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- PDB-5ks7: Crystal structure of Listeria monocytogenes OpuCA CBS domain dime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ks7
タイトルCrystal structure of Listeria monocytogenes OpuCA CBS domain dimer in complex with cyclic-di-AMP
要素Carnitine transport ATP-binding protein OpuCA
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / CBS domain / ABC transporter / Cyclic-di-AMP / Osmoregulation / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type quaternary amine transporter / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / glycine betaine transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine transport ATP-binding subunit / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Glycine betaine transport ATP-binding subunit / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / Carnitine transport ATP-binding protein OpuCA
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Choi, P.H. / Tong, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116669 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD012018 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Cyclic di-AMP targets the cystathionine beta-synthase domain of the osmolyte transporter OpuC.
著者: Huynh, T.N. / Choi, P.H. / Sureka, K. / Ledvina, H.E. / Campillo, J. / Tong, L. / Woodward, J.J.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.source / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine transport ATP-binding protein OpuCA
B: Carnitine transport ATP-binding protein OpuCA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2733
ポリマ－28,6152
非ポリマー6581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.342, 43.861, 68.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carnitine transport ATP-binding protein OpuCA


分子量: 14307.512 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 247-372 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: opuCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHT9, EC: 3.6.3.32
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M bicine (pH 9.0), 3% (w/v) PEG 20,000, and 2% (v/v) 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 6932 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AtCBSX1

解像度: 2.9→43.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 21.025 / SU ML: 0.414 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.525 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3231 327 4.7 %RANDOM
Rwork0.26572 ---
obs0.26857 6598 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.38 Å2-0 Å21.37 Å2
2--1.97 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 44 0 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6712.012714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80834596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3695243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.05624.81581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.64315374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1811514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.896→3.053 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 40 -
Rwork0.325 866 -
obs--89.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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