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- PDB-3ltl: Crystal structure of human BIG1 Sec7 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltl
タイトルCrystal structure of human BIG1 Sec7 domain
要素Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / all alpha / Guanine-nucleotide releasing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


endomembrane system organization / negative regulation of GTPase activity / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of ARF protein signal transduction / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of wound healing / : / myosin binding / protein kinase A regulatory subunit binding ...endomembrane system organization / negative regulation of GTPase activity / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of ARF protein signal transduction / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of wound healing / : / myosin binding / protein kinase A regulatory subunit binding / Golgi organization / exocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / trans-Golgi network / nuclear matrix / neuron projection development / protein transport / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Golgi membrane / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Simister, P.C. / Joubert, A. / Cherfils, J. / Biou, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Sec7 domain structures of human BIG1 and Cytohesin1 Arf nucleotide exchange factors
著者: Zeeh, J.C. / Simister, P.C. / Rousseau, V. / Joubert, A. / Cherfils, J. / Biou, V.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
B: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9235
ポリマ－48,7832
非ポリマー1403
水1,31573
1
A: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5324
ポリマ－24,3921
非ポリマー1403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3921
ポリマ－24,3921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.451, 36.867, 85.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1 / Brefeldin A-inhibited GEP 1 / p200 ARF-GEP1 / p200 ARF guanine nucleotide exchange factor


分子量: 24391.643 Da / 分子数: 2 / 断片: Sec7 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARFGEF1, ARFGEP1, BIG1 / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y6D6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.2M tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月22日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→80 Å / Num. all: 20705 / Num. obs: 20705 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2870 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PBV

1pbv


解像度: 2.2→22.605 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1061 5.13 %random
Rwork0.1753 ---
obs0.1785 20674 98.72 %-
all-20674 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.491 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.631 Å20 Å20.3818 Å2
2--1.9943 Å20 Å2
3----2.6253 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.605 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 6 73 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9984186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3021189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.30010.30141260.2287226192
2.3001-2.42120.2751370.19322412100
2.4212-2.57270.25351290.18752489100
2.5727-2.7710.24841380.17112449100
2.771-3.04930.25011100.17912487100
3.0493-3.48910.23941380.17112450100
3.4891-4.39060.19821420.14772502100
4.3906-22.60660.21471410.1627256399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3562-0.7482-0.33851.95012.12742.6901-0.1637-0.1330.03010.10020.21750.026-0.00110.7382-0.04450.1871-0.02140.01670.30830.05220.151917.21271.189935.649
21.447-0.43520.36251.0786-0.2441.8054-0.0968-0.01780.07660.07930.00650.0892-0.3801-0.09910.05280.22440.01160.04580.0484-0.03980.1267-3.038712.349330.5667
30.76820.610.31551.5238-0.83311.25750.1184-0.0978-0.19580.33980.23560.7374-0.1289-0.0784-0.36360.32150.04530.08910.16670.02980.3867-14.852414.283823.4305
40.5929-0.74450.23371.1036-0.9083.6996-0.10730.15960.05450.041-0.0537-0.07450.00580.74610.12090.16720.01910.01560.36220.02630.228728.373-4.608417.7954
51.2934-1.18752.00473.0423-1.75465.4607-0.05280.01790.07840.08990.03270.0149-0.2877-0.04750.03940.0492-0.0398-0.00520.12120.04120.117117.70254.0997-0.2467
62.735-0.51021.40060.69570.07022.32520.1584-0.18150.2121-0.16890.0375-0.0329-0.0392-0.2865-0.12110.1511-0.0203-0.04760.16530.03880.21528.11314.8656-9.8512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 697:750)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 753:847)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 849:885)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 697:750)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 753:847)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 849:885)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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