / Lindhoud, S. / Fontana, M. / Hohlbein, J. / Boer, D.R. / Mironova, V. / Weijers, D.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ycq.cif.gz	425.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ycq.ent.gz	284.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ycq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Auxin response factor 1

B: Auxin response factor 1

C: 21-7A

D: 21-7B

ヘテロ分子

96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.304, 102.784, 127.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.036, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Auxin response factor 1 分子量: 41079.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ARF1, At1g59750, F23H11.7 / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8L7G0

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖	21-7A 分子量: 6430.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖	21-7B 分子量: 6457.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 5種, 669分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: B10 condition of the Morpheus HT screen: 0.09 M (0.3M Sodium fluoride, 0.3M Sodium bromide, 0.3M Sodium iodide); 0.1 M (Tris (base), BICINE pH8.5); 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→47.58 Å / Num. obs: 75146 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.651→1.68 Å / Num. unique obs: 82 / CC_1/2: 0.512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LDX

4ldx

解像度: 1.65→47.57 Å / SU ML: 0.1762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.094

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	3634	4.84 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.173	75141	57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5526	855	52	648	7081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	6746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9634	9328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0494	5258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2651	5	0.2644	47	X-RAY DIFFRACTION	1.06
1.67-1.7	0.302	4	0.2784	108	X-RAY DIFFRACTION	2.27
1.7-1.72	0.3537	15	0.3116	193	X-RAY DIFFRACTION	4.11
1.72-1.75	0.3837	18	0.3116	316	X-RAY DIFFRACTION	6.6
1.75-1.77	0.342	18	0.2846	411	X-RAY DIFFRACTION	8.64
1.77-1.8	0.3505	25	0.2839	526	X-RAY DIFFRACTION	10.76
1.8-1.83	0.2843	40	0.2821	752	X-RAY DIFFRACTION	15.86
1.83-1.87	0.3279	58	0.2602	913	X-RAY DIFFRACTION	19.26
1.87-1.9	0.3098	51	0.2816	1215	X-RAY DIFFRACTION	25.01
1.9-1.94	0.2943	85	0.2586	1522	X-RAY DIFFRACTION	31.69
1.94-1.98	0.2593	97	0.2431	1860	X-RAY DIFFRACTION	38.8
1.98-2.03	0.2757	135	0.2379	2432	X-RAY DIFFRACTION	50.97
2.03-2.08	0.2784	108	0.2451	2412	X-RAY DIFFRACTION	49.61
2.08-2.14	0.2562	196	0.224	4147	X-RAY DIFFRACTION	86.2
2.14-2.2	0.2428	240	0.2127	4499	X-RAY DIFFRACTION	93.53
2.2-2.27	0.2491	134	0.2239	3029	X-RAY DIFFRACTION	61.9
2.27-2.35	0.2609	252	0.2066	4664	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.35-2.45	0.2296	226	0.1981	4708	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.45-2.56	0.2137	229	0.2015	4748	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.56-2.69	0.2247	231	0.1949	4764	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.69-2.86	0.214	259	0.1906	4745	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.86-3.08	0.2024	235	0.1765	4711	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.08-3.39	0.1805	267	0.1571	4702	X-RAY DIFFRACTION	97.72
3.39-3.88	0.1737	228	0.1461	4543	X-RAY DIFFRACTION	93.48
3.88-4.89	0.1435	236	0.1246	4743	X-RAY DIFFRACTION	97.34
4.89-47.57	0.1819	242	0.1451	4797	X-RAY DIFFRACTION	97.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.428751653945	0.0217316809332	-0.189754291881	3.11764102526	0.0238733672654	0.302428607704	-0.00795072891494	-0.165787149157	-0.0482420561181	0.0265633332438	0.0175358574945	-0.152894532476	-0.0161905465961	0.00566607248665	-0.0260316143879	0.131308945607	-0.000260130542432	-0.020933297816	0.196143547321	-0.00284246143655	0.141463467075	3.96841658714	1.70291220594	50.8148909733
2	1.70428067423	0.122552209616	-0.602235026369	0.971961576693	1.22797813908	2.2953924701	0.0291182295057	0.120785443635	-0.0679066312823	-0.182037940112	-0.253805021516	0.0592223422413	0.017176907599	-0.141125776612	0.195693321779	0.163829685435	0.0118293946973	-0.006333772579	0.211301955018	-0.0328673562811	0.224297398578	1.63831103375	-13.9599547463	36.3981713804
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10	1.71217719601	1.50218831713	0.362017761935	1.86039326044	-1.14630009592	5.65191325174	-0.11484932867	0.0577012468477	0.132996988859	0.348518653583	0.10703560456	-0.373144871821	-0.576886217039	-0.156027522754	0.0746393678449	0.55192134935	0.0348972422108	0.146569563347	0.212084348775	0.0112655719421	0.409124838753	16.0508486979	28.4177947065	15.0912023791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 223 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 224 through 256 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 257 through 355 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 100 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 257 through 355 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 10 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 11 through 21 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 10 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 11 through 21 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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