PDB-6y7p: The complex between the eight-bladed symmetrical designer protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y7p

タイトル

The complex between the eight-bladed symmetrical designer protein Tako8 and 1:2 zirconium(IV) Wells-Dawson (ZrWD)

要素

Tako8

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designer protein / polyoxometalate / POM / ZrWD / hybrid / framework

機能・相同性

W-Zr-cluster

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Vandebroek, L. / Noguchi, H. / Parac-Vogt, T.N. / Van Meervelt, L. / Voet, A.R.D.

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2021
タイトル: Shape and Size Complementarity-Induced Formation of Supramolecular Protein Assemblies with Metal-Oxo Clusters
著者: Vandebroek, L. / Noguchi, H. / Kamata, K. / Tame, J.R.H. / Parac-Vogt, T.N. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2020年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y7p.cif.gz	131.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y7p.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y7p_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y7p_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	6y7p_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6y7p_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/6y7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/6y7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y7nC 6y7oC 6g6mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ojr-1 6whh-d 3q30-d 5o51-d 4xgv-3 5ojr-2 5ks7-d 3weh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tako8

ヘテロ分子

52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.347, 72.799, 54.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.380, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tako8 分子量: 35024.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZRW / W-Zr-cluster 分子量: 4256.431 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₆₁P₂W₁₇Zr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 3.1M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.834 Å / Num. obs: 70938 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1977 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.459 / R_rim(I) all: 0.863

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6g6m

6g6m

解像度: 1.75→46.834 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3344	4.71 %
R_work	0.1778	-	-
obs	0.1796	70938	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.94 Å² / B_iso mean: 19.338 Å² / B_iso min: 8.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→46.834 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2410	0	329	313	3052
B_iso mean	-	-	34.54	24.94	-
残基数	-	-	-	-	318

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7501-1.7751	0.4067	162	0.3494	2740	99
1.7751-1.8016	0.3135	173	0.3238	2858	99
1.8016-1.8297	0.3308	162	0.284	2724	99
1.8297-1.8597	0.3165	126	0.2899	2943	99
1.8597-1.8918	0.2106	104	0.2414	2773	99
1.8918-1.9262	0.2541	142	0.2262	2795	99
1.9262-1.9632	0.2484	136	0.2105	2881	99
1.9632-2.0033	0.2745	162	0.2112	2711	99
2.0033-2.0469	0.2307	120	0.2094	2827	99
2.0469-2.0945	0.3015	103	0.19	2931	99
2.0945-2.1469	0.2547	118	0.1803	2821	99
2.1469-2.2049	0.2415	134	0.1836	2808	99
2.2049-2.2698	0.2631	116	0.167	2819	99
2.2698-2.3431	0.2075	146	0.1682	2816	99
2.3431-2.4268	0.2048	199	0.1838	2743	99
2.4268-2.524	0.2748	127	0.1755	2816	99
2.524-2.6388	0.1673	144	0.1652	2798	99
2.6388-2.7779	0.2487	148	0.1818	2803	99
2.7779-2.9519	0.2066	108	0.1776	2909	99
2.9519-3.1798	0.1782	114	0.1652	2825	99
3.1798-3.4997	0.182	179	0.1359	2759	100
3.4997-4.0059	0.1433	150	0.1294	2838	100
4.0059-5.0461	0.1716	134	0.1322	2856	100
5.0461-46.834	0.2202	137	0.1963	2800	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)