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- PDB-6y7q: Crystal Structure of the N-terminal PAS domain from the hERG3 Pot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y7q
タイトルCrystal Structure of the N-terminal PAS domain from the hERG3 Potassium Channel
要素Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PAS / Potassium Channel / Heme Binding / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / monoatomic ion channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / circadian rhythm / potassium ion transport / heme binding / protein-containing complex binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, ERG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / PAS domain ...Potassium channel, voltage-dependent, ERG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated inwardly rectifying potassium channel KCNH7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Cresser-Brown, J. / Raven, E. / Moody, P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/K000128/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M018598/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a heme-binding domain in a neuronal voltage-gated potassium channel.
著者: Burton, M.J. / Cresser-Brown, J. / Thomas, M. / Portolano, N. / Basran, J. / Freeman, S.L. / Kwon, H. / Bottrill, A.R. / Llansola-Portoles, M.J. / Pascal, A.A. / Jukes-Jones, R. / Chernova, T. ...著者: Burton, M.J. / Cresser-Brown, J. / Thomas, M. / Portolano, N. / Basran, J. / Freeman, S.L. / Kwon, H. / Bottrill, A.R. / Llansola-Portoles, M.J. / Pascal, A.A. / Jukes-Jones, R. / Chernova, T. / Schmid, R. / Davies, N.W. / Storey, N.M. / Dorlet, P. / Moody, P.C.E. / Mitcheson, J.S. / Raven, E.L.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6094
ポリマ－15,3931
非ポリマー2163
水1,11762
1
AAA: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7
ヘテロ分子

AAA: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2188
ポリマ－30,7852
非ポリマー4326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.784, 32.784, 200.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 / Ether-a-go-go-related gene potassium channel 3 / hERG-3 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv11.3


分子量: 15392.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNH7, ERG3 / プラスミド: pLEICS-93 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NS40
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: hERG3 PAS domain (15 mg/ml, in 50 mM NaCl, 1 mM TCEP in a 1:1 ratio with reservoir solution (0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH=7.5, 1.6 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→66.9 Å / Num. obs: 23496 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9656537283 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
1.39-1.4317090.7661
6.22-66.93710.9991

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HQA

4hqa


解像度: 1.39→50.221 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 7.176 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1208 5.167 %
Rwork0.1843 --
all0.187 --
obs-22170 99.983 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.748 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.748 Å20 Å2
3---3.496 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→50.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 14 62 1013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.013975
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.017893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2341.6531310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6461.5752079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1355118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00323.20853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.96115172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.681155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2570.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0930.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.6650.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.6180.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3010.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5982.961472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5692.956471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4354.457590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4324.461591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9913.659503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.9853.661504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.4615.237720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.4545.238721
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.0538.2531092
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other938.1541089
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr18.19531868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.426-1.4650.339900.2751525X-RAY DIFFRACTION99.9381
1.465-1.5080.328770.271507X-RAY DIFFRACTION100
1.508-1.5540.253830.2441493X-RAY DIFFRACTION100
1.554-1.6050.297910.2081390X-RAY DIFFRACTION100
1.605-1.6610.343760.2311402X-RAY DIFFRACTION100
1.661-1.7240.322550.2161372X-RAY DIFFRACTION100
1.724-1.7940.281610.1851287X-RAY DIFFRACTION100
1.794-1.8740.235730.2021232X-RAY DIFFRACTION100
1.874-1.9650.231640.191199X-RAY DIFFRACTION100
1.965-2.0710.239550.1771156X-RAY DIFFRACTION99.9175
2.071-2.1970.297510.1731105X-RAY DIFFRACTION100
2.197-2.3480.236520.1621029X-RAY DIFFRACTION100
2.348-2.5360.216510.146963X-RAY DIFFRACTION100
2.536-2.7780.248640.157866X-RAY DIFFRACTION100
2.778-3.1050.212470.179819X-RAY DIFFRACTION100
3.105-3.5840.194430.163739X-RAY DIFFRACTION100
3.584-4.3870.187310.158630X-RAY DIFFRACTION100
4.387-6.1910.232350.179516X-RAY DIFFRACTION100
6.191-50.2210.241160.269332X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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