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- PDB-6ya6: Minimal construct of Cdc7-Dbf4 bound to XL413 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ya6
タイトルMinimal construct of Cdc7-Dbf4 bound to XL413
要素
  • Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase
  • Protein DBF4 homolog A
キーワードCELL CYCLE / kinase / cdc7 / dbf4 / bivalent substrate / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Dbf4-dependent protein kinase complex / regulation of cell cycle phase transition / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / cell cycle phase transition / double-strand break repair via break-induced replication / intercellular bridge / Transcriptional Regulation by E2F6 / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / enzyme activator activity ...Dbf4-dependent protein kinase complex / regulation of cell cycle phase transition / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / cell cycle phase transition / double-strand break repair via break-induced replication / intercellular bridge / Transcriptional Regulation by E2F6 / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / enzyme activator activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine kinase activator activity / mitotic spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / kinase activity / DNA replication / nucleic acid binding / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SX / BORIC ACID / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cell division cycle 7-related protein kinase / Protein DBF4 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Dick, S.D. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC10061 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Activation and Target Site Specificity of CDC7 Kinase.
著者: Dick, S.D. / Federico, S. / Hughes, S.M. / Pye, V.E. / O'Reilly, N. / Cherepanov, P.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase
B: Protein DBF4 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9279
ポリマ－57,2342
非ポリマー6937
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.640, 61.640, 233.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase,Cell division cycle 7-related protein kinase / huCdc7


分子量: 40230.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC7, CDC7L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O00311, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Protein DBF4 homolog A / Activator of S phase kinase / Chiffon homolog A / DBF4-type zinc finger-containing protein 1


分子量: 17003.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DBF4, ASK, DBF4A, ZDBF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU7

-
非ポリマー , 7種, 471分子

#3: 化合物 ChemComp-0SX / 8-chloro-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl][1]benzofuro[3,2-d]pyrimidin-4(3H)-one


分子量: 289.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12ClN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M PCTP pH7, 18% PEG 1500, 8% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→59.61 Å / Num. obs: 82613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 13.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.44→1.491 Å / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. unique obs: 7764 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3707精密化
PHENIXdev_3707精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MH9

5mh9
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.44→42.85 Å / SU ML: 0.1286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.0071
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 4139 5.02 %
Rwork0.1666 --
obs0.1679 82484 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→42.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 39 464 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8884980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0799550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2031388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.460.24931450.23942416X-RAY DIFFRACTION94.19
1.46-1.470.27091250.22612478X-RAY DIFFRACTION95.84
1.47-1.490.22461250.21192474X-RAY DIFFRACTION97.27
1.49-1.510.22981300.20812590X-RAY DIFFRACTION98.84
1.51-1.530.24641300.19882592X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.550.19611270.19332594X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.570.21271120.18282590X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.19541330.18762572X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.620.22571290.17372646X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.650.17461230.17672554X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.680.18361440.16962601X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.710.21321340.16632592X-RAY DIFFRACTION99.96
1.71-1.740.21141470.16332572X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.780.1811320.17092588X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.17461520.16952613X-RAY DIFFRACTION99.96
1.81-1.860.18741190.17322618X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.20571310.17462584X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.21361560.16652589X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.010.1881630.16212570X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.080.21421490.16342618X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.150.16991460.16542605X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.240.19581390.15992630X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.340.18311290.16392651X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.2031420.16272655X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.620.18871220.16422654X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.18741640.16922658X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.19491580.16832657X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.550.17921540.15772683X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.17751330.14332766X-RAY DIFFRACTION99.93
4.47-42.850.18821460.1642935X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0970182230177-0.05597423436410.05512722539580.1435410845060.0573132997861.00112283186-0.0106043402131-0.0217857696531-0.02810481395640.0204722080829-0.00781838239698-0.0218530050925-0.002866918268210.0657230060911-0.006919188300450.0771277502718-0.0003235502269620.004757817026620.106642312580.01226153010430.095170768653920.931083025814.90320099358.743664391
20.427327239976-0.2980575356070.02176398727670.0965422641431-0.09383538000930.05244646780730.03498031009170.021178230583-0.08971279567920.0145935599868-0.02650953071410.05440353574850.0171158512911-0.0144484437705-0.006626658449530.07613436463990.004384583629220.01061979131290.120429240246-0.002399462123040.1036300998551.4401974630517.760190793138.0656831905
30.2461814118050.01245563445840.08813555541220.291122626774-0.02623688790950.3156116375260.003786097498210.194348692868-0.0309991616088-0.05964713469470.0298428986234-0.06986930858020.01566824808390.06422585756840.01750183158530.06397146755310.007360138070940.01991857151840.1514248206610.00345870849050.096348010961421.306673506316.591556183130.6833103358
40.343582284356-0.082968659057-0.0865345538797-0.1889717398060.1409731153140.09512740465740.01843075981970.0937228985068-0.06284570965180.0716753175492-0.0337525036133-0.00376222287074-0.00274758942511-0.0329523554384-0.01576765590950.0959142192088-0.01230102679770.0127154595880.1181280795680.03203805962470.162588883541-2.8525177727126.412400218235.4799257847
50.04022396458950.03962872737860.03870826377430.06917290834270.07057274581920.314173854498-0.1639134284210.1093404031320.06393058141730.05523176904140.1208830698530.323192458551-0.479062236288-0.362849659798-0.008465831865120.2228252817230.1014198972570.04042761823410.4296637837610.1355138572240.277188617858-1.6126121871420.560375386268.4009669403
60.1296532103790.0303292692032-0.0377578208721-0.0113237498217-0.02689919847990.176637057787-0.0139241911883-0.19307601841-0.1278250602390.1269633642060.05724201060310.0162496659816-0.00111981149842-0.06029671612260.005534709721380.1427215008620.01063427674590.04501119950940.15526717640.03667152460220.15165839183116.29515070410.151276692276.2319149377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 38:214)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 215:450 or chain D and resid 1:1)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 451:573)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 207:254)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 293:314 or chain D and resid 2:2)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 315:346)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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