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- PDB-4jng: Schmallenberg virus nucleoprotein-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jng
タイトルSchmallenberg virus nucleoprotein-RNA complex
要素
  • Nucleocapsid protein
  • RNA (42-MER)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Negative-stranded RNA virus nucleoprotein / bunyavirus / protect genomic RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 - #20 / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Bunyavirus nucleocapsid (N) , C-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) , N-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Cyclin A; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Schmallenberg virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Dong, H.H. / Li, P. / Bottcher, B. / Elliott, R.M. / Dong, C.J.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Schmallenberg orthobunyavirus nucleoprotein-RNA complex reveals a novel RNA sequestration mechanism.
著者: Dong, H.H. / Li, P. / Bottcher, B. / Elliott, R.M. / Dong, C.J.
履歴
登録2013年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Experimental preparation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RNA (42-MER)
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6475
ポリマ－117,6475
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18680 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area44030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.350, 85.960, 77.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (42-MER)


分子量: 12814.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Nucleocapsid protein


分子量: 26208.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schmallenberg virus (ウイルス) / 株: Na2 / 遺伝子: N / プラスミド: p14SBVN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: H2AM13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.7, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→37.82 Å / Num. all: 54454 / Num. obs: 54303 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.16→37.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7984 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IDX

4idx


解像度: 2.12→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 19.358 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28348 2755 5.1 %RANDOM
Rwork0.26449 ---
all0.266 54303 --
obs0.26548 51526 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.666 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.87 Å20 Å20.56 Å2
2---2.79 Å20 Å2
3---5.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.03 Å0.02 Å
Luzzati d res low-2.16 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7035 840 0 163 8038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0198140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.85911192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914316754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3185880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46824.012329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41151195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7651531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021921
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.654315413
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.054596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.41515215
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 207 -
Rwork0.333 3825 -
obs-34042 99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3259-0.06750.04840.0639-0.04190.03750.0239-0.05930.09710.07110.00620.0818-0.08230.039-0.030.45740.03080.06230.42370.0340.2807-11.2187-18.311117.2306
21.0668-0.46880.33591.2668-0.370.4467-0.1321-0.05730.19940.16210.1195-0.1018-0.0894-0.08830.01250.43320.00870.0260.36760.01780.10588.779-8.88573.4526
30.5005-0.5636-0.03341.9242-0.33281.7434-0.122-0.1058-0.03620.25370.05480.0267-0.14290.15450.06720.46430.0450.02670.4667-0.00090.00694.0659-29.648136.6779
40.92830.40720.23470.53060.91851.9724-0.0430.0034-0.4424-0.1279-0.0857-0.0868-0.3599-0.17130.12870.47630.0396-0.01360.417-0.04320.2772-33.8963-25.248232.2179
52.0653-0.2046-0.23890.1682-0.33580.9357-0.10720.0266-0.43470.05130.0085-0.0098-0.0857-0.10630.09870.412-0.03550.04880.3580.03780.332-28.0923-8.3842-3.5201
60.09430.103-0.04280.2326-0.06190.2742-0.0621-0.01440.01150.0150.04550.0078-0.02830.01940.01660.49550.0350.0550.3813-0.00980.0159-6.0753-18.392311.1861
70.9652-0.04430.6650.0161-0.10840.9445-0.01280.1035-0.14410.03980.0043-0.011-0.0971-0.08060.00850.67870.00660.03930.2766-0.0370.0903-13.5133-20.153517.0338
80.9089-0.17590.18410.2642-0.36970.56480.04010.02050.1932-0.0036-0.1602-0.05460.07790.25220.12020.3810.00190.03940.3691-0.00360.1436-16.6923-18.435627.3633
90.06680.01640.1260.03020.03870.2416-0.14150.06950.0510.08130.03920.0674-0.19690.17370.10230.76340.18290.16270.71590.22080.1677-7.8743-23.859524.3815
101.60020.7089-0.05422.0073-0.63560.2477-0.11350.4666-0.0181-0.17060.0057-0.40090.12390.12590.10780.4924-0.08290.11030.6667-0.27240.2895-2.6551-17.076814.4416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3B14 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4C5 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5D2 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6A301 - 388
7X-RAY DIFFRACTION7L101 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8C301 - 316
9X-RAY DIFFRACTION9B301 - 317
10X-RAY DIFFRACTION10A389 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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