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- PDB-6y7f: Crystal structure of human ELOVL fatty acid elongase 7 (ELOVL7) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y7f
タイトルCrystal structure of human ELOVL fatty acid elongase 7 (ELOVL7)
要素Elongation of very long chain fatty acids protein 7
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid biosynthesis / Lipid biosynthesis / membrane protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain 3-oxoacyl-CoA synthase / fatty acid elongase activity / fatty acid elongation, monounsaturated fatty acid / fatty acid elongation, polyunsaturated fatty acid / long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process / Synthesis of very long-chain fatty acyl-CoAs / very long-chain fatty acid biosynthetic process / unsaturated fatty acid biosynthetic process / fatty acid elongation, saturated fatty acid / sphingolipid biosynthetic process ...very-long-chain 3-oxoacyl-CoA synthase / fatty acid elongase activity / fatty acid elongation, monounsaturated fatty acid / fatty acid elongation, polyunsaturated fatty acid / long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process / Synthesis of very long-chain fatty acyl-CoAs / very long-chain fatty acid biosynthetic process / unsaturated fatty acid biosynthetic process / fatty acid elongation, saturated fatty acid / sphingolipid biosynthetic process / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
ELO family / ELO family, conserved site / Elongation of very long chain fatty acids protein 7 / GNS1/SUR4 family / ELO family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Octyl Glucose Neopentyl Glycol / Chem-OFN / Very long chain fatty acid elongase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Nie, L. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Chu, A. / Cole, V. / Speedman, D. / Rodstrom, K.E.J. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. ...Nie, L. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Chu, A. / Cole, V. / Speedman, D. / Rodstrom, K.E.J. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Burgess-Brown, N.A. / Love, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Commission115766 英国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of human ELOVL fatty acid elongase 7 (ELOVL7)
著者: Nie, L. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Chu, A. / Cole, V. / Speedman, D. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Burgess-Brown, N.A. / Love, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, ...著者: Nie, L. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Chu, A. / Cole, V. / Speedman, D. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Burgess-Brown, N.A. / Love, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation of very long chain fatty acids protein 7
B: Elongation of very long chain fatty acids protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,01410
ポリマ－68,5162
非ポリマー4,4988
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS analysis supports dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.229, 72.459, 112.043
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.03, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Elongation of very long chain fatty acids protein 7 / 3-keto acyl-CoA synthase ELOVL7 / ELOVL fatty acid elongase 7 / ELOVL FA elongase 7 / Very long ...3-keto acyl-CoA synthase ELOVL7 / ELOVL fatty acid elongase 7 / ELOVL FA elongase 7 / Very long chain 3-ketoacyl-CoA synthase 7 / Very long chain 3-oxoacyl-CoA synthase 7


分子量: 34258.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOVL7 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1L3X0, very-long-chain 3-oxoacyl-CoA synthase
#2: 化合物 ChemComp-OFN / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylideneicosanethioate


分子量: 1076.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H72N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-37X / Octyl Glucose Neopentyl Glycol


分子量: 568.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O12
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30-36% PEG400 -- 0.1M acetate pH 4.5 -- 0.23M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.052→62.262 Å / Num. obs: 36724 / % possible obs: 58.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.052→2.182 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1837 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.449 / Rrim(I) all: 0.839 / % possible all: 17.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALS2.0.3データ削減
STARANISO2.3.25データスケーリング
AutoSol1.17.1-3660位相決定
RESOLVE1.17.1-3660位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.052→28.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU R Cruickshank DPI: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.197
詳細: Structure refined against STARANISO anisotropically truncated data. LSSR restraints were used and a single TLS group was refined for each chain. Heterogen dictionaries were generated using ...詳細: Structure refined against STARANISO anisotropically truncated data. LSSR restraints were used and a single TLS group was refined for each chain. Heterogen dictionaries were generated using GRADE. ACCOMPANYING SF CIF CONTAINS STARANISO DATA USED FOR REFINEMENT ALONG WITH SCALED MERGED DATA WITHOUT TRUNCATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 1765 5 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
obs0.2112 36690 58.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.3797 Å20 Å2-2.8687 Å2
2---10.8681 Å20 Å2
3----7.5115 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4245 0 293 112 4650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084733HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.876461HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes743HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4733HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion597SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3786SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.97
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 29 -
Rwork0.1967 --
obs--15.88 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1760.10330.27592.7466-0.57223.54730.06050.06780.04960.0678-0.03530.35280.04960.3528-0.0252-0.0551-0.0232-0.0421-0.3474-0.0327-0.308218.453436.417116.2398
21.43330.03580.43323.8033-0.69253.1779-0.13110.7265-0.08450.72650.0203-0.0766-0.0845-0.07660.11090.11170.0433-0.0494-0.3438-0.0676-0.320711.49866.469734.366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|16 - 301}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|14 - 301}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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