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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8f
タイトルAn inactive (D136N and D137N) variant of alpha-1,6-mannanase, GH76A of Salegentibacter sp. HEL1_6 in complex with alpha-1,6-mannotriose
要素Alpha-1,6-endo-mannanase GH76A mutant
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH76 / Mannan / CAZymes / Mannanases
生物種Salegentibacter sp. Hel_I_6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.472 Å
データ登録者Hehemann, J.H. / Solanki, V.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Isme J / : 2022
タイトル: Glycoside hydrolase from the GH76 family indicates that marine Salegentibacter sp. Hel_I_6 consumes alpha-mannan from fungi.
著者: Solanki, V. / Kruger, K. / Crawford, C.J. / Pardo-Vargas, A. / Danglad-Flores, J. / Hoang, K.L.M. / Klassen, L. / Abbott, D.W. / Seeberger, P.H. / Amann, R.I. / Teeling, H. / Hehemann, J.H.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,6-endo-mannanase GH76A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5015
ポリマ-43,8771
非ポリマー6254
7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.311, 82.774, 49.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,6-endo-mannanase GH76A mutant


分子量: 43876.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salegentibacter sp. Hel_I_6 (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 DE3
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a6-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 14 % v/v 2-propanol, 30 % v/v Glycerol, 70 mM Sodium acetate pH 4.6, 140 mM Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射モノクロメーター: Si-111 and Si-113 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→82.77 Å / Num. obs: 50967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 287715 / Scaling rejects: 480
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.55.10.3711322525760.9280.1790.4133.3100
8.06-82.776.30.04720843330.9990.020.05121.399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SHD
解像度: 1.472→49.551 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 2568 5.05 %
Rwork0.1624 --
obs0.1643 50884 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.25 Å2 / Biso mean: 19.9933 Å2 / Biso min: 7.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.472→49.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 37 452 3179
Biso mean--17.76 32.92 -
残基数----338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5573805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3991002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.472-1.50030.27881240.1982729
1.5003-1.53090.27621520.17942639
1.5309-1.56420.24311250.16892704
1.5642-1.60060.24371240.1812692
1.6006-1.64060.25261340.16772652
1.6406-1.6850.25071210.1552710
1.685-1.73460.21121320.14882656
1.7346-1.79060.21441710.15492681
1.7906-1.85460.20981450.15962684
1.8546-1.92880.21391550.16252657
1.9288-2.01660.21331350.16382696
2.0166-2.12290.19331680.15372638
2.1229-2.25590.19761490.15152668
2.2559-2.43010.18341500.1572689
2.4301-2.67470.17461730.16182671
2.6747-3.06160.18561530.17022673
3.0616-3.85710.18221360.15692712
3.8571-49.550.1911210.16772765

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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